src/jalview/xml/binding/jalview/Feature.java

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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  17
  18
  19 /**
  20  * <p>Java class for feature complex type.
  21  *
  22  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  23  *
  24  * <pre>
  25  * &lt;complexType name="feature">
  26  *   &lt;complexContent>
  27  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  28  *       &lt;sequence>
  29  *         &lt;element name="otherData" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  30  *           &lt;complexType>
  31  *             &lt;complexContent>
  32  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  33  *                 &lt;attribute name="key" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  34  *                 &lt;attribute name="key2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  35  *                 &lt;attribute name="value" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  36  *               &lt;/restriction>
  37  *             &lt;/complexContent>
  38  *           &lt;/complexType>
  39  *         &lt;/element>
  40  *       &lt;/sequence>
  41  *       &lt;attribute name="begin" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  42  *       &lt;attribute name="end" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  43  *       &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  44  *       &lt;attribute name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  45  *       &lt;attribute name="status" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  46  *       &lt;attribute name="featureGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  47  *       &lt;attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
  48  *     &lt;/restriction>
  49  *   &lt;/complexContent>
  50  * &lt;/complexType>
  51  * </pre>
  52  *
  53  *
  54  */
  55 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  56 @XmlType(name = "feature", namespace = "www.jalview.org", propOrder = {
  57     "otherData"
  58 })
  59 public class Feature {
  60
  61     protected List<Feature.OtherData> otherData;
  62     @XmlAttribute(name = "begin", required = true)
  63     protected int begin;
  64     @XmlAttribute(name = "end", required = true)
  65     protected int end;
  66     @XmlAttribute(name = "type", required = true)
  67     protected String type;
  68     @XmlAttribute(name = "description")
  69     protected String description;
  70     @XmlAttribute(name = "status")
  71     protected String status;
  72     @XmlAttribute(name = "featureGroup")
  73     protected String featureGroup;
  74     @XmlAttribute(name = "score")
  75     protected Float score;
  76
  77     /**
  78      * Gets the value of the otherData property.
  79      *
  80      * <p>
  81      * This accessor method returns a reference to the live list,
  82      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  83      * returned list will be present inside the JAXB object.
  84      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the otherData property.
  85      *
  86      * <p>
  87      * For example, to add a new item, do as follows:
  88      * <pre>
  89      *    getOtherData().add(newItem);
  90      * </pre>
  91      *
  92      *
  93      * <p>
  94      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  95      * {@link Feature.OtherData }
  96      *
  97      *
  98      */
  99     public List<Feature.OtherData> getOtherData() {
 100         if (otherData == null) {
 101             otherData = new ArrayList<Feature.OtherData>();
 102         }
 103         return this.otherData;
 104     }
 105
 106     /**
 107      * Gets the value of the begin property.
 108      *
 109      */
 110     public int getBegin() {
 111         return begin;
 112     }
 113
 114     /**
 115      * Sets the value of the begin property.
 116      *
 117      */
 118     public void setBegin(int value) {
 119         this.begin = value;
 120     }
 121
 122     /**
 123      * Gets the value of the end property.
 124      *
 125      */
 126     public int getEnd() {
 127         return end;
 128     }
 129
 130     /**
 131      * Sets the value of the end property.
 132      *
 133      */
 134     public void setEnd(int value) {
 135         this.end = value;
 136     }
 137
 138     /**
 139      * Gets the value of the type property.
 140      *
 141      * @return
 142      *     possible object is
 143      *     {@link String }
 144      *
 145      */
 146     public String getType() {
 147         return type;
 148     }
 149
 150     /**
 151      * Sets the value of the type property.
 152      *
 153      * @param value
 154      *     allowed object is
 155      *     {@link String }
 156      *
 157      */
 158     public void setType(String value) {
 159         this.type = value;
 160     }
 161
 162     /**
 163      * Gets the value of the description property.
 164      *
 165      * @return
 166      *     possible object is
 167      *     {@link String }
 168      *
 169      */
 170     public String getDescription() {
 171         return description;
 172     }
 173
 174     /**
 175      * Sets the value of the description property.
