JAL-2738 use GeneLocus extends DBRefEntry to hold chromosomal mappings feature/JAL-2738GeneLocus
authorgmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Wed, 6 Feb 2019 15:27:49 +0000 (15:27 +0000)
committergmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Wed, 6 Feb 2019 15:27:49 +0000 (15:27 +0000)
16 files changed:
schemas/vamsas.xsd
src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java
src/jalview/datamodel/GeneLociI.java
src/jalview/datamodel/GeneLocus.java [new file with mode: 0644]
src/jalview/datamodel/Sequence.java
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblGene.java
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblLookup.java
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblMap.java
src/jalview/gui/CrossRefAction.java
src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
src/jalview/io/vcf/VCFLoader.java
src/jalview/project/Jalview2XML.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Sequence.java
test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java
test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

index 22b7aac..2ef0c15 100755 (executable)
                                                                <xs:attribute name="source" type="xs:string"/>
                                                                <xs:attribute name="version" type="xs:string"/>
                                                                <xs:attribute name="accessionId" type="xs:string"/>
+                                                               <xs:attribute name="locus" type="xs:boolean" default="false">
+                                                                       <xs:annotation>
+                                                                               <xs:documentation>
+                                                                                       true for gene locus mapping, source=species, version=assembly, accession=chromosome
+                                                                               </xs:documentation>
+                                                                       </xs:annotation>
+                                                               </xs:attribute>
                                                        </xs:complexType>
                                                </xs:element>
                                        </xs:sequence>
index d1217bf..c6cc5af 100644 (file)
@@ -1867,7 +1867,7 @@ public class AlignmentUtils
       return;
     }
 
-    MapList newMap = targetToFrom.traverse(fromLoci.getMap());
+    MapList newMap = targetToFrom.traverse(fromLoci.getMapping());
 
     if (newMap != null)
     {
index 98868ce..bc8d0cf 100755 (executable)
@@ -27,15 +27,6 @@ import java.util.List;
 
 public class DBRefEntry implements DBRefEntryI
 {
-  /*
-   * the mapping to chromosome (genome) is held as an instance with
-   * source = speciesId
-   * version = assemblyId
-   * accessionId = "chromosome:" + chromosomeId
-   * map = mapping from sequence to reference assembly
-   */
-  public static final String CHROMOSOME = "chromosome";
-
   String source = "";
 
