git://source.jalview.org / jalview.git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 54cbe6e)
JAL-3111 Jalview 2.11 what’s New and estimated release date
authorJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Wed, 17 Apr 2019 14:32:36 +0000 (15:32 +0100)
committerJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Wed, 17 Apr 2019 14:32:36 +0000 (15:32 +0100)
help/html/releases.html patch | blob | history
help/html/whatsNew.html patch | blob | history

diff --git a/help/html/releases.html b/help/html/releases.html
index a08e5e1..91ba69c 100755 (executable)
--- a/help/html/releases.html
+++ b/help/html/releases.html
@@ -71,7 +71,7 @@ li:before {
       <td width="60" nowrap>
         <div align="center">
           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
       <td width="60" nowrap>
         <div align="center">
           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
-            <em>29/04/2019 (final due date !)</em></strong>
+            <em>14/05/2019 (final due date !)</em></strong>
         </div>
       </td>
     <td><div align="left">
         </div>
       </td>
     <td><div align="left">
diff --git a/help/html/whatsNew.html b/help/html/whatsNew.html
index 13fe656..3538ff4 100755 (executable)
--- a/help/html/whatsNew.html
+++ b/help/html/whatsNew.html
@@ -24,49 +24,47 @@
 </head>
 <body>
   <p>
 </head>
 <body>
   <p>
-    <strong>What's new in Jalview 2.10.5 ?</strong>
+    <strong>Jalview 2.11 - major and minor new features</strong>
   </p>
   </p>
-  <p>Jalview 2.10.5 is a minor release that includes critical
-    patches for users working with Ensembl, RNA secondary structure
-    annotation, and those running Jalview on OSX with Java 10.</p>
+  <p>Jalview 2.11 introduces support for loading VCF files, and new
+    filters and shading models for sequence features. Under the hood,
+    we've addressed many bugs, and also made some important changes in
+    the way the Jalview desktop is installed and launched.</p>
   <ul>
   <ul>
-    <li>Jalview's default memory limit increased to 1G. <br/>If you have
-      problems starting Jalview 2.10.5 and you have 1G or less
-      physical memory on your machine, you will need to <a
-      href="memory.html#memsetting">reduce the memory</a> allocated to
-      Jalview.
-    </li>
-    <li>EPS, PNG and SVG export now includes hidden sequence
-      markers, and representative sequences are marked in bold.</li>
-    <li>Ensembl Client updated for Ensembl Rest API v7.<br />The
-      latest Ensembl API is not backwards compatible with earlier
-      versions of Jalview, so if you require Ensembl functionality you
-      will need to install this release.
-    </li>
-    <li>Improved support for VIENNA extended dot-bracket notation
-      for RNA secondary structure.</li>
-    <li>Positional and selected region highlighting in VARNA
-      'trimmed sequence' view made more reliable.</li>
+    <li><em>VCF Support</em>. Proteins and genomic contigs with
+      chromosomal location annotation (such as protein coding genes
+      retrieved from Ensembl) can be annotated with variants imported
+      from a local VCF file.</li>
+    <li><em>The Jalview Launcher and Update System</em><br />
+      Jalview's new installation model means you'll only need to
+      download and install Jalview once. After installation, Jalview
+      will automatically keep itself up to date. The launcher also sets
+      Jalview's memory automatically, so you'll never again have to
+      manually configure Java's memory settings.<br />We are grateful to
+      Install4J who provided us with a free license for their
+      installation system, and Jalview's over the air update system is
+      via Getdown.</li>
   </ul>
   <p>
     The full list of bugs fixed in this release can be found in the <a
   </ul>
   <p>
     The full list of bugs fixed in this release can be found in the <a
-      href="releases.html#Jalview.2.10.5">2.10.5 Release Notes</a>. The
-    majority of bug fixes and improvements in 2.10.5 are due to Jalview users
-    contacting us via the jalview-discuss email list. Thanks to everyone
-    who took the time to help make Jalview better !
+      href="releases.html#Jalview.2.11">2.11 Release Notes</a>.
   </p>
   <p>
   </p>
   <p>
-    <strong>Jalview and Java 10</strong>
+    <strong>Jalview and Java 11, 13, and onwards</strong>
   </p>
   </p>
-  <p>This release addresses a critical bug for OSX users who are
-    running Jalview with Java 10 which can prevent files being saved
-    correctly through the 'Save As' dialog box.</p>
-    <em>Known Issues</em>
+  <p>Java 11 provides improved performance and better OS
+    integration, so we now recommend users select our Java 11 Jalview
+    distribution rather than the legacy Java 8 build.</p>
+  <em>Known Issues - update for 211 </em>
   <ul>
     <li>OSX: The 'Open File' dialog for Jalview's Groovy Console
   <ul>
     <li>OSX: The 'Open File' dialog for Jalview's Groovy Console
-      appears with the title 'Save As', and attempting to select a file to load yields a FileNotFound exception.</br>The workaround is to first clear the 'Untitled' filename before selecting the file you wish to load.
-      </li>
-    <li>OSX: Links don't open when clicked on or via the Sequence or Alignment window popup menu.</li>
+      appears with the title 'Save As', and attempting to select a file
+      to load yields a FileNotFound exception.</br>The workaround is to first
+      clear the 'Untitled' filename before selecting the file you wish
+      to load.
+    </li>
+    <li>OSX: Links don't open when clicked on or via the Sequence
+      or Alignment window popup menu.</li>
     <li>OSX (Webstart): Jalview only displays old news feed items</li>
   </ul>
 </body>
     <li>OSX (Webstart): Jalview only displays old news feed items</li>
   </ul>
 </body>