test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.project;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNull;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  31 import jalview.api.AlignViewportI;
  32 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  33 import jalview.api.FeatureColourI;
  34 import jalview.api.ViewStyleI;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  37 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  38 import jalview.datamodel.GeneLocus;
  39 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  40 import jalview.datamodel.Mapping;
  41 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  42 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  43 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  44 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  45 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  46 import jalview.datamodel.SequenceI;
  47 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  48 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  49 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  50 import jalview.gui.AlignFrame;
  51 import jalview.gui.AlignViewport;
  52 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  53 import jalview.gui.Desktop;
  54 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  55 import jalview.gui.JvOptionPane;
  56 import jalview.gui.PCAPanel;
  57 import jalview.gui.PopupMenu;
  58 import jalview.gui.SliderPanel;
  59 import jalview.io.DataSourceType;
  60 import jalview.io.FileFormat;
  61 import jalview.io.FileLoader;
  62 import jalview.io.Jalview2xmlBase;
  63 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  64 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  65 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  66 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  67 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  68 import jalview.schemes.FeatureColour;
  69 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  70 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  71 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  72 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  73 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  74 import jalview.util.MapList;
  75 import jalview.util.matcher.Condition;
  76 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  77
  78 import java.awt.Color;
  79 import java.io.File;
  80 import java.io.IOException;
  81 import java.util.ArrayList;
  82 import java.util.HashMap;
  83 import java.util.List;
  84 import java.util.Map;
  85
  86 import javax.swing.JInternalFrame;
  87
  88 import org.testng.Assert;
  89 import org.testng.AssertJUnit;
  90 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  91 import org.testng.annotations.Test;
  92
  93 @Test(singleThreaded = true)
  94 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
  95 {
  96
  97   @Override
  98   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  99   public void setUpJvOptionPane()
 100   {
 101     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 102     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 103   }
 104
 105   @Test(groups = { "Functional" })
 106   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 107   {
 108     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 109     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 110             .getAbsolutePath();
 111     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 112             DataSourceType.FILE);
 113     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 114     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 115     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 116     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.RNAHelices
 117             .toString());
 118     assertTrue(
 119             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 120             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 121     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 122             "Failed to store as a project.");
 123     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 124     af = null;
 125     af = new FileLoader()
 126             .LoadFileWaitTillLoaded(tfile, DataSourceType.FILE);
 127     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 128     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 129     assertEquals(olddsann, newdsann,
 130             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 131                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 132     System.out
 133             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
 134                     + olddsann + ")");
 135     assertTrue(
 136
 137     af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 138             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 139   }
 140
 141   @Test(groups = { "Functional" })
 142   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 143   {
 144     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 145     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 146             .getAbsolutePath();
 147     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 148             DataSourceType.FILE);
 149     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 150     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 151     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 152             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 153     assertNotNull(ColourSchemeProperty.getColourScheme(af.getViewport()
 154             .getAlignment(), af.getViewport().getGlobalColourScheme()
 155             .getSchemeName()), "Recognise T-Coffee score from string");
 156
 157     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 158             "Failed to store as a project.");
 159     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 160     af = null;
 161     af = new FileLoader()
 162             .LoadFileWaitTillLoaded(tfile, DataSourceType.FILE);
 163     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 164     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 165             TCoffeeColourScheme.class,
 166             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 167     System.out
 168             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 169   }
 170
 171   @Test(groups = { "Functional" })
 172   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 173   {
 174     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 175     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 176             .getAbsolutePath();
 177     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 178             DataSourceType.FILE);
 179     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 180     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 181     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 182             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 183     assertTrue(
 184
 185     aa != null && aa.length > 0,
 186             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 187     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 188             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 189     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0],
 190             null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 191     cs.setSeqAssociated(true);
 192     gcs.setSeqAssociated(true);
 193     af.changeColour(cs);
 194     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 195     sg.setStartRes(57);
 196     sg.setEndRes(92);
 197     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 198     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 199     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 200     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 201     af.alignPanel.alignmentChanged();
 202     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 203             "Failed to store as a project.");
 204     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 205     af = null;
 206     af = new FileLoader()
 207             .LoadFileWaitTillLoaded(tfile, DataSourceType.FILE);
 208     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 209
 210     // check for group and alignment colourschemes
 211
 212     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 213     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 214             .get(0).getColourScheme();
 215     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 216     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 217             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 218     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 219     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 220             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 221