   String version = "";
@@ -344,14 +335,4 @@ public class DBRefEntry implements DBRefEntryI
     }
     return true;
   }
-
-  /**
-   * Mappings to chromosome are held with accessionId as "chromosome:id"
-   * 
-   * @return
-   */
-  public boolean isChromosome()
-  {
-    return accessionId != null && accessionId.startsWith(CHROMOSOME + ":");
-  }
 }
index f8c7ec5..09db9d7 100644 (file)
@@ -34,5 +34,5 @@ public interface GeneLociI
    * 
    * @return
    */
-  MapList getMap();
+  MapList getMapping();
 }
diff --git a/src/jalview/datamodel/GeneLocus.java b/src/jalview/datamodel/GeneLocus.java
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f81348f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,91 @@
+package jalview.datamodel;
+
+import jalview.util.MapList;
+
+/**
+ * A specialisation of DBRefEntry used to hold the chromosomal coordinates for a
+ * (typically gene) sequence
+ * <ul>
+ * <li>field <code>source</code> is used to hold a species id e.g. human</li>
+ * <li>field <code>version</code> is used to hold assembly id e.g GRCh38</li>
+ * <li>field <code>accession</code> is used to hold the chromosome id</li>
+ * <li>field <code>map</code> is used to hold the mapping from sequence to
+ * chromosome coordinates</li>
+ * </ul>
+ * 
+ * @author gmcarstairs
+ *
+ */
+public class GeneLocus extends DBRefEntry implements GeneLociI
+{
+  /**
+   * Constructor adapts species, assembly, chromosome to DBRefEntry source,
+   * version, accession, respectively, and saves the mapping of sequence to
+   * chromosomal coordinates
+   * 
+   * @param speciesId
+   * @param assemblyId
+   * @param chromosomeId
+   * @param mapping
+   */
+  public GeneLocus(String speciesId, String assemblyId, String chromosomeId,
+          Mapping mapping)
+  {
+    super(speciesId, assemblyId, chromosomeId, mapping);
+  }
+
+  /**
+   * Constructor
+   * 
+   * @param speciesId
+   * @param assemblyId
+   * @param chromosomeId
+   */
+  public GeneLocus(String speciesId, String assemblyId, String chromosomeId)
+  {
+    this(speciesId, assemblyId, chromosomeId, null);
+  }
+
+  @Override
+  public boolean equals(Object o)
+  {
+    return o instanceof GeneLocus && super.equals(o);
+  }
+
+  @Override
+  public MapList getMapping()
+  {
+    return map == null ? null : map.getMap();
+  }
+
+  /**
+   * Answers the species identifier e.g. "human", stored as field <code>source</code> of
+   * DBRefEntry
+   */
+  @Override
+  public String getSpeciesId()
+  {
+    return getSource();
+  }
+
+  /**
+   * Answers the genome assembly id e.g. "GRCh38", stored as field
+   * <code>version</code> of DBRefEntry
+   */
+  @Override
+  public String getAssemblyId()
+  {
+    return getVersion();
+  }
+
+  /**
+   * Answers the chromosome identifier e.g. "X", stored as field
+   * <code>accession</code> of DBRefEntry
+   */
+  @Override
+  public String getChromosomeId()
+  {
+    return getAccessionId();
+  }
+
+}
index f555855..60ffe18 100755 (executable)
@@ -670,8 +670,8 @@ public class Sequence extends ASequence implements SequenceI
   public void setGeneLoci(String speciesId, String assemblyId,
           String chromosomeId, MapList map)
   {
-    addDBRef(new DBRefEntry(speciesId, assemblyId, DBRefEntry.CHROMOSOME
-            + ":" + chromosomeId, new Mapping(map)));
+    addDBRef(new GeneLocus(speciesId, assemblyId, chromosomeId,
+            new Mapping(map)));
   }
 
   /**
@@ -687,36 +687,9 @@ public class Sequence extends ASequence implements SequenceI
     {
       for (final DBRefEntry ref : refs)
       {
-        if (ref.isChromosome())
+        if (ref instanceof GeneLociI)
         {
-          return new GeneLociI()
-          {
-            @Override
-            public String getSpeciesId()
-            {
-              return ref.getSource();
-            }
-
-            @Override
-            public String getAssemblyId()
-            {
-              return ref.getVersion();
-            }
-
-            @Override
-            public String getChromosomeId()
-            {
-              // strip off "chromosome:" prefix to chrId
-              return ref.getAccessionId().substring(
-                      DBRefEntry.CHROMOSOME.length() + 1);
-            }
-
-            @Override
-            public MapList getMap()
-            {
-              return ref.getMap().getMap();
-            }
-          };
+          return (GeneLociI) ref;
         }
       }
     }
index 36b19e2..6923b77 100644 (file)
@@ -23,7 +23,6 @@ package jalview.ext.ensembl;
 import jalview.api.FeatureColourI;
 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
 import jalview.datamodel.AlignmentI;
-import jalview.datamodel.DBRefEntry;
 import jalview.datamodel.GeneLociI;
 import jalview.datamodel.Sequence;
 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
@@ -64,6 +63,8 @@ public class EnsemblGene extends EnsemblSeqProxy
       EnsemblFeatureType.exon, EnsemblFeatureType.cds,
       EnsemblFeatureType.variation };
 
