Merge branch 'improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown' into develop

JAL-4409 don't ignore gitignore !

JAL-4418 first development release for 2.11.4.0 - release notes for
JAL-4159,JAL-4257,JAL-4386,JAL-4392,JAL-789

Merge branch 'feature/JAL-4159_pasimap' into develop

 Conflicts:
help/markdown/releases/release-2_11_3_0.md

Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch' into develop

JAL-4409 Allow more URI schemes (e.g. file) to be opened in Jalview

JAL-4409 Allow more URI schemes (e.g. file) to filter through to Jalview

JAL-4414 Add SocketTimeoutException to exceptions that trigger File Not Found rather than Format Not Recognised

JAL-3196 Need more memory for the install4j process run by gradle

JAL-4409 JAL-4160 Don't let getdown turn jalviewX:// URIs into absolute local file paths. Allow getdown CLI memory setting with double-dash --jvmmemX

JAL-4417 Use a specified props file for consistent output

JAL-4409 TEMPORARY don't clean up image files from jalview.bin.CommandsTest.headlessOrGuiImageOutputTest failing on build server

JAL-4409 Ensure the specific scheme jalviewx is only for the release version

JAL-4409 Don't insist on HttpURLConnection, allows for file:/ protocol connection

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

JAL-4159 fix up test for applicable filters for pasimap

JAL-4159 fix PairwiseAlignmentPanelTest - reinstate correct recording of the endRes for each sequence aligned

JAL-4159 peek in a Jalview project's PCA viewer's title to decide if it is a "pasimap" viewer or some other Pcaviewer...

JAL-4257 JAL-4159 JAL-789 tidy up passing of score model to pairwise alignment directly/via pasimap and threading off the direct pairwise alignment calculation

JAL-789 pairwise alignment via calculations dialog, allowing score model to be changed
merged in with feature/JAL-4159_pasimap

JAL-4366 compute coverage on each side of the pairwise alignment

Merge branch 'jims/feature/JAL-4159_pasimap' into feature/JAL-4159_pasimap

Merge branch 'features/JAL-4257_adjustablegapparams_nw' into jims/feature/JAL-4159_pasimap

JAL-4159 fix sense of console/alignment output suppression flags and make sure all output is suppressed when computing pairwise alignments

JAL-4159 disable the score model combo box when pasimap is selected

mend

Fix PaSiMap taking scoreModels input and allow AlignSeq/PairwiseAlignPanel to take a ScoreMatrix

Fix PaSiMap not having the eigenvalues saved

revert build.gradle changes

Save PaSiMap with Jalview Session

Rectanuglar selection changed to Mouse Button 3 drag

JAL-4259 set title using original alignment window's title

JAL-4159 implement bounds for PASIMAP calculation - from 9 to 20000 sequences.

JAL-4159 connectivity should be computed for the sequences analysed with PAsiMap, not the alignment

JAL-4159 PASiMap currently doesn't support different score models

JAL-4159 sometimes the progress bar may not be available - null check

JAL-1054 Change one more (unused) url.openStream to use the HttpUtils wrapper for completeness

JAL-1054 Change the rest of the url.openConnection() calls to use the HttpUtils.openConnection(url) wrapper

JAL-4409 Adjust usage of HttpUtils.equivalentJalviewURLString() and pass jalviewX:// URL files to Jalview without changing them as Jalview now deals with them

JAL-4409 Make HttpUtils.equivalentJalviewUrlString 'non-destructive'

Merge branch 'feature/JAL-4159_pasimap' into spike/JAL-4159_pasimap_2113_series
loop in new progress bar and resolve formatting conflicts in PairwiseAlignPanel

JAL-4356 release date for 2.11.3.3 is 22nd May 2025

JAL-4356 release date for 2.11.3.3 is 22nd May 2025

JAL-4409 Also interpret jalviewX:// URIs in Jalview itself (for executable jar or command line start)

JAL-4397 Another fix on linux

JAL-4420 Add some debugging statements

JAL-4420 Tests for new FileUtils methods

JAL-4420 Allow preprocessing of arguments if they are all simply filenames (or URLs).  Preprocessing involves adding --open arguments, and spotting and regrouping associated files such as annotations, features and tree files.  These get --annotations argument etc.  Add FileUtils tools to get basepath and extension of filename or URL whilst only in String form.

JAL-4409 Checking getdown jars up to date

JAL-3409 Add newline back into Buffered Reader in getdown launcher.log

JAL-4409 corrected the umount of dmg to hdiutil detach to allow subsequent opening with other improvements

JAL-4409 Added remote JVL files for Linux/Windows

JAL-4409 Added multiple file open to getdown. Added URL source of JVL file ability to getdown. Convert jalviewX:// type schemed URIs consistently.

JAL-4356 release notes for JAL-3978 patch

JAL-4356 release notes for JAL-3978 patch

JAL-3978 Add the bin dir to be copied from website appdir to archive appdir

Merge branch 'bug/JAL-3978_copy_bin_dir_to_getdownArchiveBuild_task' into develop

JAL-3978 Add the bin dir to be copied from website appdir to archive appdir

JAL-4409 Easier full install from source for macOS

JAL-4409 more places to check for jalviewd://

JAL-4418 bump release to 2.11.4.0

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4159_pasimap
doesn't seem to have apache-math present
 Conflicts:
build.gradle

Merge branch 'feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation' into develop

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

JAL-4356 bump release date to today, release notes for patching JAL-4407 and known issue report for JAL-3124 and JAL-4415

JAL-4397 IdWidth tests slightly less restrictive for platform/scaling variations

JAL-4409 extra schemes now opening correctly in macos

JAL-4386 Fixed failed test case

Merge branch 'bug/JAL-4416_sview_not_shown_for_local_strucfile' into develop

JAL-4386 Fixed failed test cases

JAL-4416 TODO for fixing JAL-4415 JAL-3124 - need a test for this

JAL-4416 ensure the structure view is shown and any added annotation is displayed

JAL-4416 make sure the structure viewer is actually opened when handling local file view

JAL-4386 Added preferences for secondary structure consensus and it is
set as false by default to skip failed test cases.

JAL-4409 minor change for mac testing

JAL-4409 Updated getdown classes

JAL-4409 Refactoring to allow easier reuse of classes with getdown

Merge branch 'bug/JAL-4407_no_sec_str_from_draganddrop_to_msa' into develop

JAL-4386 - Implementation of retrieving secondary structure
source/provider from matching the annotation description and PDB entry.
Implementation of Show secondary structure menu option. Updated
calculation of secondary structure consensus.

JAL-1054 JAL-4414 Tests for the HttpUtils redirect wrapper methods.  Tests for the different exceptions from IdentityFile.identify().

JAL-1054 Also recognise UnknownHostException as a file not found at URL

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

JAL-4217 Upped the main testTask0 timeout to 15 minutes for build server's benefit

JAL-1054 Tests for the HttpUtils redirection wrappers

Merge branch 'bug/JAL-4397_failing_idWidth_tests' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4397_failing_idWidth_tests

JAL-4414 Add a FileNotFoundException when identifying URL file formats and catch to change error message appropriately

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

JAL-4356 fix release note

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

JAL-4356 set release date to Weds 15th May and update release notes

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

JAL-4356 JAL-518 JAL-4413 release notes

Merge branch 'features/JAL-518_justify_seqs_in_region' into develop

JAL-1054 Fix wrappers for following http->https redirects

JAL-518 better test coverage and support for case preservation

JAL-518 failing test for case preservation on justify

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation