src/jalview/datamodel/GroupSetI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.util.BitSet;
  25 import java.util.List;
  26
  27 public interface GroupSetI
  28 {
  29   boolean hasGroups();
  30
  31   String getNewick();
  32
  33   boolean hasTree();
  34
  35   void updateGroups(List<BitSet> colGroups);
  36
  37   BitSet getGroupsFor(int column);
  38
  39   Color getColourForGroup(BitSet bs);
  40
  41   void setColorForGroup(BitSet bs, Color color);
  42
  43   void restoreGroups(List<BitSet> newgroups, String treeMethod, String tree,
  44           double thresh2);
  45
  46   boolean hasCutHeight();
  47
  48   double getCutHeight();
  49
  50   String getTreeMethod();
  51
  52   List<BitSet> getGroups();
  53
  54 }