+  private static final String CHROMOSOME = "chromosome";
+
   /**
    * Default constructor (to use rest.ensembl.org)
    */
@@ -189,7 +190,7 @@ public class EnsemblGene extends EnsemblSeqProxy
     if (geneLoci != null)
     {
       seq.setGeneLoci(geneLoci.getSpeciesId(), geneLoci.getAssemblyId(),
-              geneLoci.getChromosomeId(), geneLoci.getMap());
+              geneLoci.getChromosomeId(), geneLoci.getMapping());
     }
     else
     {
@@ -211,7 +212,7 @@ public class EnsemblGene extends EnsemblSeqProxy
       return false;
     }
     String[] tokens = description.split(":");
-    if (tokens.length == 6 && tokens[0].startsWith(DBRefEntry.CHROMOSOME))
+    if (tokens.length == 6 && tokens[0].startsWith(CHROMOSOME))
     {
       String ref = tokens[1];
       String chrom = tokens[2];
@@ -462,7 +463,7 @@ public class EnsemblGene extends EnsemblSeqProxy
       return;
     }
 
-    MapList geneMapping = loci.getMap();
+    MapList geneMapping = loci.getMapping();
 
     List<int[]> exons = mapping.getFromRanges();
     List<int[]> transcriptLoci = new ArrayList<>();
index c6b794a..b412849 100644 (file)
@@ -23,6 +23,8 @@ package jalview.ext.ensembl;
 import jalview.bin.Cache;
 import jalview.datamodel.AlignmentI;
 import jalview.datamodel.GeneLociI;
+import jalview.datamodel.GeneLocus;
+import jalview.datamodel.Mapping;
 import jalview.util.MapList;
 
 import java.io.BufferedReader;
@@ -287,34 +289,10 @@ public class EnsemblLookup extends EnsemblRestClient
           fromEnd });
       List<int[]> toRange = Collections.singletonList(new int[] { toStart,
           toEnd });
-      final MapList map = new MapList(fromRange, toRange, 1, 1);
-      return new GeneLociI()
-      {
-
-        @Override
-        public String getSpeciesId()
-        {
-          return species == null ? "" : species;
-        }
-
-        @Override
-        public String getAssemblyId()
-        {
-          return assembly;
-        }
-
-        @Override
-        public String getChromosomeId()
-        {
-          return chromosome;
-        }
-
-        @Override
-        public MapList getMap()
-        {
-          return map;
-        }
-      };
+      final Mapping map = new Mapping(
+              new MapList(fromRange, toRange, 1, 1));
+      return new GeneLocus(species == null ? "" : species, assembly,
+              chromosome, map);
     } catch (NullPointerException | NumberFormatException e)
     {
       Cache.log.error("Error looking up gene loci: " + e.getMessage());
index f01bd4f..9bd8eee 100644 (file)
@@ -3,6 +3,8 @@ package jalview.ext.ensembl;
 import jalview.datamodel.AlignmentI;
 import jalview.datamodel.DBRefSource;
 import jalview.datamodel.GeneLociI;
+import jalview.datamodel.GeneLocus;
+import jalview.datamodel.Mapping;
 import jalview.util.MapList;
 
