JAL-3130 call Jalview via the Test JVM’s JAVA_HOME/bin/java

JAL-3130 refactored ‘clover’ to ‘use_clover’ since clover is an ambiguous property - still offer -Pclover=true as command line switch to enable clover coverage

JAL-3130 JAL-1889 reportCurrentWorkingDirectory test to report absolute path when running command line tests

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

JAL-3196 change default are resource properties to jalview.org/getdown/jre

Reinstate imports from "JAL-1889 JAL-3130 patch broken tests" commit 05efc2ac3c6427a4dabce842ebbd6f2ae17f49b9.

JAL-1189 JAL-3130 patch broken tests

JAL-3130 Somewhere in the old libs the Jws2 client is working.  Compile with Java 11 in Java 1.8 target mode, and then run in Java1.8 JRE with 'java -cp "j8lib/*:classes" jalview.bin.Jalview'.  Will need to find out which of these is actually needed

JAL-3130 Helper classes to take Class Exceptions when run in java 1.8 JRE out of main classes

JAL-3130 some clover fixes for helplinks. Use 'gradle test -Pclover=true'

JAL-3130 adapted getdown src. attempt 2. first attempt failed due to cp'ed .git files

JAL-3130 write clover.xml during cloverReport phase

JAL-3130 make sure testng-results.xml is generated

JAL-3130 specify module list when launching new Jalview for CLI tests

JAL-3130 instrument main and compile separately to test classes so Clover doesn’t misclassify them

JAL-3130 gradle test now runs open clover 4.3.1 and new cloverReport task

Merge branch 'develop' into task/JAL-3130_Java_11_investigations-getdown_src

JAL-3130 ensure J11 libs/modules are added when building and running test suite

JAL-3130 clean up eclipse class path for dependencies moved to j11lib

JAL-3193 rest.ensemblgenomes.org merged to rest.ensembl.org

JAL-3018 REST version updated to 10.0

JAL-3130 adapted getdown src

JAL-3130 This commit concentrates on the Mac OS X DMG app bundle, ensuring only one JRE needed in the .app bundle for 1) install4j, 2) getdown, 3) jalview

JAL-3130 trying to be Java 1.8 source compatible -- not sure if this is ultimately feasible in the same .java files

JAL-3130 JAL-3007 more files needed for getdown launcher

JAL-3130 JAL-3007 improvements to gradle build

JAL-3021 show Sequence Details with cursor at top

JAL-3130 JAL-3007 Added gradle build for Java 11. Now in root jalview dir

JAL-3130 JAL-3007 Added gradle build for Java 11 and additional taskbar icon change in jalview.bin.Jalview

JAL-3140 InstallAnywhere updated to intervalstore-v1.0.jar

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3140 intervalstore now v1.0 (public release)

JAL-3111 Disable the pubapplet target in build.xml so cruisecontrol build can complete

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3111 biojava dependencies

JAL-3111 fix libquagua dependency paths - needs to be checked on OSX InstallAnywhere

JAL-3111 fix jabaws dependency name in IA config

JAL-3111 intervalstore library on IA classpath

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3111 typo in IA config

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1889 patch for failing isControDown test on build server

JAL-3111 update InstallAnywhere dependencies for changed libraries

Merge branch 'feature/JAL-3181linkOrdering' into develop

JAL-2620 improved error reporting on failure to load resource files

JAL-2717 adjusted code so default correctly returned if i18n fails

JAL-3127 scripts updated for method signature change

JAL-1889 explicit recalc of geometry for scale left/right/above on/off

JAL-1889 remove debug logging, add updateLayout()

JAL-3130 adding two more modules picked up by gradle building -- not sure why these hadn't been missed before by ant

JAL-3130 mark some deprecated methods in Regex as @Deprecated to stop warnings

JAL-1889 more debug logging

JAL-1889 better debug logging

JAL-1889 temporary debug in findColumn()

JAL-1889 added belt and braces deleteOnExit() to test output file

JAL-1889 correct props param, remove dasserver, output file paths

JAL-3130 Replaced deprecated Class.newInstance() with Class.getDeclaredConstructor().newInstance(). Some eclipse fixes have appeared too.

JAL-1889 more diagnostics for CommandLineOperations

JAL-1889 diagnostics for failing test on server

JAL-3130 Lots of deprecation fixes.  See utils/deprecation_auto_fixes.sh for commands used to fix the bulk of these (a couple of manual fixes at the end too).

JAL-3093 fine tuning of SeqPanel tooltip

JAL-3212 unit test and fix for Scale Panel bug

JAL-3130 remove some comments on quit.  fix modules file.

JAL-3130 Merge of JAL-3130_Java_11_investigations-Ben-2 and updated develop

JAL-3130 removing no longer needed JRE (going to use adoptopenjdk jre11)

JAL-3130 Removing accidentally committed tmp dir

JAL-2964 missed branch for restore link tree to all views

JAL-3203 Overview show hidden default false also in Preferences

JAL-1270 missing 'alwaysRun=true' added to setup/teardown

Merge branch 'feature/JAL-3127_seqidChainshading' into merge/JAL-3127

JAL-3127 check for null viewport

Merge branch 'develop' into merge/JAL-3127

JAL-1270 JAL-2416 JAL-2839 set alwaysRun=true in test AfterMethod!

JAL-3127 fix faulty merge

Merge branch 'develop' into merge/JAL-3127

Conflicts:
src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java

Merge branch 'feature/JAL-2250colourAllGroups' into develop

JAL-3201 restore group colours correctly from project

Merge branch 'feature/JAL-3127_seqidChainshading' into merge/JAL-3127

Conflicts:
src/jalview/gui/Jalview2XML.java
src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

JAL-3206 strict above/below threshold test restored

Merge branch 'bug/JAL-3075' into develop

JAL-3193 defensive trim of URL read from properties file

JAL-2903 typos fixed

JAL-3075 update column selection on mouse up after scroll

Merge branch 'feature/JAL-3180colourAnnotationMenu' into merge/JAL-3180

Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties

JAL-3130 deprecation change preparation

JAL-2250  default Apply Colour to All Groups selected

JAL-3127 set ‘updateStructures’ flag for viewports associated with each tree to true when groups are deleted, rather then when we create new groups (which may not always be the case).

JAL-2717 JAL-2360 belated unit tests for ColourMenuHelper

JAL-2717 corrected i18n of colour scheme names

Merge branch 'feature/JAL-3205symmetricCalc' into develop

JAL-3035 removed spring libraries as only used for jdas

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 restored erroneous deletion

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 more das bits removed

Merge branch 'bug/JAL-3201groupClustal' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/features/JAL-2620alternativeCodeTables' into merge/JAL-2620

Merge branch 'bug/JAL-2621' into develop

Conflicts:
src/jalview/gui/OverviewPanel.java