 222     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 223     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 224     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 225             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 226     {
 227       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 228               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 229       {
 230         diffseqcols = true;
 231       }
 232     }
 233     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 234     System.out
 235             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 236
 237     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 238     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 239             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 240     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 241     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 242             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 243
 244     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 245             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 246     {
 247       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null, 0f) != _rgcs
 248               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null, 0f))
 249       {
 250         diffgseqcols = true;
 251       }
 252     }
 253     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 254     System.out
 255             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 256   }
 257
 258   @Test(groups = { "Functional" })
 259   public void gatherViewsHere() throws Exception
 260   {
 261     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0 : Desktop
 262             .getAlignFrames().length;
 263     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 264             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 265     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 266     assertTrue(Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount,
 267             "Didn't gather the views in the example file.");
 268
 269   }
 270
 271   /**
 272    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 273    *
 274    * @throws Exception
 275    */
 276   @Test(groups = { "Functional" })
 277   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 278   {
 279     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 280     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 281     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 282             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 283     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 284
 285     // locate Jmol viewer
 286     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 287     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 288             .findFileForPDBId("1A70");
 289     assertEquals(
 290             af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 291                     .getMapping(pdbFile).length,
 292             2, "Expected only two mappings for 1A70");
 293
 294   }
 295
 296   @Test(groups = { "Functional" })
 297   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 298   {
 299     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 300     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 301     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 302             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 303     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 304     AlignmentViewPanel sps = null;
 305     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 306     {
 307       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 308       {
 309         sps = ap;
 310         break;
 311       }
 312     }
 313     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 314     AlignmentAnnotation refan = null;
 315     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 316             .getAlignmentAnnotation())
 317     {
 318       if (ra.graph != 0)
 319       {
 320         refan = ra;
 321         break;
 322       }
 323     }
 324     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 325     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 326     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 327     // compare the manually added temperature factor annotation
 328     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 329     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 330             "1a70 has no annotation");
 331     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 332     {
 333       AlignmentAnnotation alaa;
 334       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 335       alaa.adjustForAlignment();
 336       if (ala.graph == refan.graph)
 337       {
 338         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 339         {
 340           sq.findPosition(p);
 341           try
 342           {
 343             assertTrue(
 344                     (alaa.annotations[p] == null && refan.annotations[p] == null)
 345                             || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 346                     "Mismatch at alignment position " + p);
 347           } catch (NullPointerException q)
 348           {
 349             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position "
 350                     + p + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 351                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 352           }
 353         }
 354       }
 355     }
 356
 357   }
 358
 359   @Test(groups = { "Functional" })
 360   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 361   {
 362     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 363             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 364     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 365     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 366     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 367     {
 368       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 369       {
 370         sps = ap;
 371       }
 372       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 373       {
 374         groups = ap;
 375       }
 376     }
 377     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 378     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 379
 380     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 381     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 382     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 383
 384     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 385     AssertJUnit.assertFalse(groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 386             .getViewStyle()));
 387     Assert.assertTrue(structureStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 388             .getViewStyle()));
 389
 390   }
 391
 392   /**
 393    * test store and recovery of expanded views
 394    *
 395    * @throws Exception
 396    */
 397   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 398   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 399   {
 400     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 401
 402     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 403             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 404     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 405     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 406
 407     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 408     // actually on the Desktop
 409     assertSame(
 410             af,
 411             Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 412             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 413
 414     Desktop.explodeViews(af);
 415
 416     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 417     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 418             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 419     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 420     try
 421     {
 422       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 423     } catch (Error e)
 424     {
 425       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 426     } catch (Exception e)
 427     {
 428       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 429     }
 430     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 431     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 432     {
 433       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 434     }
 435     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 436             DataSourceType.FILE);
 437     Assert.assertNotNull(af);
 438     Assert.assertEquals(
 439             Desktop.getAlignFrames().length,
 440             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 441     Assert.assertEquals(
 442             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 443             oldviews);
 444   }
 445
 446   /**
 447    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 448    * in each view.