 import java.io.BufferedReader;
@@ -374,34 +376,9 @@ public class EnsemblMap extends EnsemblRestClient
       final String chr = chromosome;
       List<int[]> fromRange = Collections.singletonList(new int[] { 1,
           fromEnd });
-      final MapList map = new MapList(fromRange, regions, 1, 1);
-      return new GeneLociI()
-      {
-
-        @Override
-        public String getSpeciesId()
-        {
-          return species == null ? "" : species;
-        }
-
-        @Override
-        public String getAssemblyId()
-        {
-          return as;
-        }
-
-        @Override
-        public String getChromosomeId()
-        {
-          return chr;
-        }
-
-        @Override
-        public MapList getMap()
-        {
-          return map;
-        }
-      };
+      Mapping mapping = new Mapping(new MapList(fromRange, regions, 1, 1));
+      return new GeneLocus(species == null ? "" : species, as, chr,
+              mapping);
     } catch (IOException | ParseException | NumberFormatException e)
     {
       // ignore
index 85f2498..51ac2ee 100644 (file)
@@ -356,12 +356,12 @@ public class CrossRefAction implements Runnable
             seq.getLength());
     if (geneLoci != null)
     {
-      MapList map = geneLoci.getMap();
+      MapList map = geneLoci.getMapping();
       int mappedFromLength = MappingUtils.getLength(map.getFromRanges());
       if (mappedFromLength == seq.getLength())
       {
         seq.setGeneLoci(geneLoci.getSpeciesId(), geneLoci.getAssemblyId(),
-                geneLoci.getChromosomeId(), geneLoci.getMap());
+                geneLoci.getChromosomeId(), map);
         retrievedLoci.put(dbref, geneLoci);
         return true;
       }
@@ -374,12 +374,12 @@ public class CrossRefAction implements Runnable
             seq.getLength());
     if (geneLoci != null)
     {
-      MapList map = geneLoci.getMap();
+      MapList map = geneLoci.getMapping();
       int mappedFromLength = MappingUtils.getLength(map.getFromRanges());
       if (mappedFromLength == seq.getLength())
       {
         seq.setGeneLoci(geneLoci.getSpeciesId(), geneLoci.getAssemblyId(),
-                geneLoci.getChromosomeId(), geneLoci.getMap());
+                geneLoci.getChromosomeId(), map);
         retrievedLoci.put(dbref, geneLoci);
         return true;
       }
index 6b82671..dd09d03 100644 (file)
@@ -23,6 +23,7 @@ package jalview.io;
 import jalview.api.FeatureColourI;
 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
 import jalview.datamodel.DBRefSource;
+import jalview.datamodel.GeneLociI;
 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
 import jalview.datamodel.SequenceI;
 import jalview.util.MessageManager;
@@ -68,11 +69,11 @@ public class SequenceAnnotationReport
     @Override
     public int compare(DBRefEntry ref1, DBRefEntry ref2)
     {
-      if (ref1.isChromosome())
+      if (ref1 instanceof GeneLociI)
       {
         return -1;
       }
-      if (ref2.isChromosome())
+      if (ref2 instanceof GeneLociI)
       {
         return 1;
       }
index de2f18a..67cf50f 100644 (file)
@@ -648,7 +648,7 @@ public class VCFLoader
     String species = seqCoords.getSpeciesId();
     String chromosome = seqCoords.getChromosomeId();
     String seqRef = seqCoords.getAssemblyId();
-    MapList map = seqCoords.getMap();
+    MapList map = seqCoords.getMapping();
 
     if (!vcfSpeciesMatchesSequence(vcfAssembly, species))
     {
index e57dd01..0b2a20c 100644 (file)
@@ -38,6 +38,8 @@ import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
 import jalview.datamodel.Alignment;
 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
 import jalview.datamodel.AlignmentI;
+import jalview.datamodel.DBRefEntry;
+import jalview.datamodel.GeneLocus;
 import jalview.datamodel.GraphLine;
 import jalview.datamodel.PDBEntry;
 import jalview.datamodel.Point;
@@ -2490,21 +2492,29 @@ public class Jalview2XML
         parentseq = jds;
       }
     }
+
+    /*
+     * save any dbrefs; special subclass GeneLocus is flagged as 'locus'
+     */
     if (dbrefs != null)
     {
       for (int d = 0; d < dbrefs.length; d++)
       {
         DBRef dbref = new DBRef();
-        dbref.setSource(dbrefs[d].getSource());
-        dbref.setVersion(dbrefs[d].getVersion());
-        dbref.setAccessionId(dbrefs[d].getAccessionId());
-        if (dbrefs[d].hasMap())
+        DBRefEntry dbRefEntry = dbrefs[d];
+        dbref.setSource(dbRefEntry.getSource());
+        dbref.setVersion(dbRefEntry.getVersion());
+        dbref.setAccessionId(dbRefEntry.getAccessionId());
+        if (dbRefEntry instanceof GeneLocus)
         {
-          Mapping mp = createVamsasMapping(dbrefs[d].getMap(), parentseq,
+          dbref.setLocus(true);
+        }
+        if (dbRefEntry.hasMap())
+        {
+          Mapping mp = createVamsasMapping(dbRefEntry.getMap(), parentseq,
                   jds, recurse);
           dbref.setMapping(mp);
         }
-        // vamsasSeq.addDBRef(dbref);
         vamsasSeq.getDBRef().add(dbref);
       }
     }
@@ -5791,13 +5801,29 @@ public class Jalview2XML
     return datasetId;
   }
 
