src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java

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   2 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802
   3 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a>
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   5 // Generated on: 2018.12.20 at 11:47:26 AM GMT
   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * <p>Java class for anonymous complex type.
  23  *
  24  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  25  *
  26  * <pre>
  27  * &lt;complexType>
  28  *   &lt;complexContent>
  29  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  30  *       &lt;sequence>
  31  *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}annotationElement" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  32  *         &lt;element name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
  33  *         &lt;element name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
  34  *         &lt;element name="thresholdLine" minOccurs="0">
  35  *           &lt;complexType>
  36  *             &lt;complexContent>
  37  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  38  *                 &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  39  *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
  40  *                 &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  41  *               &lt;/restriction>
  42  *             &lt;/complexContent>
  43  *           &lt;/complexType>
  44  *         &lt;/element>
  45  *         &lt;element name="property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  46  *           &lt;complexType>
  47  *             &lt;complexContent>
  48  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  49  *                 &lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  50  *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  51  *               &lt;/restriction>
  52  *             &lt;/complexContent>
  53  *           &lt;/complexType>
  54  *         &lt;/element>
  55  *       &lt;/sequence>
  56  *       &lt;attribute name="graph" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  57  *       &lt;attribute name="graphType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  58  *       &lt;attribute name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  59  *       &lt;attribute name="groupRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  60  *       &lt;attribute name="graphColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  61  *       &lt;attribute name="graphGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  62  *       &lt;attribute name="graphHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  63  *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  64  *       &lt;attribute name="scoreOnly" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  65  *       &lt;attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" />
  66  *       &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  67  *       &lt;attribute name="centreColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  68  *       &lt;attribute name="scaleColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  69  *       &lt;attribute name="showAllColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  70  *       &lt;attribute name="autoCalculated" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  71  *       &lt;attribute name="belowAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
  72  *       &lt;attribute name="calcId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  73  *     &lt;/restriction>
  74  *   &lt;/complexContent>
  75  * &lt;/complexType>
  76  * </pre>
  77  *
  78  *
  79  */
  80 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  81 @XmlType(name = "", propOrder = {
  82     "annotationElement",
  83     "label",
  84     "description",
  85     "thresholdLine",
  86     "property"
  87 })
  88 @XmlRootElement(name = "Annotation")
  89 public class Annotation {
  90
  91     protected List<AnnotationElement> annotationElement;
  92     @XmlElement(required = true)
  93     protected String label;
  94     protected String description;
  95     protected Annotation.ThresholdLine thresholdLine;
  96     protected List<Annotation.Property> property;
  97     @XmlAttribute(name = "graph", required = true)
  98     protected boolean graph;
  99     @XmlAttribute(name = "graphType")
 100     protected Integer graphType;
 101     @XmlAttribute(name = "sequenceRef")
 102     protected String sequenceRef;
 103     @XmlAttribute(name = "groupRef")
 104     protected String groupRef;
 105     @XmlAttribute(name = "graphColour")
 106     protected Integer graphColour;
 107     @XmlAttribute(name = "graphGroup")
 108     protected Integer graphGroup;
 109     @XmlAttribute(name = "graphHeight")
 110     protected Integer graphHeight;
 111     @XmlAttribute(name = "id")
 112     protected String id;
 113     @XmlAttribute(name = "scoreOnly")
 114     protected Boolean scoreOnly;
 115     @XmlAttribute(name = "score")
 116     protected Double score;
 117     @XmlAttribute(name = "visible")
 118     protected Boolean visible;
 119     @XmlAttribute(name = "centreColLabels")
 120     protected Boolean centreColLabels;
 121     @XmlAttribute(name = "scaleColLabels")
 122     protected Boolean scaleColLabels;
 123     @XmlAttribute(name = "showAllColLabels")
 124     protected Boolean showAllColLabels;
 125     @XmlAttribute(name = "autoCalculated")
 126     protected Boolean autoCalculated;
 127     @XmlAttribute(name = "belowAlignment")
 128     protected Boolean belowAlignment;
 129     @XmlAttribute(name = "calcId")
 130     protected String calcId;
 131
 132     /**
 133      * Gets the value of the annotationElement property.