 449    *
 450    * @throws Exception
 451    */
 452   @Test(groups = { "Functional" })
 453   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 454   {
 455     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 456     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 457             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 458     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 459     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 460
 461     // remember reference sequence for each panel
 462     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 463
 464     /*
 465      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 466      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 467      */
 468     int n = 1;
 469     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 470     {
 471       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 472       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 473       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 474       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 475       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 476
 477       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 478       // todo refactor this to an alignment view controller
 479       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 480       av.setColourByReferenceSeq(true);
 481       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 482
 483       n++;
 484     }
 485     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 486             ".jvp");
 487     try
 488     {
 489       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 490     } catch (Throwable e)
 491     {
 492       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 493     }
 494     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 495     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 496     {
 497       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 498     }
 499
 500     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 501             DataSourceType.FILE);
 502     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 503
 504     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 505     {
 506       // check representative
 507       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 508       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 509       Assert.assertNotNull(rep,
 510               "Couldn't restore sequence representative from project");
 511       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 512       // will be different.
 513       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 514       // load/saves.
 515       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 516               rep.toString(),
 517               "Representative wasn't the same when recovered.");
 518       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 519               "Display reference sequence view setting not set.");
 520       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 521               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 522     }
 523   }
 524
 525   @Test(groups = { "Functional" })
 526   public void testIsVersionStringLaterThan()
 527   {
 528     /*
 529      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 530      * compatible
 531      */
 532     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 533     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 534     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 535     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 536             "Development Build"));
 537     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 538             "DEVELOPMENT BUILD"));
 539     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 540             "Development Build"));
 541     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 542     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 543     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 544     assertTrue(Jalview2XML
 545             .isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 546     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 547             "Automated Build"));
 548     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 549             "AUTOMATED BUILD"));
 550
 551     /*
 552      * same version returns true i.e. compatible
 553      */
 554     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 555     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 556     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 557     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 558     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 559
 560     /*
 561      * later version returns true
 562      */
 563     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 564     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 565     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 566     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 567     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 568
 569     /*
 570      * earlier version returns false
 571      */
 572     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 573     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 574     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 575     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 576     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 577   }
 578
 579   /**
 580    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 581    * representative sequence) in each view.
 582    *
 583    * @throws Exception
 584    */
 585   @Test(groups = { "Functional" })
 586   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 587   {
 588     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 589     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 590             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 591     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 592     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 593     // make a second view of the alignment
 594     af.newView_actionPerformed(null);
 595
 596     /*
 597      * remember representative and hidden sequences marked
 598      * on each panel
 599      */
 600     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 601     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 602
 603     /*
 604      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 605      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 606      */
 607     int n = 1;
 608     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 609     {
 610       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 611       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 612       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 613       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 614       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 615       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 616       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 617       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 618       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 619
 620       /*
 621        * have rep sequence represent itself and the one before it
 622        * this hides the group (except for the rep seq)
 623        */
 624       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 625       sg.addSequence(repSeq, false);
 626       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 627       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 628       sg.setSeqrep(repSeq);
 629       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 630       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 631       av.setSelectionGroup(sg);
 632       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 633
 634       /*
 635        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 636        * (it does not create a group on the alignment)
 637        */
 638       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 639       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 640       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 641       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 642       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 643       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 644               .getHiddenRepSequences();
 645       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 646       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 647       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 648       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 649       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 650       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 651
 652       n++;
 653     }
 654     File tfile = File
 655             .createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps", ".jvp");
 656     try
 657     {
 658       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 659     } catch (Throwable e)
 660     {
 661       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 662     }
 663     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 664     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 665     {
 666       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 667     }
 668
 669     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 670             DataSourceType.FILE);
 671     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 672
 673     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 674     {
 675       String viewName = ap.getViewName();
 676       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 677       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 678       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 679       assertNotNull(groups);
 680       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 681       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 682               .getHiddenRepSequences();
 683       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 684       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 685       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 686               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 687                       .getDisplayId(true));
 688
 689       /*
 690        * verify hidden sequences in restored panel
 691        */
 692       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 693       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 694       assertEquals(
 695               hidden.size(),
 696               hs.getSize(),
 697               "wrong number of restored hidden sequences in "
 698                       + ap.getViewName());
 699     }
 700   }
 701
 702   /**
 703    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 704    *
 705    * @throws Exception
 706    */
 707   @Test(groups = { "Functional" })
 708   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 709   {
 710     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 711     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 712     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 713             DataSourceType.FILE);
 714     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 715     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 716
 717     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 718     System.out.println();
 719     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 720     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 721     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 722     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 723     System.out.println("blah");
 724     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 725     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 726     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 727     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 728     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 729     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 730     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 731     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 732     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 733     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 734     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 735     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 736     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 737     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 738     Assert.assertEquals(seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 739             .get(0), pdbEntries[0]);
 740     Assert.assertEquals(seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 741             .get(0), pdbEntries[1]);
 742     Assert.assertEquals(seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 743             .get(0), pdbEntries[2]);
 744     Assert.assertEquals(seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 745             .get(0), pdbEntries[3]);
 746
 747     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 748     try
 749     {
 750       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 751     } catch (Throwable e)
 752     {
 753       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 754     }
 755     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 756     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 757     {
 758       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 759     }
 760
 761     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 762             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 763     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 764     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 765     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 766     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 767     System.out.println("blah");
 768     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 769     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 770     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 771     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 772     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 773     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 774     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 775     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 776     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 777
 778     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 779     // recoverable from a Jalview projects
 780     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 781     {
 782       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 783               .get(0);
 784       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 785       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 786               "Mismatch PDB ID");
 787       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 788               "Mismatch PDB ID");
 789       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 790               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 791       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 792               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 793     }
 794   }
 795
 796   /**
 797    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 798    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 799    * saved project.