 176      *
 177      * @param value
 178      *     allowed object is
 179      *     {@link String }
 180      *
 181      */
 182     public void setDescription(String value) {
 183         this.description = value;
 184     }
 185
 186     /**
 187      * Gets the value of the status property.
 188      *
 189      * @return
 190      *     possible object is
 191      *     {@link String }
 192      *
 193      */
 194     public String getStatus() {
 195         return status;
 196     }
 197
 198     /**
 199      * Sets the value of the status property.
 200      *
 201      * @param value
 202      *     allowed object is
 203      *     {@link String }
 204      *
 205      */
 206     public void setStatus(String value) {
 207         this.status = value;
 208     }
 209
 210     /**
 211      * Gets the value of the featureGroup property.
 212      *
 213      * @return
 214      *     possible object is
 215      *     {@link String }
 216      *
 217      */
 218     public String getFeatureGroup() {
 219         return featureGroup;
 220     }
 221
 222     /**
 223      * Sets the value of the featureGroup property.
 224      *
 225      * @param value
 226      *     allowed object is
 227      *     {@link String }
 228      *
 229      */
 230     public void setFeatureGroup(String value) {
 231         this.featureGroup = value;
 232     }
 233
 234     /**
 235      * Gets the value of the score property.
 236      *
 237      * @return
 238      *     possible object is
 239      *     {@link Float }
 240      *
 241      */
 242     public Float getScore() {
 243         return score;
 244     }
 245
 246     /**
 247      * Sets the value of the score property.
 248      *
 249      * @param value
 250      *     allowed object is
 251      *     {@link Float }
 252      *
 253      */
 254     public void setScore(Float value) {
 255         this.score = value;
 256     }
 257
 258
 259     /**
 260      * <p>Java class for anonymous complex type.
 261      *
 262      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 263      *
 264      * <pre>
 265      * &lt;complexType>
 266      *   &lt;complexContent>
 267      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 268      *       &lt;attribute name="key" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 269      *       &lt;attribute name="key2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 270      *       &lt;attribute name="value" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 271      *     &lt;/restriction>
 272      *   &lt;/complexContent>
 273      * &lt;/complexType>
 274      * </pre>
 275      *
 276      *
 277      */
 278     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 279     @XmlType(name = "")
 280     public static class OtherData {
 281
 282         @XmlAttribute(name = "key", required = true)
 283         protected String key;
 284         @XmlAttribute(name = "key2")
 285         protected String key2;
 286         @XmlAttribute(name = "value", required = true)
 287         protected String value;
 288
 289         /**
 290          * Gets the value of the key property.
 291          *
 292          * @return
 293          *     possible object is
 294          *     {@link String }
 295          *
 296          */
 297         public String getKey() {
 298             return key;
 299         }
 300
 301         /**
 302          * Sets the value of the key property.
 303          *
 304          * @param value
 305          *     allowed object is
 306          *     {@link String }
 307          *
 308          */
 309         public void setKey(String value) {
 310             this.key = value;
 311         }
 312
 313         /**
 314          * Gets the value of the key2 property.
 315          *
 316          * @return
 317          *     possible object is
 318          *     {@link String }
 319          *
 320          */
 321         public String getKey2() {
 322             return key2;
 323         }
 324
 325         /**
 326          * Sets the value of the key2 property.
 327          *
 328          * @param value
 329          *     allowed object is
 330          *     {@link String }
 331          *
 332          */
 333         public void setKey2(String value) {
 334             this.key2 = value;
 335         }
 336
 337         /**
 338          * Gets the value of the value property.
 339          *
 340          * @return
 341          *     possible object is
 342          *     {@link String }
 343          *
 344          */
 345         public String getValue() {
 346             return value;
 347         }
 348
 349         /**
 350          * Sets the value of the value property.
 351          *
 352          * @param value
 353          *     allowed object is
 354          *     {@link String }
 355          *
 356          */
 357         public void setValue(String value) {
 358             this.value = value;
 359         }
 360
 361     }
 362
 363 }