+  /**
+   * Add any saved DBRefEntry's to the sequence. An entry flagged as 'locus' is
+   * constructed as a special subclass GeneLocus.
+   * 
+   * @param datasetSequence
+   * @param sequence
+   */
   private void addDBRefs(SequenceI datasetSequence, Sequence sequence)
   {
     for (int d = 0; d < sequence.getDBRef().size(); d++)
     {
       DBRef dr = sequence.getDBRef().get(d);
-      jalview.datamodel.DBRefEntry entry = new jalview.datamodel.DBRefEntry(
-              dr.getSource(), dr.getVersion(), dr.getAccessionId());
+      DBRefEntry entry;
+      if (dr.isLocus())
+      {
+        entry = new GeneLocus(dr.getSource(), dr.getVersion(),
+                dr.getAccessionId());
+      }
+      else
+      {
+        entry = new DBRefEntry(dr.getSource(), dr.getVersion(),
+                dr.getAccessionId());
+      }
       if (dr.getMapping() != null)
       {
         entry.setMap(addMapping(dr.getMapping()));
index abb40c9..4442017 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
-// Generated on: 2018.12.20 at 11:47:26 AM GMT 
+// Generated on: 2019.02.06 at 10:59:19 AM GMT 
 //
 
 
@@ -38,6 +38,7 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  *                 &lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  *                 &lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  *                 &lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *                 &lt;attribute name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  *               &lt;/restriction>
  *             &lt;/complexContent>
  *           &lt;/complexType>
@@ -134,6 +135,7 @@ public class Sequence
      *       &lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
      *       &lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
      *       &lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+     *       &lt;attribute name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
      *     &lt;/restriction>
      *   &lt;/complexContent>
      * &lt;/complexType>
@@ -155,6 +157,8 @@ public class Sequence
         protected String version;
         @XmlAttribute(name = "accessionId")
         protected String accessionId;
+        @XmlAttribute(name = "locus")
+        protected Boolean locus;
 
         /**
          * Gets the value of the mapping property.
@@ -252,6 +256,34 @@ public class Sequence
             this.accessionId = value;
         }
 
+        /**
+         * Gets the value of the locus property.
+         * 
+         * @return
+         *     possible object is
+         *     {@link Boolean }
+         *     
+         */
+        public boolean isLocus() {
+            if (locus == null) {
+                return false;
+            } else {
+                return locus;
+            }
+        }
+
+        /**
+         * Sets the value of the locus property.
+         * 
+         * @param value
+         *     allowed object is
+         *     {@link Boolean }
+         *     
+         */
+        public void setLocus(Boolean value) {
+            this.locus = value;
+        }
+
     }
 