 800    *
 801    * @throws IOException
 802    */
 803   @Test(groups = { "Functional" })
 804   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 805   {
 806     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 807     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 808             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 809
 810     AlignViewport av = af.getViewport();
 811     AlignmentI al = av.getAlignment();
 812
 813     /*
 814      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 815      */
 816     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 817     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 818     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 819     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 820     assertFalse(sp.isForConservation());
 821     sp.valueChanged(10);
 822     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 823     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 824     assertTrue(sp.isForConservation());
 825     sp.valueChanged(20);
 826     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 827     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 828     assertTrue(rs.conservationApplied());
 829     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 830
 831     /*
 832      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 833      * and 40% PID threshold
 834      */
 835     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 836     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 837     sg.setStartRes(15);
 838     sg.setEndRes(25);
 839     av.setSelectionGroup(sg);
 840     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 841     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 842             .toString());
 843     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 844     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 845     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 846     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 847     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 848     assertTrue(sp.isForConservation());
 849     sp.valueChanged(30);
 850     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 851     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 852     assertFalse(sp.isForConservation());
 853     sp.valueChanged(40);
 854     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 855     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 856     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 857
 858     /*
 859      * save project, close windows, reload project, verify
 860      */
 861     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 862             ".jvp");
 863     tfile.deleteOnExit();
 864     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 865     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 866     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 867             DataSourceType.FILE);
 868     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 869
 870     /*
 871      * verify alignment (background) colouring
 872      */
 873     rs = af.getViewport().getResidueShading();
 874     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 875     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 876     assertTrue(rs.conservationApplied());
 877     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 878
 879     /*
 880      * verify group colouring
 881      */
 882     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
 883     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 884             .getGroupColourScheme();
 885     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 886     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 887     assertTrue(rs.conservationApplied());
 888     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 889   }
 890
 891   /**
 892    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
 893    *
 894    * @throws IOException
 895    */
 896   @Test(groups = { "Functional" })
 897   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
 898   {
 899     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 900             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
 901     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 902
 903     /*
 904      * add some features to the sequence
 905      */
 906     int score = 1;
 907     addFeatures(seq1, "type1", score++);
 908     addFeatures(seq1, "type2", score++);
 909     addFeatures(seq1, "type3", score++);
 910     addFeatures(seq1, "type4", score++);
 911     addFeatures(seq1, "type5", score++);
 912
 913     /*
 914      * set colour schemes for features
 915      */
 916     FeatureRenderer fr = af.getFeatureRenderer();
 917     fr.findAllFeatures(true);
 918
 919     // type1: red
 920     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
 921
 922     // type2: by label
 923     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
 924     byLabel.setColourByLabel(true);
 925     fr.setColour("type2", byLabel);
 926
 927     // type3: by score above threshold
 928     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(Color.BLACK, Color.BLUE, 1,
 929             10);
 930     byScore.setAboveThreshold(true);
 931     byScore.setThreshold(2f);
 932     fr.setColour("type3", byScore);
 933
 934     // type4: by attribute AF
 935     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
 936     byAF.setColourByLabel(true);
 937     byAF.setAttributeName("AF");
 938     fr.setColour("type4", byAF);
 939
 940     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
 941     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(Color.BLACK, Color.BLUE,
 942             1, 10);
 943     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
 944     byPolyPhen.setThreshold(3f);
 945     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
 946     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
 947
 948     /*
 949      * set filters for feature types
 950      */
 951
 952     // filter type1 features by (label contains "x")
 953     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
 954     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
 955     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
 956
 957     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
 958     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
 959     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
 960     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
 961     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
 962
 963     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
 964     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
 965     filterByXY
 966             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
 967     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
 968             "PolyPhen"));
 969     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
 970
 971     /*
