JAL-2310 don't double-count sequence matches; code tidying

JAL-345 JAL-1738 menu item, AlignFrame action listener and documentation for Select->Select Highlighted Regions.

Accelerator key (CMD-L) doesn’t seem to work right now.

JAL-1738 JAL-345 fix test - method appears to work

JAL-1738 JAL-345 fix for JAL-2302 only report Matches that are not contained by the previous match.

JAL-1738 JAL-345 switch expected/observed in test

JAL-345 JAL-1738 fix test (still passes)

JAL-345 javadoc and note about JAL-2300

JAL-354 JAL-1738 add returns SearchResultMatchI instance so it can be cached

JAL-966 JAL-345 JAL-1738 decontaminate SearchResultI with references to Match

JAL-966 JAL-345 JAL-1738 quick rewrite of scrollToPosition in applet - further refactoring needed to merge applet/desktop scroll logic

JAL-1738 JAL-345 failing test for mark columns
 - fail actually due to jalview.analysis.Finder creating more than expected SearchResultMatch objects for a given pattern

JAL-345 JAL-1738 strengthen test for cardinalty count/range selects

JAL-345 JAL-1738 typo

JAL-1738 JAL-345 fix broken calculation of newly marked bits

JAL-345 JAL-1738 new tests (failing) for SearchResultsI.markColumns

JAL-1738 JAL-345 trivial tests for relocated SearchResultsI ref on AlignViewportI

JAL-1738 JAL-345 new controller method based on mark columns containing features routine that marks/toggles columns containing highlighted regions. Needs tests, but works in the wild.

JAL-345 JAL-1738 SearchResultI method to mark columns in a bitset for highlighted regions. Needs tests (but works enough to use)

JAL-966 clarify javadoc for SearchResultsI.getResults

JAL-966 SearchResultsI now on viewmodels.AlignmentViewport rather than on SeqCanvas

JAL-966 JAL-1738 JAL-345 interfaces for SearchResults and SearchResults.Match

Merge branch 'releases/Release_2_10_0_Branch_fixmaster' into develop

JAL-2089 patch broken merge to master for Release 2.10.0b1

Merge branch 'releases/Release_2_10_0_Branch'

Merge branch 'sourcepub' into releases/Release_2_10_0_Branch

Merge branch 'sourcepub' into develop

JAL-2089 update What's new for 2.10.0b1

Merge branch 'releases/Release_2_10_0_Branch'

Merge branch 'sourcepub' into releases/Release_2_10_0_Branch

Merge branch 'sourcepub' into develop

JAL-1683 reinstate replacetoken patterns so source replacement happens!

Merge branch 'sourcepub' into develop

Merge branch 'sourcepub' into releases/Release_2_10_0_Branch

JAL-1683 replace version and year in licence header when generating source tarsal

Merge branch 'releases/Release_2_10_0_Branch'

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Unit tests for UrlLink

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_0_Branch

JAL-2089 bump version and release branch info

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_0_Branch

JAL-2089 release notes for JAL-2234

Merge branch 'patch/JAL-2234_renameFER1_ARATH' into develop

JAL-2234 reordered seqs (after sequence data was reordered) so files match the example project files

JAL-2234 rename seqs for linked jalview examples

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_0_Branch

JAL-2089 tweak release note for JAL-2283

JAL-2089 documented additional JAL-2272 CMD-click issue and reformatted 2.10.0b1 release notes a little

Merge branch 'bug/JAL-2272cmdClickGroupEdit' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2283consColourEnabled' into develop

JAL-2272 Cmd-drag to group edit sequences on Mac (Ctrl-click for popup
menu)

JAL-2283 corrected preferences settings for test

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_0_Branch

JAL-2089 JAL-2195 release notes

JAL-2089 JAL-2283 release notes

Fixed dialog box messages in English and Spanish. Adjustments to dialog
box spacing.

Merge branch 'bug/JAL-2283consColourEnabled' into develop

JAL-2044 documentation

Correct Preferences to check for SEQUENCE_NAME as well as SEQUENCE_ID on
initialisation.

JAL-2283 set 'by conservation' correctly when changing colour schem

Code tidy up. Unit test passes.

Working links menu

Factored URL Link constants out into UrlConstants file.

Created (failing) unit test for addFeatureLinks

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into releases/Release_2_10_0_Branch

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_Branch

JAL-2089 update release date for 2.10.0b1 to Tuesday 25th Oct and fix duplicate anchor name

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_Branch

JAL-2269 JAL-2195 review and revised test
* cut down DNMT1_MOUSE.pdb file to a stub and renamed to examples/testdata/localstruct.pdb
* added comments explaining test behaviour
* remove try/catch - exceptions should cause test to fail.

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_Branch

JAL-2089 update 2.10.0b1 release date

JAL-2089 release notes and new known defects

JAL-2039 release notes

JAL-2245 release notes

JAL-2089 2.10.0b1 release notes

JAL-2039 rejig instructions for Structure Chooser and clarify what happens after ‘View’ is pressed

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-1552dragndroptake2' into develop

acceptDrop call added before getTransferable in alignment frame drag and
drop.

JAL-2262 JAL-2195 Improvement to set PDBId availability in a flag

Re-attempt to fix JAL-1552 by removing extra calls to acceptDrop.

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into task/JAL-2196pdbeProperties

JAL-2253 2 second timeout on ping URL, default 5 minutes on others

JAL-2234 switch FER1_ARATH and FER2_ARATH in ferredoxin tree

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-1479 revise warning message to suit all contexts

JAL-2044 increase Jmol file load timeout from 5 to 20 seconds

JAL-2044 ensure AAStructureBindingModel.pdbEntry has no file duplicated;
pull up modelFileNames

JAL-2044 include model name in progress bar message opening file

JAL-2234 switched FER1_ARATH and FER2_ARATH in example projects

Merge branch 'features/JAL-2039_Offer_cached_structurefiles_immediately' into develop

JAL-2039 improvement to offer cached structure view immediately when cached structures exists

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-2241 check for null jprovider when processing New View action

JAL-1552 added acceptDrop call before getTransferable to avoid error
with Java native dnd

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-1479 small tidy of error message when Sifts mapping fails

JAL-2233 reverted changes to Jmol logging levels

Merge branch 'bug/JAL-2262_dnd-for-local-structure-files' into develop

JAL-2262 JAL-2195 unit test for bug

JAL-2262 JAL-2195 bug fix for mapping local structure files

JAL-2254 map error text in root node of EMBL XML response