src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.util.BitSet;
  25 import java.util.HashMap;
  26 import java.util.List;
  27
  28 import jalview.util.MapList;
  29 import jalview.ws.datamodel.alphafold.MappableContactMatrix;
  30
  31 /**
  32  * Dummy contact matrix based on sequence distance
  33  *
  34  * @author jprocter
  35  *
  36  */
  37 public class SeqDistanceContactMatrix
  38         extends MappableContactMatrix<SeqDistanceContactMatrix>
  39         implements ContactMatrixI
  40 {
  41   private static final String SEQUENCE_DISTANCE = "SEQUENCE_DISTANCE";
  42
  43   private int width = 0;
  44
  45   public SeqDistanceContactMatrix(int width)
  46   {
  47     this.width = width;
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public float getMin()
  52   {
  53     return 0f;
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public float getMax()
  58   {
  59     return width;
  60   }
  61
  62   @Override
  63   public ContactListI getContactList(final int column)
  64   {
  65     if (column < 0 || column >= width)
  66     {
  67       return null;
  68     }
  69     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  70     {
  71
  72       int p = column;
  73
  74       // @Override
  75       // public Color getColorForScore(int column)
  76       // {
  77       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(Math.abs(column-p),
  78       // 0, Color.white, width, Color.magenta);
  79       // }
  80       // @Override
  81       // public Color getColorForRange(int from_column, int to_column)
  82       // {
  83       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(
  84       // Math.abs(to_column + from_column - 2 * p) / 2, 0, Color.white, width,
  85       // Color.magenta);
  86       // }
  87
  88       @Override
  89       public int getContactHeight()
  90       {
  91         return width;
  92
  93       }
  94
  95       @Override
  96       public int getPosition()
  97       {
  98         return p;
  99       }
 100
 101       @Override
 102       public double getContactAt(int column)
 103       {
 104         return Math.abs(column - p);
 105       }
 106     });
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public String getAnnotDescr()
 111   {
 112     return "Sequence distance matrix";
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public String getAnnotLabel()
 117   {
 118     return "Sequence Distance";
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public String getType()
 123   {
 124     return SEQUENCE_DISTANCE;
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public int getWidth()
 129   {
 130     return width;
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public int getHeight()
 135   {
 136     return width;
 137   }
 138
 139   @Override
 140   public double getElementAt(int _column, int i)
 141   {
 142     return Math.abs(_column - i);
 143   }
 144
 145   @Override
 146   protected SeqDistanceContactMatrix newMappableContactMatrix(
 147           SequenceI newRefSeq, MapList newFromMapList)
 148   {
 149
 150     return new SeqDistanceContactMatrix(width);
 151   }
 152 }