 134      *
 135      * <p>
 136      * This accessor method returns a reference to the live list,
 137      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 138      * returned list will be present inside the JAXB object.
 139      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the annotationElement property.
 140      *
 141      * <p>
 142      * For example, to add a new item, do as follows:
 143      * <pre>
 144      *    getAnnotationElement().add(newItem);
 145      * </pre>
 146      *
 147      *
 148      * <p>
 149      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 150      * {@link AnnotationElement }
 151      *
 152      *
 153      */
 154     public List<AnnotationElement> getAnnotationElement() {
 155         if (annotationElement == null) {
 156             annotationElement = new ArrayList<AnnotationElement>();
 157         }
 158         return this.annotationElement;
 159     }
 160
 161     /**
 162      * Gets the value of the label property.
 163      *
 164      * @return
 165      *     possible object is
 166      *     {@link String }
 167      *
 168      */
 169     public String getLabel() {
 170         return label;
 171     }
 172
 173     /**
 174      * Sets the value of the label property.
 175      *
 176      * @param value
 177      *     allowed object is
 178      *     {@link String }
 179      *
 180      */
 181     public void setLabel(String value) {
 182         this.label = value;
 183     }
 184
 185     /**
 186      * Gets the value of the description property.
 187      *
 188      * @return
 189      *     possible object is
 190      *     {@link String }
 191      *
 192      */
 193     public String getDescription() {
 194         return description;
 195     }
 196
 197     /**
 198      * Sets the value of the description property.
 199      *
 200      * @param value
 201      *     allowed object is
 202      *     {@link String }
 203      *
 204      */
 205     public void setDescription(String value) {
 206         this.description = value;
 207     }
 208
 209     /**
 210      * Gets the value of the thresholdLine property.
 211      *
 212      * @return
 213      *     possible object is
 214      *     {@link Annotation.ThresholdLine }
 215      *
 216      */
 217     public Annotation.ThresholdLine getThresholdLine() {
 218         return thresholdLine;
 219     }
 220
 221     /**
 222      * Sets the value of the thresholdLine property.
 223      *
 224      * @param value
 225      *     allowed object is
 226      *     {@link Annotation.ThresholdLine }
 227      *
 228      */
 229     public void setThresholdLine(Annotation.ThresholdLine value) {
 230         this.thresholdLine = value;
 231     }
 232
 233     /**
 234      * Gets the value of the property property.
 235      *
 236      * <p>
 237      * This accessor method returns a reference to the live list,
 238      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 239      * returned list will be present inside the JAXB object.
 240      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the property property.
 241      *
 242      * <p>
 243      * For example, to add a new item, do as follows:
 244      * <pre>
 245      *    getProperty().add(newItem);
 246      * </pre>
 247      *
 248      *
 249      * <p>
 250      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 251      * {@link Annotation.Property }
 252      *
 253      *
 254      */
 255     public List<Annotation.Property> getProperty() {
 256         if (property == null) {
 257             property = new ArrayList<Annotation.Property>();
 258         }
 259         return this.property;
 260     }
 261
 262     /**
 263      * Gets the value of the graph property.
 264      *
 265      */
 266     public boolean isGraph() {
 267         return graph;
 268     }
 269
 270     /**
 271      * Sets the value of the graph property.
 272      *
 273      */
 274     public void setGraph(boolean value) {
 275         this.graph = value;
 276     }
 277
 278     /**
 279      * Gets the value of the graphType property.
 280      *
 281      * @return
 282      *     possible object is
 283      *     {@link Integer }
 284      *
 285      */
 286     public Integer getGraphType() {
 287         return graphType;
 288     }
 289
 290     /**
 291      * Sets the value of the graphType property.
 292      *
 293      * @param value
 294      *     allowed object is
 295      *     {@link Integer }
 296      *
 297      */
 298     public void setGraphType(Integer value) {
 299         this.graphType = value;
 300     }
 301
 302     /**
 303      * Gets the value of the sequenceRef property.
