JAL-2738 use GeneLocus extends DBRefEntry to hold chromosomal mappings
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / SequenceSet.java
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7
8
9 package jalview.xml.binding.jalview;
10
11 import java.util.ArrayList;
12 import java.util.List;
13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
19
20
21 /**
22  * <p>Java class for anonymous complex type.
23  * 
24  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
25  * 
26  * <pre>
27  * &lt;complexType>
28  *   &lt;complexContent>
29  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
30  *       &lt;sequence>
31  *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
32  *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Annotation" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
33  *         &lt;element name="sequenceSetProperties" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
34  *           &lt;complexType>
35  *             &lt;complexContent>
36  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
37  *                 &lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
38  *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
39  *               &lt;/restriction>
40  *             &lt;/complexContent>
41  *           &lt;/complexType>
42  *         &lt;/element>
43  *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}AlcodonFrame" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
44  *       &lt;/sequence>
45  *       &lt;attribute name="gapChar" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
46  *       &lt;attribute name="datasetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
47  *     &lt;/restriction>
48  *   &lt;/complexContent>
49  * &lt;/complexType>
50  * </pre>
51  * 
52  * 
53  */
54 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
55 @XmlType(name = "", propOrder = {
56     "sequence",
57     "annotation",
58     "sequenceSetProperties",
59     "alcodonFrame"
60 })
61 @XmlRootElement(name = "SequenceSet")
62 public class SequenceSet {
63
64     @XmlElement(name = "Sequence")
65     protected List<Sequence> sequence;
66     @XmlElement(name = "Annotation")
67     protected List<Annotation> annotation;
68     protected List<SequenceSet.SequenceSetProperties> sequenceSetProperties;
69     @XmlElement(name = "AlcodonFrame")
70     protected List<AlcodonFrame> alcodonFrame;
71     @XmlAttribute(name = "gapChar", required = true)
72     protected String gapChar;
73     @XmlAttribute(name = "datasetId")
74     protected String datasetId;
75
76     /**
77      * Gets the value of the sequence property.
78      * 
79      * <p>
80      * This accessor method returns a reference to the live list,
81      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
82      * returned list will be present inside the JAXB object.
83      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the sequence property.
84      * 
85      * <p>
86      * For example, to add a new item, do as follows:
87      * <pre>
88      *    getSequence().add(newItem);
89      * </pre>
90      * 
91      * 
92      * <p>
93      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
94      * {@link Sequence }
95      * 
96      * 
97      */
98     public List<Sequence> getSequence() {
99         if (sequence == null) {
100             sequence = new ArrayList<Sequence>();
101         }
102         return this.sequence;
103     }
104
105     /**
106      * Gets the value of the annotation property.
107      * 
108      * <p>
109      * This accessor method returns a reference to the live list,
110      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
111      * returned list will be present inside the JAXB object.
112      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the annotation property.
113      * 
114      * <p>
115      * For example, to add a new item, do as follows:
116      * <pre>
117      *    getAnnotation().add(newItem);
118      * </pre>
119      * 
120      * 
121      * <p>
122      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
123      * {@link Annotation }
124      * 
125      * 
126      */
127     public List<Annotation> getAnnotation() {
128         if (annotation == null) {
129             annotation = new ArrayList<Annotation>();
130         }
131         return this.annotation;
132     }
133
134     /**
135      * Gets the value of the sequenceSetProperties property.
136      * 
137      * <p>
138      * This accessor method returns a reference to the live list,
139      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
140      * returned list will be present inside the JAXB object.
141      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the sequenceSetProperties property.
142      * 
143      * <p>
144      * For example, to add a new item, do as follows:
145      * <pre>
146      *    getSequenceSetProperties().add(newItem);
147      * </pre>
148      * 
149      * 
150      * <p>
151      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
152      * {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
153      * 
154      * 
155      */
156     public List<SequenceSet.SequenceSetProperties> getSequenceSetProperties() {
157         if (sequenceSetProperties == null) {
158             sequenceSetProperties = new ArrayList<SequenceSet.SequenceSetProperties>();
159         }
160         return this.sequenceSetProperties;
161     }
162
163     /**
164      * Gets the value of the alcodonFrame property.
165      * 
166      * <p>
167      * This accessor method returns a reference to the live list,
168      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
169      * returned list will be present inside the JAXB object.
170      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the alcodonFrame property.
171      * 
172      * <p>
173      * For example, to add a new item, do as follows:
174      * <pre>
175      *    getAlcodonFrame().add(newItem);
176      * </pre>
177      * 
178      * 
179      * <p>
180      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
181      * {@link AlcodonFrame }
182      * 
183      * 
184      */
185     public List<AlcodonFrame> getAlcodonFrame() {
186         if (alcodonFrame == null) {
187             alcodonFrame = new ArrayList<AlcodonFrame>();
188         }
189         return this.alcodonFrame;
190     }
191
192     /**
193      * Gets the value of the gapChar property.
194      * 
195      * @return
196      *     possible object is
197      *     {@link String }
198      *     
199      */
200     public String getGapChar() {
201         return gapChar;
202     }
203
204     /**
205      * Sets the value of the gapChar property.
206      * 
207      * @param value
208      *     allowed object is
209      *     {@link String }
210      *     
211      */
212     public void setGapChar(String value) {
213         this.gapChar = value;
214     }
215
216     /**
217      * Gets the value of the datasetId property.
218      * 
219      * @return
220      *     possible object is
221      *     {@link String }
222      *     
223      */
224     public String getDatasetId() {
225         return datasetId;
226     }
227
228     /**
229      * Sets the value of the datasetId property.
230      * 
231      * @param value
232      *     allowed object is
233      *     {@link String }
234      *     
235      */
236     public void setDatasetId(String value) {
237         this.datasetId = value;
238     }
239
240
241     /**
242      * <p>Java class for anonymous complex type.
243      * 
244      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
245      * 
246      * <pre>
247      * &lt;complexType>
248      *   &lt;complexContent>
249      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
250      *       &lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
251      *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
252      *     &lt;/restriction>
253      *   &lt;/complexContent>
254      * &lt;/complexType>
255      * </pre>
256      * 
257      * 
258      */
259     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
260     @XmlType(name = "")
261     public static class SequenceSetProperties {
262
263         @XmlAttribute(name = "key")
264         protected String key;
265         @XmlAttribute(name = "value")
266         protected String value;
267
268         /**
269          * Gets the value of the key property.
270          * 
271          * @return
272          *     possible object is
273          *     {@link String }
274          *     
275          */
276         public String getKey() {
277             return key;
278         }
279
280         /**
281          * Sets the value of the key property.
282          * 
283          * @param value
284          *     allowed object is
285          *     {@link String }
286          *     
287          */
288         public void setKey(String value) {
289             this.key = value;
290         }
291
292         /**
293          * Gets the value of the value property.
294          * 
295          * @return
296          *     possible object is
297          *     {@link String }
298          *     
299          */
300         public String getValue() {
301             return value;
302         }
303
304         /**
305          * Sets the value of the value property.
306          * 
307          * @param value
308          *     allowed object is
309          *     {@link String }
310          *     
311          */
312         public void setValue(String value) {
313             this.value = value;
314         }
315
316     }
317
318 }