JAL-2738 use GeneLocus extends DBRefEntry to hold chromosomal mappings
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / AlcodonFrame.java
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6 //
7
8
9 package jalview.xml.binding.jalview;
10
11 import java.math.BigInteger;
12 import java.util.ArrayList;
13 import java.util.List;
14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
16 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
17 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
18 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
19 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
20
21
22 /**
23  * <p>Java class for anonymous complex type.
24  * 
25  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
26  * 
27  * <pre>
28  * &lt;complexType>
29  *   &lt;complexContent>
30  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
31  *       &lt;sequence>
32  *         &lt;element name="alcodon" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
33  *           &lt;complexType>
34  *             &lt;complexContent>
35  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
36  *                 &lt;attribute name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
37  *                 &lt;attribute name="pos2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
38  *                 &lt;attribute name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
39  *               &lt;/restriction>
40  *             &lt;/complexContent>
41  *           &lt;/complexType>
42  *         &lt;/element>
43  *         &lt;element name="alcodMap" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
44  *           &lt;complexType>
45  *             &lt;complexContent>
46  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
47  *                 &lt;sequence>
48  *                   &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/>
49  *                 &lt;/sequence>
50  *                 &lt;attribute name="dnasq" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
51  *               &lt;/restriction>
52  *             &lt;/complexContent>
53  *           &lt;/complexType>
54  *         &lt;/element>
55  *       &lt;/sequence>
56  *     &lt;/restriction>
57  *   &lt;/complexContent>
58  * &lt;/complexType>
59  * </pre>
60  * 
61  * 
62  */
63 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
64 @XmlType(name = "", propOrder = {
65     "alcodon",
66     "alcodMap"
67 })
68 @XmlRootElement(name = "AlcodonFrame")
69 public class AlcodonFrame {
70
71     protected List<AlcodonFrame.Alcodon> alcodon;
72     protected List<AlcodonFrame.AlcodMap> alcodMap;
73
74     /**
75      * Gets the value of the alcodon property.
76      * 
77      * <p>
78      * This accessor method returns a reference to the live list,
79      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
80      * returned list will be present inside the JAXB object.
81      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the alcodon property.
82      * 
83      * <p>
84      * For example, to add a new item, do as follows:
85      * <pre>
86      *    getAlcodon().add(newItem);
87      * </pre>
88      * 
89      * 
90      * <p>
91      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
92      * {@link AlcodonFrame.Alcodon }
93      * 
94      * 
95      */
96     public List<AlcodonFrame.Alcodon> getAlcodon() {
97         if (alcodon == null) {
98             alcodon = new ArrayList<AlcodonFrame.Alcodon>();
99         }
100         return this.alcodon;
101     }
102
103     /**
104      * Gets the value of the alcodMap property.
105      * 
106      * <p>
107      * This accessor method returns a reference to the live list,
108      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
109      * returned list will be present inside the JAXB object.
110      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the alcodMap property.
111      * 
112      * <p>
113      * For example, to add a new item, do as follows:
114      * <pre>
115      *    getAlcodMap().add(newItem);
116      * </pre>
117      * 
118      * 
119      * <p>
120      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
121      * {@link AlcodonFrame.AlcodMap }
122      * 
123      * 
124      */
125     public List<AlcodonFrame.AlcodMap> getAlcodMap() {
126         if (alcodMap == null) {
127             alcodMap = new ArrayList<AlcodonFrame.AlcodMap>();
128         }
129         return this.alcodMap;
130     }
131
132
133     /**
134      * <p>Java class for anonymous complex type.