 304      *
 305      * @return
 306      *     possible object is
 307      *     {@link String }
 308      *
 309      */
 310     public String getSequenceRef() {
 311         return sequenceRef;
 312     }
 313
 314     /**
 315      * Sets the value of the sequenceRef property.
 316      *
 317      * @param value
 318      *     allowed object is
 319      *     {@link String }
 320      *
 321      */
 322     public void setSequenceRef(String value) {
 323         this.sequenceRef = value;
 324     }
 325
 326     /**
 327      * Gets the value of the groupRef property.
 328      *
 329      * @return
 330      *     possible object is
 331      *     {@link String }
 332      *
 333      */
 334     public String getGroupRef() {
 335         return groupRef;
 336     }
 337
 338     /**
 339      * Sets the value of the groupRef property.
 340      *
 341      * @param value
 342      *     allowed object is
 343      *     {@link String }
 344      *
 345      */
 346     public void setGroupRef(String value) {
 347         this.groupRef = value;
 348     }
 349
 350     /**
 351      * Gets the value of the graphColour property.
 352      *
 353      * @return
 354      *     possible object is
 355      *     {@link Integer }
 356      *
 357      */
 358     public Integer getGraphColour() {
 359         return graphColour;
 360     }
 361
 362     /**
 363      * Sets the value of the graphColour property.
 364      *
 365      * @param value
 366      *     allowed object is
 367      *     {@link Integer }
 368      *
 369      */
 370     public void setGraphColour(Integer value) {
 371         this.graphColour = value;
 372     }
 373
 374     /**
 375      * Gets the value of the graphGroup property.
 376      *
 377      * @return
 378      *     possible object is
 379      *     {@link Integer }
 380      *
 381      */
 382     public Integer getGraphGroup() {
 383         return graphGroup;
 384     }
 385
 386     /**
 387      * Sets the value of the graphGroup property.
 388      *
 389      * @param value
 390      *     allowed object is
 391      *     {@link Integer }
 392      *
 393      */
 394     public void setGraphGroup(Integer value) {
 395         this.graphGroup = value;
 396     }
 397
 398     /**
 399      * Gets the value of the graphHeight property.
 400      *
 401      * @return
 402      *     possible object is
 403      *     {@link Integer }
 404      *
 405      */
 406     public Integer getGraphHeight() {
 407         return graphHeight;
 408     }
 409
 410     /**
 411      * Sets the value of the graphHeight property.
 412      *
 413      * @param value
 414      *     allowed object is
 415      *     {@link Integer }
 416      *
 417      */
 418     public void setGraphHeight(Integer value) {
 419         this.graphHeight = value;
 420     }
 421
 422     /**
 423      * Gets the value of the id property.
 424      *
 425      * @return
 426      *     possible object is
 427      *     {@link String }
 428      *
 429      */
 430     public String getId() {
 431         return id;
 432     }
 433
 434     /**
 435      * Sets the value of the id property.
 436      *
 437      * @param value
 438      *     allowed object is
 439      *     {@link String }
 440      *
 441      */
 442     public void setId(String value) {
 443         this.id = value;
 444     }
 445
 446     /**
 447      * Gets the value of the scoreOnly property.
 448      *
 449      * @return
 450      *     possible object is
 451      *     {@link Boolean }
 452      *
 453      */
 454     public boolean isScoreOnly() {
 455         if (scoreOnly == null) {
 456             return false;
 457         } else {
 458             return scoreOnly;
 459         }
 460     }
 461
 462     /**
 463      * Sets the value of the scoreOnly property.
 464      *
 465      * @param value
 466      *     allowed object is
 467      *     {@link Boolean }
 468      *
 469      */
 470     public void setScoreOnly(Boolean value) {
 471         this.scoreOnly = value;
 472     }
 473
 474     /**
 475      * Gets the value of the score property.
 476      *
 477      * @return
 478      *     possible object is
 479      *     {@link Double }
 480      *
 481      */
 482     public Double getScore() {
 483         return score;
 484     }
 485
 486     /**
 487      * Sets the value of the score property.
