src/jalview/datamodel/Profiles.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 public class Profiles implements ProfilesI
  24 {
  25
  26   private ProfileI[] profiles;
  27
  28   public Profiles(ProfileI[] p)
  29   {
  30     profiles = p;
  31   }
  32
  33   /**
  34    * Returns the profile for the given column, or null if none found
  35    *
  36    * @param col
  37    */
  38   @Override
  39   public ProfileI get(int col)
  40   {
  41     return profiles != null && col >= 0 && col < profiles.length
  42             ? profiles[col]
  43             : null;
  44   }
  45
  46   /**
  47    * Returns the first column (base 0) covered by the profiles
  48    */
  49   @Override
  50   public int getStartColumn()
  51   {
  52     return 0;
  53   }
  54
  55   /**
  56    * Returns the last column (base 0) covered by the profiles
  57    */
  58   @Override
  59   public int getEndColumn()
  60   {
  61     return profiles == null ? 0 : profiles.length - 1;
  62   }
  63
  64 }