JAL-629 Change --open to --append and --opennew to --open. Make --open(new) part of the same default linkedId scheme.  Add and adjust tests.

JAL-629 Test and fix --annotation --ssannotation args. Added a viewerType arg/subval. Fixed multi value getClosest...(). Added a jalview.bin.Launcher eclipse script.  Lots of tests for opening structures from CLI.

JAL-629 Now showing temp fac and secondary structure for File opened structures and command line added structure. Added linegraph annotation marks for 'singleton' data points. Added splashscreen property.  Adjusted test_fab41.result argfile.

JAL-629 Adding PAE and TFType at structure loading time.  Display PAE automatically

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 deleted test output file from repo

JAL-629 mild improvement to test

JAL-629 Fixed ~ based test for build server

JAL-629 Add substituteHomeDir to getDirname().  Tighten dirname tests

JAL-629 Put old -props back as will now use old parser

JAL-629 Fix non-multi string bootstrap arg bug.

JAL-629 setprop test disabled as feature is disabled

JAL-629 parse SubVals once with ArgValue. Ensure SubVals exists. Change to setprops in Jalview.java comment

JAL-629 allow argfiles in argfiles, but avoid looping argfiles

JAL-629 allow comments in argfiles '#'

JAL-629 DON'T use quotation marks in argfiles as they are not interpreted (or needed)

JAL-629 Tests for FileUtils. Tidying counter substitutions. Fixing PAE opening.

JAL-629 more info in usage statement

JAL-629 Start of Usage statement

JAL-629 More consistent printing of --arguments. Example nf-core argfile

JAL-629 Remove debugging comment

JAL-629 --initsubstitutions as a bootstrap arg, new tests

JAL-629 sort files from java glob for predictability. reduce maxdepth of walkfiletree

JAL-629 Removed --headless to fix CommandsTest

JAL-629 added setprop. More filename based substitutions enabled.  Test for these.

Merge branch 'features/JAL-4134_treeviewerforcolumns' into develop

JAL-629 More extensive tests with real files being opened

JAL-629 fix bug for opening single named file with no args

JAL-629 Don't use new ArgParser if there are no --args and some -args

JAL-629 fix SubVals npe

JAL-629 extensive tests for ArgParser features

JAL-629 Added --opennew --nonews --nosplash. Added java globbing for = e.g. --open=**/*.fa. General debugging of argparser features for tests

JAL-629 Opening files in new windows. not working yet

JAL-629 open initial non-Arg arguments as files in separate alignment frames

JAL-629 improvements to argparser toString. Improvements to cli paeFile structure selection. Allow label subval for paefile

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-4158 first attempt at stashing colours for contact matrix groups and allowing them to be overlayed on the contact matrix visual. NEEDS TESTS!

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 Test tidyup

Merge branch 'patch/JAL-4153_flakyJvCacheableInputBoxTest' into develop

JAL-629 don't clear appProps in tests

JAL-629 refactor ArgParser and helper classes all to jalview.bin.argparser to remove static classes.  Clear properties after tests.

JAL-629 null checks for Desktop.instance.closeAll(). Props re-loaded after CommandsTest.

JAL-4134 override default hasTree so PAE tree is saved!

JAL-4153 longer Thread.sleep() calls in the hope that the test might pass on Bamboo

JAL-4134 - missing Jalview project JAXB class - st. patricks day commit curse

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-4150 test and quick patch copying code from AlignFrame.paste() to Desktop.paste() so internal paste works from popup menu

JAL-2349 JAL-4134 Console log messages for contact matrix selection

JAL-4134 propagate column selection changes in tree and alignment views

JAL-4134 fix off-by-one in selection

JAL-4134 fix NPEs when matrix not resolved or alignment view is closed

JAL-4134 better popup menu name ‘Tree for Contact Matrix’

JAL-2349 test TODOs

JAL-2349 fix off by one when resolving columns for sequence associated contact matrix

JAL-629 restore original tests memory settings

JAL-629 restore original tests memory settings

JAL-629 Check for new commandsSuccess before quit

JAL-629 move getdown update to earlier stage

JAL-629 Back to forking tests

JAL-629 All applications System.exits going through Jalview.exit

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-4134 fix up column selection when hidden regions are present. Needs tests!

JAL-4134 store/restore Newick tree for PAE annotation row

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-629 whittling down options for successful tests

JAL-629 more memory to tests task

JAL-629 add in jvmArgs for memory for tests and keep increased clover memory

JAL-629 remove jvmArgs for memory for tests. Increase clover memory

JAL-629 Add in jvmArgs for memory for tests

JAL-629 closer to normal gradle settings with just increased test memory

JAL-629 increase test JVM size

JAL-629 failFast and new threads for each test

JAL-629 increased memory for clover

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629-new_temp_test_branch

JAL-629 revert metal laf

JAL-629 Set Metal as default LAF for build server tests

JAL-629 fixed a test failing when run without a Jalview.main() having been started in another task

JAL-4091 JAL-4147 - revised annotation label display so consecutive runs of rows with the same label have their description shown instead of the bare label

JAL-4091 JAL-629 ‘Add Reference Annotations’ takes description into account when looking for potential addees - reverts change in 8fce85002e6f6a5957dc95662c6a3d80fcce8e82 so PAEContactMatrix annotation labels are consistent.

JAL-2349  don’t clobber existing label/description for an annotation when associating it with a contact matrix

JAL-4134 JAL-3855 store/restore groups, tree and threshold used to cluster a PAE matrix

JAL-3833 fixed HiDPI test for macOS

JAL-629 Commands more objecty, less classy. FileLoader with sync option (or rather default async flag).  Tests adjusted.

JAL-629 teardown in CommandsTest

JAL-629 Allow substitutions of {} = defaultCounter, {n} = autoCounter, {++n} = incremented autoCounter on args involving an output filename.

JAL-629 --substitutions --nosubstitutions flags, --nil[{++n}] just in case needed

JAL-629 Auto and Default count incrementer args. Flags for output filename replacements.

JAL-629 start of CommandsTest. More ArgParserTests.

JAL-629 start of tests and more examples

JAL-629 start of tests

JAL-629 --argfile=glob implemented. Remove reference seq from pAE Matrix annotation label

JAL-629 --close individually for each AlignFrame opened now allows batch processing of jobs in one jalview instance

JAL-629 improved comment and return speed of StringUtils.replaceLast()

JAL-2349 handle matrix_clicked on mouse_release rather than mouse_pressed so click-drag to resize the annotation row doesn’t trigger a selection event as well.

JAL-629 --quiet [no stdout], --quiet --quiet [no stderr]. Tidied up BootstrapArgs. Multiple --argfile=... can be used.

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-629 Fix --headless for new args. Fix progressbar for non-headless commands. Add an --argfile=... feature

JAL-629 stash some TFType and PAEFile info into a PDBEntry