test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24 import jalview.datamodel.Mapping;
  25 import jalview.datamodel.Sequence;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import org.junit.Before;
  29 import org.junit.Test;
  30
  31 /**
  32  * Test the alignment -> Mapping routines
  33  * @author jimp
  34  *
  35  */
  36 public class TestAlignSeq
  37 {
  38
  39   SequenceI s1,s2,s3;
  40   /**
  41    * @throws java.lang.Exception
  42    */
  43   @Before
  44   public void setUp() throws Exception
  45   {
  46     s1 = new Sequence("Seq1","ASDFAQQQRRRSSS");
  47     s1.setStart(3);
  48     s2 = new Sequence("Seq2","ASDFA");
  49     s2.setStart(5);
  50     s3 = new Sequence("Seq1","SDFAQQQSSS");
  51
  52   }
  53
  54   @Test
  55   /**
  56    * simple test that mapping from alignment corresponds identical positions.
  57    */
  58   public void TestGetMappingForS1()
  59   {
  60     jalview.analysis.AlignSeq as = jalview.analysis.AlignSeq.doGlobalNWAlignment(s1, s2, AlignSeq.PEP);
  61     System.out.println("s1: "+as.getAStr1());
  62     System.out.println("s2: "+as.getAStr2());
  63
  64     Mapping s1tos2=as.getMappingFromS1(false);
  65     System.out.println(s1tos2.getMap().toString());
  66     for (int i=s2.getStart();i<s2.getEnd();i++)
  67     {
  68       System.out.println("Position in s2: "+i +" maps to position in s1: "+s1tos2.getPosition(i));
  69       assertTrue("",s2.getCharAt(i)==s1.getCharAt(s1tos2.getPosition(i)));
  70     }
  71   }
  72
  73 }