src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import jalview.analysis.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.gui.*;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31 import uk.ac.ebi.www.*;
  32
  33 /**
  34  * DOCUMENT ME!
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class WSWUBlastClient
  40 {
  41   AlignmentPanel ap;
  42
  43   AlignmentI al;
  44
  45   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer();
  46
  47   int jobsRunning = 0;
  48
  49   Vector suggestedIds = new Vector();
  50
  51   /**
  52    * Creates a new WSWUBlastClient object.
  53    *
  54    * @param al
  55    *          DOCUMENT ME!
  56    * @param ids
  57    *          DOCUMENT ME!
  58    */
  59   public WSWUBlastClient(AlignmentPanel ap, AlignmentI al, ArrayList ids)
  60   {
  61     this.ap = ap;
  62     this.al = al;
  63     output.setText(MessageManager.getString("label.wswublast_client_credits"));
  64
  65     Desktop.addInternalFrame(output,
  66             MessageManager.getString("label.blasting_for_unidentified_sequence"), 800, 300);
  67
  68     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
  69     {
  70       Sequence sequence = (Sequence) ids.get(i);
  71       System.out.println(sequence.getName());
  72
  73       BlastThread thread = new BlastThread(sequence);
  74       thread.start();
  75       jobsRunning++;
  76     }
  77
  78     ImageTwirler thread = new ImageTwirler();
  79     thread.start();
  80   }
  81
  82   /**
  83    * DOCUMENT ME!
  84    *
  85    * @param id1
  86    *          DOCUMENT ME!
  87    * @param res
  88    *          DOCUMENT ME!
  89    */
  90   void parseResult(Sequence seq, String res)
  91   {
  92     StringTokenizer st = new StringTokenizer(res, "\n");
  93     String data;
  94     String id2;
  95     int maxFound = 90;
  96     StringBuffer buffer = new StringBuffer("\n\n" + seq.getName() + " :");
  97
  98     while (st.hasMoreTokens())
  99     {
 100       data = st.nextToken();
 101
 102       if (data.indexOf(">UNIPROT") > -1)
 103       {
 104         int index = data.indexOf(">UNIPROT") + 9;
 105         id2 = data.substring(index, data.indexOf(" ", index));
 106
 107         boolean identitiesFound = false;
 108         while (!identitiesFound)
 109         {
 110           data = st.nextToken();
 111
 112           if (data.indexOf("Identities") > -1)
 113           {
 114             identitiesFound = true;
 115
 116             int value = Integer.parseInt(data.substring(
 117                     data.indexOf("(") + 1, data.indexOf("%")));
 118
 119             if (value >= maxFound)
 120             {
 121               maxFound = value;
 122               buffer.append(" " + id2 + " " + value + "%; ");
 123               suggestedIds.addElement(new Object[]
 124               { seq, id2 });
 125             }
 126           }
 127         }
 128       }
 129     }
 130
 131     output.appendText(buffer.toString());
 132   }
 133
 134   void updateIds()
 135   {
 136     // This must be outside the run() body as java 1.5
 137     // will not return any value from the OptionPane to the expired thread.
 138     int reply = JOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
 139             "Automatically update suggested ids?",
 140             "Auto replace sequence ids", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 141
 142     if (reply == JOptionPane.YES_OPTION)
 143     {
 144       Enumeration keys = suggestedIds.elements();
 145       while (keys.hasMoreElements())
 146       {
 147         Object[] object = (Object[]) keys.nextElement();
 148
 149         Sequence oldseq = (Sequence) object[0];
 150
 151         oldseq.setName(object[1].toString());
 152
 153         // Oldseq is actually in the dataset, we must find the
 154         // Visible seq and change its name also.
 155         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 156         {
 157           if (al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence() == oldseq)
 158           {
 159             al.getSequenceAt(i).setName(oldseq.getName());
 160             break;
 161           }
 162         }
 163
 164         DBRefEntry[] entries = oldseq.getDBRef();
 165         if (entries != null)
 166         {
 167           oldseq.addDBRef(new jalview.datamodel.DBRefEntry(
 168                   jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT, "0", entries[0]
 169                           .getAccessionId()));
 170         }
 171       }
 172     }
 173     ap.paintAlignment(true);
 174
 175   }
 176
 177   class ImageTwirler extends Thread
 178   {
 179     ImageIcon[] imageIcon;
 180
 181     int imageIndex = 0;
 182
 183     public ImageTwirler()
 184     {
 185       imageIcon = new ImageIcon[9];
 186
 187       for (int i = 0; i < 9; i++)
 188       {
 189         java.net.URL url = getClass().getResource(
 190                 "/images/dna" + (i + 1) + ".gif");
 191
 192         if (url != null)
 193         {
 194           imageIcon[i] = new ImageIcon(url);
 195         }
 196       }
 197     }
 198
 199     public void run()
 200     {
 201       while (jobsRunning > 0)
 202       {
 203         try
 204         {
 205           Thread.sleep(100);
 206           imageIndex++;
 207           imageIndex %= 9;
 208           output.setFrameIcon(imageIcon[imageIndex]);
 209           output.setTitle("BLASTing for unidentified sequences - "
 210                   + jobsRunning + " jobs running.");
 211         } catch (Exception ex)
 212         {
 213         }
 214       }
 215
 216       if (jobsRunning == 0)
 217       {
 218         updateIds();
 219       }
 220     }
 221   }
 222
 223   class BlastThread extends Thread
 224   {
 225     Sequence sequence;
 226
 227     String jobid;
 228
 229     boolean jobComplete = false;
 230
 231     BlastThread(Sequence sequence)
 232     {
 233       System.out.println("blasting for: " + sequence.getName());
 234       this.sequence = sequence;
 235     }
 236
 237     public void run()
 238     {
 239       StartJob();
 240
 241       while (!jobComplete)
 242       {
 243         try
 244         {
 245           WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 246           WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 247           WSFile[] results = wublast.getResults(jobid);
 248
 249           if (results != null)
 250           {
 251             String result = new String(wublast.poll(jobid, "tooloutput"));
 252             parseResult(sequence, result);
 253             jobComplete = true;
 254             jobsRunning--;
 255           }
 256           else
 257           {
 258             Thread.sleep(10000);
 259             System.out.println("WSWuBlastClient: I'm alive "
 260                     + sequence.getName() + " " + jobid); // log.debug
 261           }
 262         } catch (Exception ex)
 263         {
 264         }
 265       }
 266     }
 267
 268     void StartJob()
 269     {
 270       InputParams params = new InputParams();
 271
 272       params.setProgram("blastp");
 273       params.setDatabase("uniprot");
 274       params.setMatrix("pam10");
 275
 276       params.setNumal(5);
 277       params.setSensitivity("low");
 278       params.setSort("totalscore");
 279       params.setOutformat("txt");
 280       params.setAsync(true);
 281
 282       try
 283       {
 284         Data inputs[] = new Data[1];
 285         Data input = new Data();
 286         input.setType("sequence");
 287         input.setContent(AlignSeq.extractGaps("-. ",
 288                 sequence.getSequenceAsString()));
 289         inputs[0] = input;
 290
 291         WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 292         WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 293         jobid = wublast.runWUBlast(params, inputs);
 294       } catch (Exception exp)
 295       {
 296         jobComplete = true;
 297         jobsRunning--;
 298         System.err.println("WSWUBlastClient error:\n" + exp.toString());
 299         exp.printStackTrace();
 300       }
 301     }
 302   }
 303 }