Unit tests for UrlLink

Fixed dialog box messages in English and Spanish. Adjustments to dialog
box spacing.

Correct Preferences to check for SEQUENCE_NAME as well as SEQUENCE_ID on
initialisation.

Code tidy up. Unit test passes.

Working links menu

Factored URL Link constants out into UrlConstants file.

Created (failing) unit test for addFeatureLinks

JAL-2269 JAL-2195 review and revised test
* cut down DNMT1_MOUSE.pdb file to a stub and renamed to examples/testdata/localstruct.pdb
* added comments explaining test behaviour
* remove try/catch - exceptions should cause test to fail.

JAL-2089 update 2.10.0b1 release date

JAL-2089 release notes and new known defects

JAL-2039 release notes

JAL-2245 release notes

JAL-2089 2.10.0b1 release notes

JAL-2039 rejig instructions for Structure Chooser and clarify what happens after ‘View’ is pressed

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-1552dragndroptake2' into develop

acceptDrop call added before getTransferable in alignment frame drag and
drop.

JAL-2262 JAL-2195 Improvement to set PDBId availability in a flag

Re-attempt to fix JAL-1552 by removing extra calls to acceptDrop.

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into task/JAL-2196pdbeProperties

JAL-2253 2 second timeout on ping URL, default 5 minutes on others

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-1479 revise warning message to suit all contexts

JAL-2044 increase Jmol file load timeout from 5 to 20 seconds

JAL-2044 ensure AAStructureBindingModel.pdbEntry has no file duplicated;
pull up modelFileNames

JAL-2044 include model name in progress bar message opening file

Merge branch 'features/JAL-2039_Offer_cached_structurefiles_immediately' into develop

JAL-2039 improvement to offer cached structure view immediately when cached structures exists

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-2241 check for null jprovider when processing New View action

JAL-1552 added acceptDrop call before getTransferable to avoid error
with Java native dnd

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-1479 small tidy of error message when Sifts mapping fails

JAL-2233 reverted changes to Jmol logging levels

Merge branch 'bug/JAL-2262_dnd-for-local-structure-files' into develop

JAL-2262 JAL-2195 unit test for bug

JAL-2262 JAL-2195 bug fix for mapping local structure files

JAL-2254 map error text in root node of EMBL XML response

Merge branch 'develop' into task/JAL-2196pdbeProperties

JAL-2252 now buffered read of 3 lines of a time in help files

JAL-2245 checks for null added (in case EMBL fetch finds nothing)

JAL-2189 update year in author.props

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_Branch

JAL-2189 CITATION file and reorder authors: 2.10: JBP, MC, TCO...

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-2252 workaround for link checker not recognising multiline anchors

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-2189 updated third party licenses

JAL-2189 release notes

JAL-2036 rebuild menus for each panel before adding to splitframe

JAL-2189 release notes

JAL-2189 tidy up release notes

JAL-2189 tweak ensembl release notes

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop
JAL-2189 merge formatting and licensing updates to develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_Branch

JAL-2189 formatting and release notes

JAL-2189 license header

JAL-2189 apply license

JAL-2189 format help

JAL-2189 format tests

JAL-2189 formatting and GPL

JAL-2189 source formatting

Merge branch 'develop' into task/JAL-2196pdbeProperties

Conflicts:
src/jalview/datamodel/PDBEntry.java
test/jalview/ws/dbsources/UniprotTest.java

QQMerge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1563 JAL-1479 minor house-keeping for Uniprot FTS & SIFTS user docs

Revert "JAL-2245 Castor mapping and code changes for change to ENA XML format"

This reverts commit 30b2b47cbdfa35b127b0fb09e911815cddd9ed7b.

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2189 release notes/whats new

JAL-2189 JAL-2152 Chimera 1.11.1 minimum version requirement

JAL-1191 revert to using SequenceOntologyLite due to downstream
dependencies

JAL-1191 configure full SO for desktop, SOLite for applet (without
breaking the build)

JAL-2245 defence against NullPointer if no EMBL data unmarshalled

JAL-1191 use full SO in desktop application

JAL-2105 update Ensembl REST version to 4.7

JAL-1191 refined warning message

JAL-1191 added mRNA isA transcript to SequenceOntologyLite (because
Ensembl now returning coding features as mRNA not transcript!)

Merge branch 'bug/JAL-2245enaXmlChange' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2210_hack_for_Release_2_10' into develop

JAL-2245 Castor mapping and code changes for change to ENA XML format

JAL-2232 some fix / partial fix of failing tests

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-2189 release notes

JAL-2232 added test that failed before last fix, passes after it

JAL-2232 JAL-2154 update dbrefs to newly created dataset sequence

JAL-2189 link to feature sorting documentation

JAL-2189 JAL-2005 mention alignment order preservation when equivalent sequences are sorted.

JAL-2189 release notes

JAL-2005 JAL-599 test alignment and features for checking feature sort behaviour

JAL-2110 javadoc formatting only

JAL-2110 JAL-1705 handle not found (400) better

JAL-2110 additional tests for setDatasetSequence, javadoc for isProtein

JAL-2189 update RELEASE file

JAL-2189 more release notes

JAL-2189 ensembl sequence fetching, locus view and variant annotation transfer docs

JAL-2189 release notes

JAL-2210 use addDBRef to ensure normalisation (just in case the uniprot record is not normalised!)

JAL-2210 need to add both transcript and product, and Ensembl needs to be marked as a primary ref on protein, otherwise the ensembl peptide ids on uniprot don’t match up with the ones retrieved from ensembl

JAL-2210 JAL-2232 remove version number from ENACDS excession

JAL-2210 hack to remove EMBL from Protein crossrefs, and ENSEMBL from CDS crossers.

JAL-2210 explicit ‘doNotAdd’ list to prevent sequences retrieved from being added whose references have already been remapped to local dataset sequences

JAL-2210 first pass at attempting to fix CrossRef tests due to removal of sequence ID matcher based fallback for discovering crossrefs.