 972      * save as Jalview project
 973      */
 974     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
 975     tfile.deleteOnExit();
 976     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
 977     assertTrue(af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview),
 978             "Failed to store as a project.");
 979
 980     /*
 981      * close current alignment and load the saved project
 982      */
 983     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 984     af = null;
 985     af = new FileLoader()
 986             .LoadFileWaitTillLoaded(filePath, DataSourceType.FILE);
 987     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 988
 989     /*
 990      * verify restored feature colour schemes and filters
 991      */
 992     fr = af.getFeatureRenderer();
 993     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
 994     assertTrue(fc.isSimpleColour());
 995     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
 996     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
 997     assertTrue(fc.isColourByLabel());
 998     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
 999     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1000     assertNull(fc.getAttributeName());
1001     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
1002     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
1003     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1004     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1005     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1006     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1007     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1008     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1009     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1010     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1011     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1012     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1013
1014     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1015             "Label Contains x");
1016     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1017             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1018     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1019             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0.0)");
1020   }
1021
1022   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1023   {
1024     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1025             score, "grp");
1026     sf.setValue("AF", score);
1027     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1028     {
1029       {
1030         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1031       }
1032     });
1033     seq.addSequenceFeature(sf);
1034   }
1035
1036   /**
1037    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1038    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1039    *
1040    * @param seq
1041    * @param featureType
1042    * @param score
1043    */
1044   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1045   {
1046     addFeature(seq, featureType, score++);
1047     addFeature(seq, featureType, score);
1048   }
1049
1050   /**
1051    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1052    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views
1053    */
1054   @Test(groups = { "Functional" })
1055   public void testMergeDatasetsforViews() throws IOException
1056   {
1057     // simple project - two views on one alignment
1058     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1059             "examples/testdata/projects/twoViews.jvp", DataSourceType.FILE);
1060     assertNotNull(af);
1061     assertTrue(af.getAlignPanels().size() > 1);
1062     verifyDs(af);
1063   }
1064
1065   /**
1066    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1067    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views This
1068    * is a more complex project
1069    */
1070   @Test(groups = { "Functional" })
1071   public void testMergeDatasetsforManyViews() throws IOException
1072   {
1073     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1074
1075     // complex project - one dataset, several views on several alignments
1076     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1077             "examples/testdata/projects/manyViews.jvp",
1078             DataSourceType.FILE);
1079     assertNotNull(af);
1080
1081     AlignmentI ds = null;
1082     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1083     {
1084       if (ds == null)
1085       {
1086         ds = verifyDs(alignFrame);
1087       }
1088       else
1089       {
1090         // check that this frame's dataset matches the last
1091         assertTrue(ds == verifyDs(alignFrame));
1092       }
1093     }
1094   }
1095
1096   private AlignmentI verifyDs(AlignFrame af)
1097   {
1098     AlignmentI ds = null;
1099     for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1100     {
1101       if (ds == null)
1102       {
1103         ds = ap.getAlignment().getDataset();
1104       }
1105       else
1106       {
1107         assertTrue(ap.getAlignment().getDataset() == ds,
1108                 "Dataset was not the same for imported 2.10.5 project with several alignment views");
1109       }
1110     }
1111     return ds;
1112   }
1113
1114   @Test(groups = "Functional")
1115   public void testPcaViewAssociation() throws IOException
1116   {
1117     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1118     final String PCAVIEWNAME = "With PCA";
1119     // create a new tempfile
1120     File tempfile = File.createTempFile("jvPCAviewAssoc", "jvp");
1121
1122     {
1123       String exampleFile = "examples/uniref50.fa";
1124       AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
1125               DataSourceType.FILE);
1126       assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1127       AlignmentPanel origView = (AlignmentPanel) af.getAlignPanels().get(0);
1128       AlignmentPanel newview = af.newView(PCAVIEWNAME, true);
1129       // create another for good measure
1130       af.newView("Not the PCA View", true);
1131       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(origView, "BLOSUM62",
1132               new SimilarityParams(true, true, true, false));
1133       // we're in the test exec thread, so we can just run synchronously here
1134       pcaPanel.run();
1135
1136       // now switch the linked view
1137       pcaPanel.selectAssociatedView(newview);
1138
1139       assertTrue(pcaPanel.getAlignViewport() == newview.getAlignViewport(),
1140               "PCA should be associated with 'With PCA' view: test is broken");
1141
1142       // now save and reload project
1143       Jalview2XML jv2xml = new jalview.project.Jalview2XML(false);
1144       tempfile.delete();
1145       jv2xml.saveState(tempfile);
1146       assertTrue(jv2xml.errorMessage == null,
1147               "Failed to save dummy project with PCA: test broken");
1148     }
1149
1150     // load again.
