JAL-4090 more JAL-3858 docs

Merge branch 'develop' into doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0

JAL-4090 JAL-4291 disable failing test and note as new knowndefect

JAL-244 attempt to fix broken test - still needs to be fixed!

JAL-244 export image with full width IDs regardless of UI

JAL-244 JAL-4091 allow calculation of label id width off screen including sequence ids for sequence associated annotation

JAL-244 JAL-4091 FIXME for JAL-3362 patch testCalculateIdWidth_withMaxWidth test for new annotation label marks

JAL-4160 update args used in test suite for new CLI framework

Merge branch 'bug/JAL-244_interactingpngexportnotwysiwig' into develop

JAL-629 JAL-4265 JAL-4286 report the filename for the exported structure image like we do for exported alignment images

JAL-4090 JAL-629 FER1+SPIOL -> FER1_SPIOL in command line example

JAL-244 JAL-4090 use current IdWidth when exporting unwrapped alignment image.

JAL-4090 figures in paematrix doc

JAL-4288 fix up gradle generated getdown launch jvl for bamboo channel builds

JAL-4090 fix url to new cli docs

JAL-4153 move JvCacheableInputBoxTest to testTask2

JAL-3858 fix check annotation row and column positioning in case we have been called during an annotation height change operation

JAL-4090 JAL-3855 figure showing PAEs for epas1 homolog structures

JAL-1556 JAL-4090 colour by annotation options on annotation label popup menu

JAL-3858 don’t divide if we only had one value to count

JAL-3858 check annotation row and column positioning in case we have been called during an annotation height change operation

JAL-3858 improved contactInterval computation and added detailed test coverage for ContactGeometry
- contactInterval.cStart/cEnd and pStart/pEnd are now base-0 inclusive ranges, always less than contactHeight and graphHeight
- change in mapFor behaviour so cStart/cEnd and pStart/pEnd are always just one mapped range, not as many as requested to cover mapFor(pFrom,pTo)

JAL-3858 JAL-4090 pae matrix docs. WIP

JAL-3858 JAL-4090 avoid NPE when given out of bound column ranges when requesting ContactList

JAL-3858 JAL-4090 PAE documentation..

JAL-3858 minimum value for a range is used to shade ranges in PAE map

JAL-3858 javadoc and slightly revised green linear shading - still not a perfect match to EBI AlphaFold

JAL-3858 report PAE range with sensible precision

JAL-4090 fix link...

JAL-4090 smaller associate PDB file panel image in docs

JAL-4090 what’s new and additional help docs for JAL-3858 JAL-3855

JAL-4090 JAL-4262 JAL-4265  release notes

JAL-1551 javadoc for mapUtils

JAL-3855 disable the AlphaFold DB entry in Sequence Fetcher - see JAL-4287 for an alternative (and perhaps preferred way) of fetching proteins with alphafold structures.

JAL-3858 JAL-3855 documentation for import and display PAE from alphafold and JSON format flat files for Import 3D structure from file

Merge branch 'merge/JAL-4262+JAL-4265+JAL-4269+JAL-4274+JAL-4277+JAL-4285' into develop

JAL-4265 Use ColourUtils.parseColourString() for consistency with the rest of Jalview (and it's better). Change documentation to match new hexstring format

Merge branch 'develop' into merge/JAL-4262+JAL-4265+JAL-4269+JAL-4274+JAL-4277+JAL-4285

JAL-4265 Use ColorUtils.parseColourString() and adjust documentation to use un-hashed hex-string for consistency with other Jalview uses of parseColourString(). When adding 2 structures and 2 structureimages I am now getting a NPE for String[] files = getStructureFiles(); in AAStructureBindingModel, and when using bgcolour for the first structureimage, losing the residues in the second structure image.  Will need to investigate when I'm back

JAL-4285 don’t say you are reporting warnings/errors when there are none..

JAL-4265 JAL-4286 reinstated explicit restoreSession method because Jmol’s LOAD files command does not behave the same way as restore STATE. Also added defensive check for unexpected exceptions if the state restore trashes the Jmol/Jalview binding

JAL-4265 JAL-4267 added a ‘restoreSession’ StructureViewer.getBinding() method that allows a snapshot to be explicitly reloaded in place.

JAL-4195 JAL-1069 JAL-4160 errors in Cache should go to Console.stderr

Merge branch 'reviews/merge/JAL-4262+JAL-4265+JAL-4269+JAL-4274+JAL-4277+JAL-4285' into develop

JAL-4217 - try to invokeAndWait on Desktop.closeAll() to avoid Jmol redraw blocking close

JAL-4274 fix test failure message typo

JAL-4265 bail early when attempting to export a view from other viewers than Jmol, and use viewType independent methods as much as possible.

