Merge branch 'develop' into efficiency/JAL-2034_JAL-1421

JAL-2164 TODO: make test pass for JMOL_PARSER

JAL-2164 JAL-1919 JAL-1270 use structure import settings to properly configure for test

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2164 bugfix to convert insCodes of '\000' to ' ' in JmolParser, this fixes the xml marshalling bug

Merge branch 'bug/JAL-2154projectMappings' into develop

Merge branch 'task/JAL-2164_mcviewforoldjalviewprojects' into develop

JAL-2164 prevent jalview news from opening

JAL-2164 clear the desktop before testStoreAndRecoverExpandedViews

Merge branch 'task/JAL-2164_mcviewforoldjalviewprojects' into develop

JAL-1772 make sure we actually return reference to AlignFrame that is visible after views are gathered

JAL-1772 JAL-2164 make expanded view save/restore test pass when run in isolation (problem may be that load returns an alignFrame that isn’t actually the one shown in the desktop…)

JAL-2164 JAL-1772 explodeViews can be static, so make it so

JAL-1957 JAL-1479 updated SIFTS user docs

JAL-2164 revert tests depending on import of legacy jalview projects

JAL-2154 disable visual delay only after completed import

JAL-2154 register any new dataset codon frames only when all data imported

JAL-2154 only include mappings in dbref/alcodon in dataset XML

JAL-2157 fixed Jalview2xmlTest

JAL-2154 toString for forward references

Merge branch 'patch/JAL-2156_JAL-2163_saveSplitFrameFromSaveAs_restoreTitles' into bug/JAL-2154projectMappings

JAL-2163 set title for the alignframe from restored view state

JAL-2156 resolve and add complementary views for saveAlignment

JAL-2156 refactor saveState & saveAlignment to common method

JAL-2156 getter for AlignFrame(s) held in a splitframe

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1919 added codes for End-2-End scan for sequence consistency for PDB files parse with JmolParser vs. Jalview's PDBfile parser

JAL-2157 todo: verify parser/file format enums and static/dynamic status these fields

JAL-2157 bugfix for issues from enum refactoring

JAL-2157 bugfix for regression from commit 82a6c8e2e25b7534168b68b2c89b9cf195f815a5

JAL-2154 formatting

JAL-2154 keep track of incomplete sequences and report if they weren’t resolved

JAL-2154 systematic pattern for defining/resolving forward references to sequences

JAL-2154 patch the hack (Jalview2XML tests pass)

JAL-2148 Bugfix in structureImportSettings string-to-enum conversion and further enhancement to deal with Atoms from multi-model entries

Resolve merge conflict for StructureImportSettings

JAL-2148 fix to heuristically determine chain termination positions. This aids in decision making w.r.t CA HETATMs inclusion

Merge branch 'apifix/JAL-1926_JAL-2106' into develop
JAL-1919 JAL-2148 regularise use of jalview.datamodel.PDBEntry.Type for PDB/mmCIF file type
JAL-1919 JAL-2148 use new enum jalview.structure.StructureImportSettings.StructureParser

JAL-2154 poke JSeq start/end into Vamsas sequence

JAL-1926 JAL-2106 fix name for flag controlling addition of secondary structure annotation from 3D data

JAL-1926 JAL-2106 don’t use PDB database constant as a file format string

JAL-1926 JAL-2106 use enum for ‘DEFAULT_STRUCTURE_FORMAT’ property values

JAL-1926 JAL-2106 remove startRes/endRes fields - not used

JAL-2023 stronger check for whether to start cdna consensus

JAL-2023 avoid writing / loading empty mappings

JAL-2023 JAL-1681 fixed bug in computing '+' for co-modal codons

JAL-2068 AnnotationWorker create/update annotation, not delete / re-add

JAL-2068 small refactor to reuse shared method

JAL-2068 update rather than recreate AlignmentAnnotation on run()

JAL-391 corrected handling of gapped sequences

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1919 set default structure file format to mmCIF, refactored some StructureImportSetting variables, removed mmCIF from DBRefSource, updated tests

Merge branch 'develop' into efficiency/JAL-2034_JAL-1421

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-666 patch JAL-1947 in applet where overview is under sampled when lost of sequences are hidden in the viewport (hangover from applet not supporting hidden rows)

JAL-2105 check content of Ensembl REST ping response

JAL-2099 ensure initial setting of scaleAbove reaches viewport

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2099 JAL-2100 port scale number / hidden column mark changes to
applet

JAL-2068 clearer instructions on how to use script (and modify it!)

JAL-2068 clarify comments

JAL-2068 scale annotation display character to width for feature count annotation

JAL-2121 cleanup TODO

JAL-2110 JAL-2145 fix out of date test for 2baee069f9edaef280f0115bae42d4ac7b77bb9b

JAL-1976 Spanish version of new message

JAL-2015 restore check for null colour in paint()

Merge branch 'features/JAL-2068groovyAnnotationWorker' into develop
minor conflicts in constructor/imports for unification of Graduated/FeatureColour

JAL-2145 improvement: ensure conservation calculation performed between istart & alwidth only!

JAL-2145 documentation of getWidth()

JAL-2145 JAL-1551 formatting

JAL-2145 fix: build alignments before building AlignFrame/SplitFrame pair

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1919 house-keeping

fix for JAL-2147
- scope search for codonmappings to local alignment
- efficiency - use discovered mappings directly rather than letting highlight search results do the work again

JAL-2147 findMappingsBetweenSequenceAndOthers for scoping search to sequences in an alignment

JAL-1115 change implementation to avoid possibility of deadlock

JAL-1270 test coverage TODO Alignment.append(AlignmentI)

JAL-2110 JAL-2147 JAL-2145 - pad CDS alignment reconstructed from aligned proteins

Merge branch 'features/JAL-2110_crossRefDuplications' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2135 minor house-keeping

JAL-2144 TODO - new methods for canonicalisation and comparison of source strings, regularisation of properties from SequenceDbSource implementations, recognition of coding databases in a more generic way.

JAL-2110 avoid potential race condition where user changes selection after ‘show cross refs’ option has been selected

JAL-2110 TODO for JAL-2131

JAL-2110 note about use case for when alignAsSameSequences fails due to missing shared dataset refs

JAL-2110 test demonstrating limitation of current implementation of alignAs (simple case)

JAL-2110 javadoc and TODO re shortcomings of implementation

JAL-2110 javadoc

JAL-2110 scalability todo

JAL-1381 JAL-2110 efficiency TODO

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1369 release notes for patch of save/restore representative group when only one sequence represented

JAL-2135 NPE bugfix when parsing a structure file with Jmol and id & inFile is null

Merge branch 'develop' into features/JAL-2110_crossRefDuplications

JAL-1919 Fixed failing tests, enabled HETATM processing from structure file to be configurable. Minor refactorings (StructureViewSettings class renamed to StructureImportSettings, fileName variables of AlignFile class renamed to dataObject since in realty it could be a file, url or pasted string)

JAL-2110 added alignAsSameSequences to handle 'direct' (copy) case

JAL-2110 field 'cf' moved to stack

JAL-2110 generic rather than specific check for gap character

JAL-2110 AlignmentUtils.alignCdsAsProtein implemented