 488      *
 489      * @param value
 490      *     allowed object is
 491      *     {@link Double }
 492      *
 493      */
 494     public void setScore(Double value) {
 495         this.score = value;
 496     }
 497
 498     /**
 499      * Gets the value of the visible property.
 500      *
 501      * @return
 502      *     possible object is
 503      *     {@link Boolean }
 504      *
 505      */
 506     public Boolean isVisible() {
 507         return visible;
 508     }
 509
 510     /**
 511      * Sets the value of the visible property.
 512      *
 513      * @param value
 514      *     allowed object is
 515      *     {@link Boolean }
 516      *
 517      */
 518     public void setVisible(Boolean value) {
 519         this.visible = value;
 520     }
 521
 522     /**
 523      * Gets the value of the centreColLabels property.
 524      *
 525      * @return
 526      *     possible object is
 527      *     {@link Boolean }
 528      *
 529      */
 530     public Boolean isCentreColLabels() {
 531         return centreColLabels;
 532     }
 533
 534     /**
 535      * Sets the value of the centreColLabels property.
 536      *
 537      * @param value
 538      *     allowed object is
 539      *     {@link Boolean }
 540      *
 541      */
 542     public void setCentreColLabels(Boolean value) {
 543         this.centreColLabels = value;
 544     }
 545
 546     /**
 547      * Gets the value of the scaleColLabels property.
 548      *
 549      * @return
 550      *     possible object is
 551      *     {@link Boolean }
 552      *
 553      */
 554     public Boolean isScaleColLabels() {
 555         return scaleColLabels;
 556     }
 557
 558     /**
 559      * Sets the value of the scaleColLabels property.
 560      *
 561      * @param value
 562      *     allowed object is
 563      *     {@link Boolean }
 564      *
 565      */
 566     public void setScaleColLabels(Boolean value) {
 567         this.scaleColLabels = value;
 568     }
 569
 570     /**
 571      * Gets the value of the showAllColLabels property.
 572      *
 573      * @return
 574      *     possible object is
 575      *     {@link Boolean }
 576      *
 577      */
 578     public Boolean isShowAllColLabels() {
 579         return showAllColLabels;
 580     }
 581
 582     /**
 583      * Sets the value of the showAllColLabels property.
 584      *
 585      * @param value
 586      *     allowed object is
 587      *     {@link Boolean }
 588      *
 589      */
 590     public void setShowAllColLabels(Boolean value) {
 591         this.showAllColLabels = value;
 592     }
 593
 594     /**
 595      * Gets the value of the autoCalculated property.
 596      *
 597      * @return
 598      *     possible object is
 599      *     {@link Boolean }
 600      *
 601      */
 602     public boolean isAutoCalculated() {
 603         if (autoCalculated == null) {
 604             return false;
 605         } else {
 606             return autoCalculated;
 607         }
 608     }
 609
 610     /**
 611      * Sets the value of the autoCalculated property.
 612      *
 613      * @param value
 614      *     allowed object is
 615      *     {@link Boolean }
 616      *
 617      */
 618     public void setAutoCalculated(Boolean value) {
 619         this.autoCalculated = value;
 620     }
 621
 622     /**
 623      * Gets the value of the belowAlignment property.
 624      *
 625      * @return
 626      *     possible object is
 627      *     {@link Boolean }
 628      *
 629      */
 630     public boolean isBelowAlignment() {
 631         if (belowAlignment == null) {
 632             return true;
 633         } else {
 634             return belowAlignment;
 635         }
 636     }
 637
 638     /**
 639      * Sets the value of the belowAlignment property.
 640      *
 641      * @param value
 642      *     allowed object is
 643      *     {@link Boolean }
 644      *
 645      */
 646     public void setBelowAlignment(Boolean value) {
 647         this.belowAlignment = value;
 648     }
 649
 650     /**
 651      * Gets the value of the calcId property.
 652      *
 653      * @return
 654      *     possible object is
 655      *     {@link String }
 656      *
 657      */
 658     public String getCalcId() {
 659         return calcId;
 660     }
 661
 662     /**
 663      * Sets the value of the calcId property.
