Last version

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into menard

v2

Add support RNAML format

JAL-961 allow calcId to be specified independently of alignment annotation row label

JAL-974 - broken copy of feature settings

JAL-1129 progress bar - this patch doesn't provide any indication of whether the export was successful.

JAL-968 incremental - PNG/EPS output has annotation overlapping alignment when annotation scroll bar not at top of panel.

tidy imports

JAL-974 create graduated feature colours for annotation with scores.

JAL-974 - use refactored methods on AlignmentPanel

JAL-974 - refactor FeatureRenderer constructor to AlignmentPanel (should probably add to AlignPanel API JAL-966)

JAL-1117 alleviate lock starvation

ensure all annotation dependent rendering gets refreshed

JAL-1065 JAL-1066 ensure non-residue based schemes actually override the new findColor methods

JAL-1065 JAL-1066 allow different lookup tables for nucleotide or amino acid colourschemes

JAL-899 added groovy support to develop branch

formatting

JAL-976 JAL-975 JAL-1119 - pass on any existing parameters to initialise the service parameters dialog box

JAL-975 JAL-1119 - prototype adjustable AACons parameters for the currrent alignment view

JAL-975 - doh! valid result if width matches *ungapped* input data

JAL-975 - bespoke AACons settings object to save current service settings for the AlignViewport

patch for JAL-1172 ensure option's default value is set in widget so it gets saved in paramStore

JAL-961 JAL-975 extend api to support removal of workers no-longer required by the user

JAL-975 - ensure we only submit ungapped, padded alignment data to AACon - otherwise jobs fail.

formatting

JAL-1125 option to switch between Jalview and SeqSpace PCA calculation modes

fix JAL-1122

JAL-1123 - make clear where off-by-one error was occuring (patched problem in previous commit)

JAL-535 - refactored core PCA viewer code to viewmodel
JAL-1013 - port protein/nucleotide settings to applet PCA viewer

JAL-535 refactored core code from PCA viewer to viewmodel.

JAL-1120 patch for desktop

patch for JAL-1121 - reset button and slightly wider default window size

JAL-535 refactoring todo

Extended IProgressIndicator with method to check if any progress bars are currently displayed.

Merge branch 'JAL-1013_pca_rna_dna' into develop

JAL-975 JAL-1002 ensure custom parameters are actually passed to service

JAL-1115 - synchronized access to group list

JAL-976 - make sure annotation panel is updated to grey out any stale annotation rows

JAL-961 JAL-976 kill any existing AACon job if a new AACon worker is started due to an alignment edit or change in parameters

JAL-1003 visual delay when running a sequence or alignment annotation job

JAL-961 JAL-976 tweaked way that AACons client is registered and started.

formatting

formatting

JAL-1118 - hack to try and get rid of flicker. consider moving greyed out image rendering to after we call the panel renderer.

JAL-1118 WIP - flag to mark if image buffer has just been cleared ready for a redraw

JAL-1115 trap exception arising from race condition when alignment edited during calculation

JAL-968 javadoc and return flag indicating if any of the annotation rows were being worked on whilst the panel was rendered.

JAL-961 ensure we only add one instance of a worker to the registered list of workers for an alignment.

JAL-961 potentially helpful println statements when debugging alignment calculation queue

JAL-1115 refactor base collection for Alignment from Vector to locally synchronized List<SequenceI>
(missed this one from d6509fcf3a8cc90616e18cb22cec97f85c722bb8)

JAL-1116 - location where vamsas sync failure occurs

javatidy

JAL-1115 refactor reordering code operating directly on Sequence collection as AlignmentI method

JAL-1115 refactor base collection for Alignment from Vector to locally synchronized List<SequenceI>

JAL-1115 - use local reference for annotation row

JAL-961, JAL-1115 - pending test to ensure only one worker waits around for another one for the same type to complete.

javatidy

JAL-967, JAL-1114, JAL-1115 more concurrent access hacks

javatidy

fix for bug introduced with commit:b81d4d7d46ea8b1c89df086fb847baab6b69d427

javatidy

JAL-967, JAL-1114, JAL-1115 - modified render and calculation api to work on bare array reference for current instance of data rather than via reference to container object, so as to minimise errors arising from race between rendering code and calculations triggered by alignment data edits which create new data arrays.

JAL-976 ensure job id gets written out if there's an exception

javatidy

javatidy

formatting

JAL-969 - refactor colourscheme machinery from GUI code to core alignment view model

JAL-1109 JAL-1065 resolve t-coffee score scheme by name

updated schema to store and recover belowAlignment and calcId for JAL-1109 and JAL-1110

JAL-1114 - refactor methods handling Vectors and Hashtables to Lists and Maps, and use SequenceCollectionI and AnnotationCollectionI where possible to simplify code.

formatting

formatting

TODO: JAL-1108

JAL-1078 - removed 'Load Score File' menu item and extended annotation file loader to recognise and load T-COFFEE files.

JAL-1065 per sequence and per-alignment scores added to annotation

JAL-1065 - ensure null entries in annotation row so T-COFFEE annotation can be relocated as alignment is edited.

todo: JAL-1105

todo: JAL-1108

ensure annotation isn't added twice - note - this could cause efficiency problems

JAL-1107 - documentation explaining '*' and '+' in the conservation histogram.

patch for occasional NPE when applet is quit

JAL-1078 - extend applet cut'n'paste features/annotation to support t-coffee file
JAL-1102 - feedback for successful or unsuccessful parsing of annotation files

JAL-1067 report any warning messages to user

TODO for JAL-976

todo for JAL-1106

JAL-1066,JAL-1068,JAL-961 - use alignment annotation query api to get t-coffee annotation

JAL-1067, JAL-1105 - refactor parser to fit Jalview's data parsing architecture

JAL-961 - annotatable datamodel objects can be queried to obtain annotation with a particular calculation ID

JAL-1102 todos and status updates when data is added

todo JAL-1104 : functions to refactor

todo: blocked by JAL-1104

JAL-958 - ensure logo is rendered even if consensus for column is at zero

update the copy constructor

JAL-1065,JAL-1066 propagated notification of colourscheme when alignment changed to refactored code (SHA:677878508a8006cbf7e94e4d4e129ddcf3e3f2c2)

JAL-1065,JAL-1066 - propagated 863467bf6c59c0bc5368c8f3a03d9d5a4f10700d to refactored renderer code.

Merge remote-tracking branch 'origin/Tcoffee_JAL-1065' into develop
conflicts due to refactoring according to JAL-972, JAL-968, JAL-968
Conflicts:
.classpath
examples/appletParameters.html
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/AlignViewport.java
src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java

warning dialog - fixes JAL-1099

fixed JAL-1086: pass column index so colourscheme profile data is used to calculate symbol colour

JAL-958 - don't try to draw all zero profiles