JAL-2738 use GeneLocus extends DBRefEntry to hold chromosomal mappings
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / Mapping.java
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7
8
9 package jalview.xml.binding.jalview;
10
11 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
13 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
14 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
15 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
16
17
18 /**
19  * 
20  *                                      Represent the jalview.datamodel.Mapping object - it also provides
21  *                                      a way of storing sequences that are mapped 'to' without adding them
22  *                                      to the sequence set (which will mean they are then added to the alignment too).
23  *                              
24  * 
25  * <p>Java class for anonymous complex type.
26  * 
27  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
28  * 
29  * <pre>
30  * &lt;complexType>
31  *   &lt;complexContent>
32  *     &lt;extension base="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}mapListType">
33  *       &lt;sequence>
34  *         &lt;choice minOccurs="0">
35  *           &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence"/>
36  *           &lt;element name="dseqFor">
37  *             &lt;simpleType>
38  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
39  *               &lt;/restriction>
40  *             &lt;/simpleType>
41  *           &lt;/element>
42  *         &lt;/choice>
43  *       &lt;/sequence>
44  *     &lt;/extension>
45  *   &lt;/complexContent>
46  * &lt;/complexType>
47  * </pre>
48  * 
49  * 
50  */
51 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
52 @XmlType(name = "", propOrder = {
53     "sequence",
54     "dseqFor"
55 })
56 @XmlRootElement(name = "Mapping")
57 public class Mapping
58     extends MapListType
59 {
60
61     @XmlElement(name = "Sequence")
62     protected Sequence sequence;
63     protected String dseqFor;
64
65     /**
66      * Gets the value of the sequence property.
67      * 
68      * @return
69      *     possible object is
70      *     {@link Sequence }
71      *     
72      */
73     public Sequence getSequence() {
74         return sequence;
75     }
76
77     /**
78      * Sets the value of the sequence property.
79      * 
80      * @param value
81      *     allowed object is
82      *     {@link Sequence }
83      *     
84      */
85     public void setSequence(Sequence value) {
86         this.sequence = value;
87     }
88
89     /**
90      * Gets the value of the dseqFor property.
91      * 
92      * @return
93      *     possible object is
94      *     {@link String }
95      *     
96      */
97     public String getDseqFor() {
98         return dseqFor;
99     }
100
101     /**
102      * Sets the value of the dseqFor property.
103      * 
104      * @param value
105      *     allowed object is
106      *     {@link String }
107      *     
108      */
109     public void setDseqFor(String value) {
110         this.dseqFor = value;
111     }
112
113 }