 664      *
 665      * @param value
 666      *     allowed object is
 667      *     {@link String }
 668      *
 669      */
 670     public void setCalcId(String value) {
 671         this.calcId = value;
 672     }
 673
 674
 675     /**
 676      * <p>Java class for anonymous complex type.
 677      *
 678      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 679      *
 680      * <pre>
 681      * &lt;complexType>
 682      *   &lt;complexContent>
 683      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 684      *       &lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 685      *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 686      *     &lt;/restriction>
 687      *   &lt;/complexContent>
 688      * &lt;/complexType>
 689      * </pre>
 690      *
 691      *
 692      */
 693     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 694     @XmlType(name = "")
 695     public static class Property {
 696
 697         @XmlAttribute(name = "name")
 698         protected String name;
 699         @XmlAttribute(name = "value")
 700         protected String value;
 701
 702         /**
 703          * Gets the value of the name property.
 704          *
 705          * @return
 706          *     possible object is
 707          *     {@link String }
 708          *
 709          */
 710         public String getName() {
 711             return name;
 712         }
 713
 714         /**
 715          * Sets the value of the name property.
 716          *
 717          * @param value
 718          *     allowed object is
 719          *     {@link String }
 720          *
 721          */
 722         public void setName(String value) {
 723             this.name = value;
 724         }
 725
 726         /**
 727          * Gets the value of the value property.
 728          *
 729          * @return
 730          *     possible object is
 731          *     {@link String }
 732          *
 733          */
 734         public String getValue() {
 735             return value;
 736         }
 737
 738         /**
 739          * Sets the value of the value property.
 740          *
 741          * @param value
 742          *     allowed object is
 743          *     {@link String }
 744          *
 745          */
 746         public void setValue(String value) {
 747             this.value = value;
 748         }
 749
 750     }
 751
 752
 753     /**
 754      * <p>Java class for anonymous complex type.
 755      *
 756      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 757      *
 758      * <pre>
 759      * &lt;complexType>
 760      *   &lt;complexContent>
 761      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 762      *       &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 763      *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 764      *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 765      *     &lt;/restriction>
 766      *   &lt;/complexContent>
 767      * &lt;/complexType>
 768      * </pre>
 769      *
 770      *
 771      */
 772     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 773     @XmlType(name = "")
 774     public static class ThresholdLine {
 775
 776         @XmlAttribute(name = "label")
 777         protected String label;
 778         @XmlAttribute(name = "value")
 779         protected Float value;
 780         @XmlAttribute(name = "colour")
 781         protected Integer colour;
 782
 783         /**
 784          * Gets the value of the label property.
 785          *
 786          * @return
 787          *     possible object is
 788          *     {@link String }
 789          *
 790          */
 791         public String getLabel() {
 792             return label;
 793         }
 794
 795         /**
 796          * Sets the value of the label property.
 797          *
 798          * @param value
 799          *     allowed object is
 800          *     {@link String }
 801          *
 802          */
 803         public void setLabel(String value) {
 804             this.label = value;
 805         }
 806
 807         /**
 808          * Gets the value of the value property.
 809          *
 810          * @return
 811          *     possible object is
 812          *     {@link Float }
 813          *
 814          */
 815         public Float getValue() {
 816             return value;
 817         }
 818
 819         /**
 820          * Sets the value of the value property.
 821          *
 822          * @param value
 823          *     allowed object is
 824          *     {@link Float }
 825          *
 826          */
 827         public void setValue(Float value) {
 828             this.value = value;
 829         }
 830
 831         /**
 832          * Gets the value of the colour property.
 833          *
 834          * @return
 835          *     possible object is
 836          *     {@link Integer }
 837          *
 838          */
 839         public Integer getColour() {
 840             return colour;
 841         }
 842
 843         /**
 844          * Sets the value of the colour property.
 845          *
 846          * @param value
 847          *     allowed object is
 848          *     {@link Integer }
 849          *
 850          */
 851         public void setColour(Integer value) {
 852             this.colour = value;
 853         }
 854
 855     }
 856
 857 }