Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'task/JAL-1794_jettyExamplesServer' into develop

Resolved merge conflict in EdtiCommandTest.java

JAL-1805 modified test setup's so the are ran for groups which requires them

JAL-1819 Test cases for Identify file

Merge branch 'bug/JAL-1819_isNaN' into develop

JAL-1819 commented out debugging message to stderr

JAL-1551 JAL-1819 formatting/imports

JAL-1819 use Float.isNaN() to check for NaNs!

JAL-1805 add group spec to the BeforeMethod setup - updated the TESTNG entry to show improvement.

JAL-1782 added summary test report for Release_2_9_Branch - Functional tests only

JAL-1667 JAL-1668 JAL-1553 help docs update

Merge

JAL-1443 bugfix to prevent loading of unidentifiable gibberish data

Merge branch 'ismb/2015_demo' into develop

revision for JAL-1749 - ensure view 2D structure menu is removed when no structures are available

fix for JAL-1776 renamed popup menu entry

updated version info in seqfetch.html

JAL-1553 reviewed & updated docs

JAL-1667 JAL-1668 updated reviewed and updated docs

JAL-1788 updated docs

JAL-1813 only pair up A-Z with a-z if annotation is RNA

JAL-1769 updated test data

JAL-1788 added help documentation for biojson

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1769 increased timeout period for eps generation

JAL-1806 bug fix to loop through the entire data file to check for a html or rnaml tag when the data file starts with <

JAL-1769 added test for commandline input operations

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1598 replaced faulty regex, amended Varna call, to get pseudo-knots

JAL-1641 biojson documentation with docson

JAL-1769 fixed output to jalview (.jpv) file in headless mode. Initial cause of failure: NPE while trying to save varna viewers (Desktop.destop is null in headless mode)

JAL-1805 test envirionment separation

Merge branch 'features/1769_headless-mode-test' into develop

JAL-1641 added json schema for jalview JSON model, the schema is employed for documentation but can be more usefull for validation in the future

JAL-1769 fixed headless execution mode and created test for all possible outputs

JAL-1081 unit tests added

JAL-1782 refactored test to ensure it passes in TestNG

JAL-1421 generics used for leaner safer code

JAL-1799 tweaked calculation for applet, now showing 2 not 3 seqs

JAL-1799 equivalent logic in applet

JAL-892 jnlp, installAnywhere, build, licence references updated to 3.93

Merge branch 'develop' into features/JAL-892varnaToProject

JAL-892 1 second delay for correct initial rendering; code tidy up

Merge branch 'bug/JAL-1443_loading-empty-file' into develop

JAL-1443 data validation for empty content before loading alignment from file or clipboard

JAL-1677 check all response lines when parsing REST server port

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1681 more condensed tooltip where codons share same percentage

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

house keeping

JAL-1802 explanatory comment added

JAL-1802 handle slide sequences edits in split frame mode

JAL-1799 deduct more space for decorators on Windows

JAL-1619 align the added sequences to match what they are added to

Merge branch 'features/JAL-1641_JSON-tests-and-docs' into develop

JAL-1641 round trip test/refactoring

JAL-1691 trackpad scrolling goes to full width even with short sequences

JAL-1799 adjusted annotation height calculation

JAL-1641 fixed broken functionalities after refactor

JAL-1782 BeforeMethod added to fix test in NG

Merge branch 'develop' into features/JAL-892varnaToProject

merge

JAL-1780 improvement to ensure export settings dialog is not invoked if there's noting to configure and clean ups

JAL-1794 simple file server class - configured for 8080 in current working directory

JAL-1691 avoid NPE when original split frame has been closed before the alignment completes. See JAL-1792 for enhancement on this code.

JAL-1780 JAL-653 JAL-1892 brackets in wrong place broke ‘add to file’ for splitframe/cdna/protein
also formatted file for clarity

Merge branch 'features/JAL-1370_patchshowunconserved' into develop

JAL-1790 fix: javac.source=1.7 and javac.target=1.7 variables for all javac tasks in build.xml

JAL-653 JAL-1780 JAL-1892 fix jalviewLite compilation

Merge branch 'merge/develop_JAL-1780_JAL-653_JAL-1892' into develop

JAL-1780 JAL-653 jim forgot to put the conditional action in!

JAL-1782 JAL-1780 JAL-653 JAL-1892 update patched refactored test suite with TestNG

JAL-1270 fix logic in stockholm test allowing annotation.description to be equivalent if both are null, or one or both is an empty string, or a whitespace string

JAL-653 JAL-1780 JAL-1140 added RNAML example alignment file

JAL-653 JAL-1780 dropped unnecessary refs

JAL-1780 JAL-653 Format/AppletFormat import and export pipeline regularised, uses AlignmentI where possible, and allows configuration via Alignment Panel and ExportSettings interface references

JAL-653 JAL-1780 reorder imports

JAL-892 tidy Varna panel names; JAL-1789 simplified mouseover

JAL-893 upgrade to VARNAv3-93.jar

JAL-653 JAL-1780 refactor getGroups so HTMLfile/JSONfile adopt same pattern as other parsers

JAL-1780 JAL-653 organise imports

JAL-892 check viewer is linked to alignment panel on save to XML

JAL-653 JAL-1780 minimise call rate now av.hasHiddenRows is dynamic

JAL-653 JAL-1780 dropped av.setHasHiddenRows() and made av.hasHiddenRows() dynamic rather than a maintained flag

JAL-1270 test suits import order refactor

JAL-1780 JAL-653 organise imports

JAL-1270 JUnit to TestNG refactoring

JAL-653 patch broken test code - test still not passing

JAL-653 JAL-1780 JAL-1543 javadoc and comment about further refactoring

JAL-653 JAL-1780 javadoc for FeatureRenderer prior to splitting into model and renderer concerns

JAL-1780 JAL-653 moved AlignExportSettings reference on AlignViewportI to FileParse, use AlignmentViewPanel for getting FeatureRender

JAL-1270 test added

JAL-1544 typos in comments

JAL-892 JAL-1779 save/restore Varna viewer to/from project

JAL-1695 default ENABLE_SPLIT_FRAME to true for desktop
(enableSplitFrame false for applet)

JAL-892 schema changes (rnaViewer) for save Varna to project

JAL-1781 annotation.sequenceRef now sequence id not name, incrementing
annotation ids

JAL-1784 minimise data duplication, and report out of memory errors and other kinds of parsing problems to the user

JAL-1784 refactor parse method to directly parse FileParser input reader stream.