JAL-2422 Added linux rpm and deb install locations. Changed macOS to also look for version numbers in Chimera/X (e.g. '/Applications/ChimeraX-1.2.5.app') as this is default macOS installation.  Changed macOS preferences to check endswith '.app' and look for '....app/Contents/MacOS/ChimeraX' so user can select the .app folder

JAL-2422 comments updated re ALTLOC handling

JAL-3407 redact Java 8 incompatible '<>' with anonymous inner classes

JAL-3551 copy Jalview features to Pymol 'p' (with pull refactoring)

JAL-2422 highlight ChimeraX selection (ChimeraX-1.0-rc-2020.05.21 +)

JAL-3626 use Viewer.scriptWait() to send Jmol commands (Bob Hanson)

JAL-3621 corrected sequence feature sort and test

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3551Pymol

Conflicts:
src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java
src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java
src/jalview/gui/AppJmol.java
src/jalview/gui/AppJmolBinding.java
src/jalview/gui/ChimeraViewFrame.java
src/jalview/gui/StructureViewerBase.java
src/jalview/jbgui/GPreferences.java
src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
src/jalview/project/Jalview2XML.java

JAL-3463 avoid Thread.sleep() as not supported in SwingJS

JAL-3621 update to intervalstore v1.1

JAL-3529 test updated for revised signature of getDBRefs()

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into develop

Conflicts:
build.gradle
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/util/DBRefUtils.java
src/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.java

JAL-3613 remove debug code committed in error

JAL-2422 JAL-3551 unit tests updated for code changes

JAL-3619 default silently to Jmol if viewerType absent (Jalview < 2.9)

JAL-3551 pull up Close Viewer dialog to base class

Merge branch 'feature/JAL-3551Pymol' into feature/JAL-2422ChimeraX

JAL-3551 raise label on ('highlight') structure residue (wip)

JAL-3518 tidy method, remove obsolete comment

JAL-3518 failsafe check for null Jmol filename while loading files

JAL-3551 concatenate colour by sequence commands for all except PyMOL

JAL-2422 JAL-3551 viewer text/variables generalised, Pymol paths added

JAL-2422 ChimeraX paths (versions up to 1.0) added for Windows

JAL-1333 additional Chimera versions for Windows installation paths

JAL-2422 restore saved ChimeraX session from project

JAL-3613 check sequence overlap when matching search results

JAL-3551 save structure viewer session refactorings, PyMol added

JAL-3551 tidied error handling for HTTP request

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3551Pymol

JAL-3225 save auto formatting settings in org.eclipse.jdt.ui.prefs.  Not yet put into place, but these settings should be used

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 add GPL license to Jalview source files

JAL-3407 release notes - JAL-247 - for auto-set-ID, and revise wording for transferring virtual features in chimera

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 fix JAL-3574 - remove from known issues for 2.11.1.0

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3574 JAL-3407 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3574filterByPOS' into documentation/JAL-3407_2.11.1_release

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 add and document ComputePeptideVariants.groovy

JAL-3577 changed default RELEASE dir in build.gradle to use absolute path to help buildship when importing project for first time

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3567 JAL-3407 document sequence features report and the additional info provided for virtual features. Also bumped release date to 22st April

JAL-3210 try adding setup method to unit test failing on server...

JAL-1889 corrected wait for consensus to be calculated

JAL-3577 Added newer install dirs to the deletion list in the uninstaller and tidied the list

Merge branch 'bug/JAL-3567virtualFeatureCoordinates' into develop

JAL-367 code tidy

JAL-3567 translated rather than imputed peptide

JAL-3603 load annotation file from RELATIVE_URL in JS, small code tidies

JAL-3602 Added configuration for enforced use of UTF-8 for creating the
core js files and also in the closure-compiler.

JAL-3567 unit tests for linked feature tooltips

added .gitignore paths

I need these until I fully grasp the ways that gradle works.

JAL-3587 Load Project bug

Fixed 2019.01.24 in Applet branch.

commit db8caac49ea663fbc2b8b78f7eb2e6ae893f40da

didn't have a JAL number. My mistake.

JAL-3567 adjust layout of linked feature report, unit test

JAL-3567 added 'imputed by Jalview' to protein consequence in report

JAL-3567 report mapped location for virtual features in tooltip etc

JAL-3407 JAL-3529 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3529_uniprotidsinstockholm' into develop

JAL-3529 revert ordering of DBRef addition so it reflects situation after Pfam import </picky>

JAL-3597 improved Memory test suite by detecting base memory usage rather than assuming it is constant for each release.

JAL-3407 release date set to 16th April, known issue report for JAL-3574

Merge branch 'testing/JAL-3577_jalviewversion_autoset_fixed' into develop

JAL-3583 remove debug logging, Javadoc added

JAL-3574 test coverage corners

JAL-3574 Matcher with integer/long value pattern (e.g. VCF POS locus)

JAL-3596 change redacted

JAL-3596 don't draw text over features if Show Text is unselected

JAL-3583 consistent last[Formatted]Tooltip, show once only per residue

JAL-3587 save and reload project file fix

JAL-3588 Remove Examples folder in windows Program Group for all CHANNEL values

JAL-3577 automatically configure JALVIEW_VERSION for builds using jalview.version property in RELEASE file

JAL-3253 SwingJS upgrade including J11 transpiler 3.2.9.v1f

JAL-3253 merge of new SwingJS api

merge from develop: the fixy bit

merge from develop: the rest of the changes

merge from develop: Most of the changes

JAL-3589 (old Platform) fix for Jalvew-JS/develop only.

JAL-3210 fudge for JalviewJS to avoid IntervalStore incompatibility

JAL-3577 improvement to non-release DMG background and source SVG. Updated docs on image specification/creation.

Merge branch 'task/JAL-3577_Jalview_Test_installers' into develop

JAL-3577 Added DEVELOP DMG styling. Improved TEST-RELEASE and NON-RELEASE styling

JAL-3577 Fixed Jalview Programme Group in Windows menu. Added examples folder for RELEASE channel only and Examples folder in Jalview Programme Group in Windows.

JAL-3407 redact java 8 incompatible type inference

JAL-3581 no hidden sequence marker if hidden markers not shown

JAL-3407 updated release date to Thursday 9th April, and release notes for JAL-3577 JAL-3581 JAL-3571

JAL-3581 no hidden sequence marker if hidden markers not shown

JAL-3577 Moved application Categories for freedesktop menus into correct place in install4j

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Conflicts:
build.gradle
src/jalview/gui/SeqPanel.java
build.gradle and gradle.properties changes in develop ignored

JAL-3577 removed debugging

Merge branch 'task/JAL-3577_Jalview_Test_installers' into develop

JAL-3577 Added existing and new Application IDs for Windows. Fixed Desktop shortcut and Menu entry.

JAL-3579 no Feature Editor if features not shown

JAL-3577 Changed shortName to INTERNAL_ID

JAL-3577 Changed Windows internal ID to a new value which is backward compatible with the 2.11.0 installation. i.e. release versions will have internal ID 'Jalview'

JAL-3577 Changed Windows internal ID to a new value which is backward compatible with the 2.11.0 installation. i.e. release versions will have internal ID 'Jalview'

JAL-3577 Added DS_Store for Test release to look like proper installer

JAL-3577 Added a jalviewt scheme ONLY to TEST-RELEASE and TEST-LOCAL channels so that a test jvl can be made to ONLY open in the Test installation

JAL-3577 cleaned up old DMG files. Added NON-RELEASE DMG files. Changed how Jalview name propogates through install4j -- now dynamically created depending on the CHANNEL

JAL-3577 First attempt at new folder names