 }
index a7a7d34..19e9578 100644 (file)
@@ -2680,7 +2680,7 @@ public class AlignmentUtilsTests
      * transcript 'CDS' is 10-16, 17-21
      * which is 'gene' 158-164, 210-214
      */
-    MapList toMap = toLoci.getMap();
+    MapList toMap = toLoci.getMapping();
     assertEquals(1, toMap.getFromRanges().size());
     assertEquals(2, toMap.getFromRanges().get(0).length);
     assertEquals(1, toMap.getFromRanges().get(0)[0]);
@@ -2703,7 +2703,7 @@ public class AlignmentUtilsTests
     AlignmentUtils.transferGeneLoci(from, map, to);
     assertEquals("GRCh38", toLoci.getAssemblyId());
     assertEquals("7", toLoci.getChromosomeId());
-    toMap = toLoci.getMap();
+    toMap = toLoci.getMapping();
     assertEquals("[ [1, 12] ] 1:1 to [ [158, 164] [210, 214] ]",
             toMap.toString());
   }
index 3f4ed71..5c87369 100644 (file)
@@ -34,7 +34,10 @@ import jalview.api.FeatureColourI;
 import jalview.api.ViewStyleI;
 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
 import jalview.datamodel.AlignmentI;
+import jalview.datamodel.DBRefEntry;
+import jalview.datamodel.GeneLocus;
 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
+import jalview.datamodel.Mapping;
 import jalview.datamodel.PDBEntry;
 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
@@ -68,6 +71,7 @@ import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
 import jalview.structure.StructureImportSettings;
+import jalview.util.MapList;
 import jalview.util.matcher.Condition;
 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
 
@@ -1168,4 +1172,83 @@ public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
                     .getAlignViewport(),
             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
   }
+
+  /**
+   * Test save and reload of DBRefEntry including GeneLocus in project
+   * 
+   * @throws Exception
+   */
+  @Test(groups = { "Functional" })
+  public void testStoreAndRecoverGeneLocus() throws Exception
+  {
+    Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
+    String seqData = ">P30419\nACDE\n>X1235\nGCCTGTGACGAA";
+    AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqData,
+            DataSourceType.PASTE);
+    assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
+  
+    AlignmentViewPanel ap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
+    SequenceI pep = ap.getAlignment().getSequenceAt(0);
+    SequenceI cds = ap.getAlignment().getSequenceAt(1);
+
+    /*
+     * give 'protein' a dbref to self, a dbref with map to CDS,
+     * and a dbref with map to gene 'locus'
+     */
+    DBRefEntry dbref1 = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "P30419", null);
+    pep.addDBRef(dbref1);
+    Mapping cdsmap = new Mapping(cds,
+            new MapList(new int[]
+            { 1, 4 }, new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
+    DBRefEntry dbref2 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "X1235", cdsmap);
+    pep.addDBRef(dbref2);
+    Mapping locusmap = new Mapping(null,
+            new MapList(new int[]
+            { 1, 4 }, new int[] { 2674123, 2674135 }, 1, 3));
+    DBRefEntry dbref3 = new GeneLocus("human", "GRCh38", "5", locusmap);
+    pep.addDBRef(dbref3);
+
+    File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGeneLocus",
+            ".jvp");
+    try
+    {
+      new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
+    } catch (Throwable e)
+    {
+      Assert.fail("Didn't save the state", e);
+    }
+    Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
+  
+    new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
+            DataSourceType.FILE);
+    AlignmentViewPanel rap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
+    SequenceI rpep = rap.getAlignment().getSequenceAt(0);
+    assertEquals(rpep.getName(), "P30419");
+    DBRefEntry[] dbrefs = rpep.getDBRefs();
+    assertEquals(dbrefs.length, 3);
+    DBRefEntry dbRef = dbrefs[0];
+    assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
+    assertNull(dbRef.getMap());
+    assertEquals(dbRef, dbref1);
+
+    /*
+     * restored dbrefs with mapping have a different 'map to'
+     * sequence but otherwise match the original dbrefs
+     */
+    dbRef = dbrefs[1];
+    assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
+    assertTrue(dbRef.equalRef(dbref2));
+    assertNotNull(dbRef.getMap());
+    SequenceI rcds = rap.getAlignment().getSequenceAt(1);
+    assertSame(dbRef.getMap().getTo(), rcds);
+    // compare MapList but not map.to
+    assertEquals(dbRef.getMap().getMap(), dbref2.getMap().getMap());
+
+    /*
+     * GeneLocus map.to is null so can compare Mapping objects
+     */
+    dbRef = dbrefs[2];
+    assertTrue(dbRef instanceof GeneLocus);
+    assertEquals(dbRef, dbref3);
+  }
 }