1151     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1152     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1153             tempfile.getCanonicalPath(), DataSourceType.FILE);
1154     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
1155     // PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the
1156     // desktop
1157     assertEquals(frames.length, 2,
1158             "PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the desktop");
1159     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) frames[frames[0] == af ? 1 : 0];
1160
1161     AlignmentViewPanel restoredNewView = null;
1162     for (AlignmentViewPanel alignpanel : Desktop.getAlignmentPanels(null))
1163     {
1164       if (alignpanel.getAlignViewport() == pcaPanel.getAlignViewport())
1165       {
1166         restoredNewView = alignpanel;
1167       }
1168     }
1169     assertEquals(restoredNewView.getViewName(), PCAVIEWNAME);
1170     assertTrue(
1171             restoredNewView.getAlignViewport() == pcaPanel
1172                     .getAlignViewport(),
1173             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
1174   }
1175
1176   /**
1177    * Test save and reload of DBRefEntry including GeneLocus in project
1178    *
1179    * @throws Exception
1180    */
1181   @Test(groups = { "Functional" })
1182   public void testStoreAndRecoverGeneLocus() throws Exception
1183   {
1184     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1185     String seqData = ">P30419\nACDE\n>X1235\nGCCTGTGACGAA";
1186     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqData,
1187             DataSourceType.PASTE);
1188     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1189
1190     AlignmentViewPanel ap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1191     SequenceI pep = ap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1192     SequenceI cds = ap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1193
1194     /*
1195      * give 'protein' a dbref to self, a dbref with map to CDS,
1196      * and a dbref with map to gene 'locus'
1197      */
1198     DBRefEntry dbref1 = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "P30419", null);
1199     pep.addDBRef(dbref1);
1200     Mapping cdsmap = new Mapping(cds,
1201             new MapList(new int[]
1202             { 1, 4 }, new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
1203     DBRefEntry dbref2 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "X1235", cdsmap);
1204     pep.addDBRef(dbref2);
1205     Mapping locusmap = new Mapping(null,
1206             new MapList(new int[]
1207             { 1, 4 }, new int[] { 2674123, 2674135 }, 1, 3));
1208     DBRefEntry dbref3 = new GeneLocus("human", "GRCh38", "5", locusmap);
1209     pep.addDBRef(dbref3);
1210
1211     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGeneLocus",
1212             ".jvp");
1213     try
1214     {
1215       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1216     } catch (Throwable e)
1217     {
1218       Assert.fail("Didn't save the state", e);
1219     }
1220     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1221
1222     new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1223             DataSourceType.FILE);
1224     AlignmentViewPanel rap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1225     SequenceI rpep = rap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1226     assertEquals(rpep.getName(), "P30419");
1227     DBRefEntry[] dbrefs = rpep.getDBRefs();
1228     assertEquals(dbrefs.length, 3);
1229     DBRefEntry dbRef = dbrefs[0];
1230     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1231     assertNull(dbRef.getMap());
1232     assertEquals(dbRef, dbref1);
1233
1234     /*
1235      * restored dbrefs with mapping have a different 'map to'
1236      * sequence but otherwise match the original dbrefs
1237      */
1238     dbRef = dbrefs[1];
1239     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1240     assertTrue(dbRef.equalRef(dbref2));
1241     assertNotNull(dbRef.getMap());
1242     SequenceI rcds = rap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1243     assertSame(dbRef.getMap().getTo(), rcds);
1244     // compare MapList but not map.to
1245     assertEquals(dbRef.getMap().getMap(), dbref2.getMap().getMap());
1246
1247     /*
1248      * GeneLocus map.to is null so can compare Mapping objects
1249      */
1250     dbRef = dbrefs[2];
1251     assertTrue(dbRef instanceof GeneLocus);
1252     assertEquals(dbRef, dbref3);
1253   }
1254 }