JAL-4265 JAL-4267 allow injection of custom commands outside of Viewer binding model

JAL-4265 back out redundant ‘saveState’ and ‘restoreState’ StructureCommandsI methods.

JAL-4265 Added saveState and restoreState to interface with no-op methods in abstract class

JAL-629 Explanation of \{m\} in case anyone actually wants it

JAL-629 Add link and example for BioJS image output

JAL-629 Make arguments appear correctly using all non-breaking hyphens

JAL-629 Added/corrected/tidied documentation

JAL-629 JAL-4265 JAL-4269 Updated help Documentation

JAL-629 JAL-4265 JAL-4269 Updated help Documentation

JAL-4265 Change to use JmolCommands

JAL-629 Allow multiple structure images for multiple structure files for the one alignment.  Add a {structurebasename} etc and {m} substitution which must be handled differently (on the fly) to other substitutions.

JAL-4250 Fixed blue arrows in drawStemAnnot()

JAL-629 Fix a test and omit an incorrect error message for structureviewer=none

JAL-4265 Added --bgcolour for --structureimage output. Saves and restores Jmol state before and after colour changes and export.  Added 'set antialiasdisplay on' by default for all Jmol viewers.

JAL-4269 Now using --width, --height, --scale for both --image and --structureimage.  Multiple --image and --structureimage can be specified with --imagecolour allowing changes of colour. --width etc only apply to that particular image.

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4274_configurable_bitmap_export_preferences

JAL-4274 comments to help follow the tests

JAL-4274 Tests for BIS defaults and overrides

JAL-4274 Use Cache BITMAP_* if no other image restrictions given

JAL-4262 Made deprecation warning properly modal

JAL-4262 Allow HTML in the dialog box for link to CLI documentation

JAL-4277 No longer using getCanonicalPath() for parent dir -- fix test

JAL-4285 Better checkFiles processing. Better dialog.

JAL-629 updated tests

JAL-4285 JAL-4262 Added a scrollable dialog to display errors. Moved old-style CLI warning so it appears above Jalview desktop.

JAL-4001 corrected analytics message labels

Merge branch 'improvement/JAL-4262_deprecation_warning_when_old_CLI_arguments_are_processed' into bug/JAL-4277_dirname_substitution_always_absolute

JAL-4277 --mkdirs with cautious refusal for paths with ..

JAL-4284 JAL-4285 Deal with output files/images consistently with --overwrite check.  Gather batch process errors together to output at the end of processing.

JAL-4262 Make an excepetion for STDOUT filename in old style arguments detection

Merge branch 'bug/JAL-4277_dirname_substitution_always_absolute' into improvement/JAL-4262_deprecation_warning_when_old_CLI_arguments_are_processed

JAL-4262 Dialog for GUI and WARN for CLI of old style arguments, or mixed arguments \(with exit\). Changed Jalview.exit to use an enum for exit code to avoid collisions.

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4277_dirname_substitution_always_absolute

JAL-4277 fixed and improved tests

JAL-4090 release notes for JAL-244 JAL-901 JAL-4260 JAL-4189 JAL-2910

JAL-4277 Corrected choice of all or last opened linkedIds. Better wildcard syntactic sugar for output files. Fixed all tests for new defaults.

JAL-4279 suppress error dialogs raised by file loader when working in batch mode

JAL-4279 move on if the file doesn't exist, or Identify fails for the file.

JAL-4279 catch exceptions with fileLoader and report when we don’t get an alignment frame after trying to import a given file before moving on.

JAL-4090 JAL-4160 JAL-4274 image export dimensions and scale factor configurable via .jalview_properties as well as command line

JAL-629 Change names of Opt.ALLOWALL to Opt.ALLOWMULTIID and Opt.MULTI to Opt.MULTIVALUE.  Remove filename value open* as trigger for applying an output file to all globbed files opened in the last --open, and make it the default option for globbed files opened.  Adjust 2 test data for removed 'open*'.

JAL-4273 release notes for visible adjuster marks, and patch so they are not rendered during figure export

JAL-4090 report JAL-4261 known issue

JAL-4260 attempt to rejig paging when id width is adjusted whilst in wrapped mode.

JAL-4258 remove unnecessary ‘this’

JAL-4259 construct a new SequenceRenderer when rendering an MSA to an exporter

JAL-629 javadoc on new setMapping variant for structureselectionmanager

JAL-629 reinstate INFO level stack trace from StructureChooser service exceptions and suppress external service queries when viewing structures via Command-line import

JAL-629 javadoc

JAL-629 remove structure viewer from the list of structure viewer base instances when its closeViewer method is called

JAL-629 use JalviewStructureDisplayI in place of StructureViewerBase

Merge branch 'feature/JAL-629_--output_-_means_output_to_STDOUT' into merge/big_merge_of_bens_stuff_before_2_11_3_0

JAL-629 Add accessors for argParser and bootstrapArgs