remove system.out

Remove key listener

Dont add time to build date

Add main-class to jar files

Use equalsIgnoreCase

Applet has main method, excutable

Logger moved to prefs so that class not found error can be handled in main

Preferences updated

Move bootStrap/distance settings outside thread

Add end of consensus test for wrapped edit

fullSeqId should follow preference value

Make new frame selected

Remove system out tests

Copy and paste uses FASTA format

Call methods in treeCanvas on init

offy changes

OutOfMemory try catch

Use font size, not font height

Resize for mac

Use getTreeFont instead of getFont

add fontname, size and style for trees

Font change instead of font size

Add Export tab

Make button protected

use fontchooser to change fonts

Center labels

Save fonts for trees

Change fonts in Treepanel

Add header

System.gc after outofmemory

PCA is in outofmemory try-catch

TreeFont added, binding rebuilt

Dont respond to mouse movements if alignment wrapped

Give focus to textarea on startup

EPSOptions added

Warn if out of memory

Remove gaps in regions, not char by char

Always return true for directories

null pointers removed

Null pointers removed

Dont fastpaint if movement is zero

Update overview after change

Update overview in alignmentChanged

Size checking in drawGraph

Overview subsamples alignment

Move tree property change to treePanel

Only 1 NJtree

TreePanel takes viewport

REmove unnecessary imports

Init PCA in thread

If no consensus, disable certain colour options

update consensus and conservation are in try catch for out of memory error

Optimise switch to fastPaint

Correct mouse pressed bug

Optimised for wide alignments

Load in a thread

Make menuitems protected

If vconsensus is null, return

Add lowercase nucleotides to nucleotideHash

More informative error messages.

Applet search by residue index fixed

Add header to file

firePropertyChange if sequences deleted

Need reference to mainApplet

Use propertyListener for alignment edits

Sort by added to preferences

No need to recalculate image for font change

Repaint scale panel after unselect all

Must update globalColourScheme with new consensus

2.05

UserColour gui modified

Make 24 colours to be sure

Validate buttons and fire on mouse press, not mouse click

Set user colours same as global

Repaint annotations after edit

Wrapped, getWidth > vconsensus

Update colours after remove left, cut, paste

Keep mouse drag to 1 block when wrapped

Dont setSelected on new frames

Out of bounds checks

Set startSeq 0 if wrap alignment

Dont set clip if its not null

Bounds checking

If Mac, dont use fastpaint

Can edit in wrapped view

Reset all colour schemes after gaps removed

Include None in default colours

Default user colour is 23 white colours

Keep startRes the same after removing columns

Reset ClustalX after removing gaps

if seq<0, return

load sequenceURLLinks static method

Dont call fastPaint if Mac

Edit and annotate wrapped alignment

Edit and annotate wrapped alignment

Edit and annotate wrapped alignment

Create new image only on resize, set fontMetrics on new image

resizeAgain flag set if user resizes whilst image is being prepared

No need to call repaint after font change

resizeAgain flag set if user resizes whilst image is being prepared