135      * 
136      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
137      * 
138      * <pre>
139      * &lt;complexType>
140      *   &lt;complexContent>
141      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
142      *       &lt;sequence>
143      *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/>
144      *       &lt;/sequence>
145      *       &lt;attribute name="dnasq" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
146      *     &lt;/restriction>
147      *   &lt;/complexContent>
148      * &lt;/complexType>
149      * </pre>
150      * 
151      * 
152      */
153     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
154     @XmlType(name = "", propOrder = {
155         "mapping"
156     })
157     public static class AlcodMap {
158
159         @XmlElement(name = "Mapping", required = true)
160         protected Mapping mapping;
161         @XmlAttribute(name = "dnasq", required = true)
162         protected String dnasq;
163
164         /**
165          * 
166          *                                                                              a Mapping entry and an associated protein sequence
167          *                                                                      
168          * 
169          * @return
170          *     possible object is
171          *     {@link Mapping }
172          *     
173          */
174         public Mapping getMapping() {
175             return mapping;
176         }
177
178         /**
179          * Sets the value of the mapping property.
180          * 
181          * @param value
182          *     allowed object is
183          *     {@link Mapping }
184          *     
185          */
186         public void setMapping(Mapping value) {
187             this.mapping = value;
188         }
189
190         /**
191          * Gets the value of the dnasq property.
192          * 
193          * @return
194          *     possible object is
195          *     {@link String }
196          *     
197          */
198         public String getDnasq() {
199             return dnasq;
200         }
201
202         /**
203          * Sets the value of the dnasq property.
204          * 
205          * @param value
206          *     allowed object is
207          *     {@link String }
208          *     
209          */
210         public void setDnasq(String value) {
211             this.dnasq = value;
212         }
213
214     }
215
216
217     /**
218      * 
219      *                                                          specifies a series of aligned codons from an associated DNA sequence alignment that when translated correspond to columns of a peptide alignment.
220      *                                                          Element may have either all pos1,2,3 attributes specified, or none at all (indicating a gapped column with no translated peptide).
221      *                                                  
222      * 
223      * <p>Java class for anonymous complex type.
224      * 
225      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
226      * 
227      * <pre>
228      * &lt;complexType>
229      *   &lt;complexContent>
230      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
231      *       &lt;attribute name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
232      *       &lt;attribute name="pos2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
233      *       &lt;attribute name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
234      *     &lt;/restriction>
235      *   &lt;/complexContent>
236      * &lt;/complexType>
237      * </pre>
238      * 
239      * 
240      */
241     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
242     @XmlType(name = "")
243     public static class Alcodon {
244
245         @XmlAttribute(name = "pos1")
246         protected BigInteger pos1;
247         @XmlAttribute(name = "pos2")
248         protected BigInteger pos2;
249         @XmlAttribute(name = "pos3")
250         protected BigInteger pos3;
251
252         /**
253          * Gets the value of the pos1 property.
254          * 
255          * @return
256          *     possible object is
257          *     {@link BigInteger }
258          *     
259          */
260         public BigInteger getPos1() {
261             return pos1;
262         }
263
264         /**
265          * Sets the value of the pos1 property.
266          * 
267          * @param value
268          *     allowed object is
269          *     {@link BigInteger }
270          *     
271          */
272         public void setPos1(BigInteger value) {
273             this.pos1 = value;
274         }
275
276         /**
277          * Gets the value of the pos2 property.
278          * 
279          * @return
280          *     possible object is
281          *     {@link BigInteger }
282          *     
283          */
284         public BigInteger getPos2() {
285             return pos2;
286         }
287
288         /**
289          * Sets the value of the pos2 property.
290          * 
291          * @param value
292          *     allowed object is
293          *     {@link BigInteger }
294          *     
295          */
296         public void setPos2(BigInteger value) {
297             this.pos2 = value;
298         }
299
300         /**
301          * Gets the value of the pos3 property.
302          * 
303          * @return
304          *     possible object is
305          *     {@link BigInteger }
306          *     
307          */
308         public BigInteger getPos3() {
309             return pos3;
310         }
311
312         /**
313          * Sets the value of the pos3 property.
314          * 
315          * @param value
316          *     allowed object is
317          *     {@link BigInteger }
318          *     
319          */
320         public void setPos3(BigInteger value) {
321             this.pos3 = value;
322         }
323
324     }
325
326 }