src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import jalview.ext.ensembl.EnsemblGene;
  24 import jalview.ws.dbsources.EmblCdsSource;
  25 import jalview.ws.dbsources.EmblSource;
  26 import jalview.ws.dbsources.Pdb;
  27 import jalview.ws.dbsources.PfamFull;
  28 import jalview.ws.dbsources.PfamSeed;
  29 import jalview.ws.dbsources.RfamSeed;
  30 import jalview.ws.dbsources.Uniprot;
  31 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  32 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  33
  34 import java.util.ArrayList;
  35
  36 /**
  37  * This implements the run-time discovery of sequence database clients.
  38  *
  39  */
  40 public class SequenceFetcher extends ASequenceFetcher
  41 {
  42   /**
  43    * Thread safe construction of database proxies TODO: extend to a configurable
  44    * database plugin mechanism where classes are instantiated by reflection and
  45    * queried for their DbRefSource and version association.
  46    *
  47    */
  48   public SequenceFetcher()
  49   {
  50     addDBRefSourceImpl(EnsemblGene.class);
  51     // addDBRefSourceImpl(EnsemblGenomes.class);
  52     addDBRefSourceImpl(EmblSource.class);
  53     addDBRefSourceImpl(EmblCdsSource.class);
  54     addDBRefSourceImpl(Uniprot.class);
  55     addDBRefSourceImpl(Pdb.class);
  56     addDBRefSourceImpl(PfamFull.class);
  57     addDBRefSourceImpl(PfamSeed.class);
  58     addDBRefSourceImpl(RfamSeed.class);
  59   }
  60
  61   /**
  62    * return an ordered list of database sources excluding alignment only databases
  63    */
  64   public String[] getOrderedSupportedSources()
  65   {
  66     String[] srcs = this.getSupportedDb();
  67     ArrayList<String> src = new ArrayList<>();
  68
  69     for (int i = 0; i < srcs.length; i++)
  70     {
  71       boolean skip = false;
  72       for (DbSourceProxy dbs : getSourceProxy(srcs[i]))
  73       {
  74         // Skip the alignment databases for the moment - they're not useful for
  75         // verifying a single sequence against its reference source
  76         if (dbs.isAlignmentSource())
  77         {
  78           skip = true;
  79         }
  80       }
  81       if (skip)
  82       {
  83         continue;
  84       }
  85       {
  86         src.add(srcs[i]);
  87       }
  88     }
  89     String[] tosort = src.toArray(new String[0]),
  90             sorted = src.toArray(new String[0]);
  91     for (int j = 0, jSize = sorted.length; j < jSize; j++)
  92     {
  93       tosort[j] = tosort[j].toLowerCase();
  94     }
  95     jalview.util.QuickSort.sort(tosort, sorted);
  96     // construct array with all sources listed
  97     int i = 0;
  98     for (int j = sorted.length - 1; j >= 0; j--, i++)
  99     {
 100       srcs[i] = sorted[j];
 101     }
 102     return srcs;
 103   }
 104 }