Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Merge branch 'documentation/Release_2_11_1_Branch' into develop

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3393 Don't need PDF file using Illustrator. Replaced with SVG using Inkscape

JAL-3407 2.11.1.0 release date bump - maybe tomorrow - maybe the next day !

JAL-3407 JAL-3130 back out java 9+ syntax that breaks java 8 builds

JAL-3210 merged from develop: build.gradle and gradle.properties

JAL-3210 debug logging commented out

JAL-3210 test updated for changed signature of SequenceI.getDBRefs()

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Conflicts:
.gitignore
build.gradle
gradle.properties
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/Desktop.java
src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
src/jalview/util/MessageManager.java
test/jalview/gui/AlignmentPanelTest.java
test/jalview/gui/JvSwingUtilsTest.java
test/jalview/gui/PopupMenuTest.java
utils/eclipse/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs

JAL-3225 updated essential files for eclipse project if buildship fails

JAL-3225 updated essential files for eclipse project if buildship fails

JAL-3225 Also look for local.properties in file named ../${projectDir}_local.properties. This allows multiple instances of the same project in Eclipse by changing the eclipse_project_name propert (and other local properties)

JAL-3225 This one file needed for project if git clean -dfx run

JAL-3225 This one file needed for project if git clean -dfx run

JAL-3225 fix comparing Eclispe IDE j2s plugin and this branch j2s plugin

JAL-3225 All of .settings now gitignored. org.eclipse...prefs made by buildship or gradle eclipse. Jalview specific prefs pulled in from utils/eclipse/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs

JAL-3225 All of .settings now gitignored. org.eclipse...prefs made by buildship or gradle eclipse. Jalview specific prefs pulled in from utils/eclipse/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs

JAL-3248 Added instructions for downloading and configuring as gradle project in Eclipse only, i.e. no command line tools needed

JAL-3210 fix an undefined copyPlugin var and improved warning in Eclipse console when copying plugin

JAL-3210 Fixed Eclipse IDE usage

JAL-3210 New site-resources dir too

JAL-3210 New version of swingjs and supporting .zip libraries. Swing-JS version 3.2.9.v1e

JAL-3210 adjustment to build.gradle, gradle.properties to look for net.sf.j2s.core-j11.jar

JAL-3562 exclude testNG groups from a build via -PtestngExcludedGroups=Not-bamboo

JAL-3407 JAL-3562 release notes

JAL-3407 rejigging new features - simplify release note line for virtual features

JAL-3407 reformat releases.html

JAL-3407 JAL-3549 javadoc

JAL-3407 - release notes for JAL-3547

JAL-3549 javadoc

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3541 increase maxheapsize for test worker process

JAL-3541 tidying build.gradle, delete cloverInstrDir re-added

JAL-3305 don't propagate an empty SelectionGroup to complement view

JAL-3541 put org.gradle.jvmargs explicitly into gradle.properties

JAL-3541 merged cleanClover with develop

JAL-3541 perhaps a better clean for clover. fixed

JAL-3541 perhaps a better clean for clover

JAL-3541 rejigged clover tasks very mildly

Revert "JAL-3541 trying out previous cloverReport task"

This reverts commit dc70a1f7934471a4084c3f10e7bd630d72aa3bf3.

JAL-3541 trying out previous cloverReport task

JAL-3407 JAL-3187 help documentation for virtual features and tabbed feature settings for linked cds/protein views

JAL-3407 JAL-3549 explicitly mention the ‘no features’ dialog, and how an existing selection affects the sort alignment by feature score/density

JAL-3407 group together ‘virtual feature’ related features in release notes

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3394 updated version if install4j gradle plugin

JAL-3528 unit tests added for failed lookup, Javadoc

JAL-3407 3549 in release notes

JAL-3549 JAL-3305 no Sort By Score / Density if no features visible

JAL-3412 update layout whenever desired id width changes

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3187 unit test for findComplementFeaturesAtResidue

JAL-3394 getdown jar files had not been re-compiled

JAL-3407 added 3468 to release notes

Merge branch 'feature/JAL-3468featureDescriptionEllipsis' into develop

JAL-3468 i18n and additional unit tests

JAL-3407 release note tweaks, added 3533 3538 3534 2764 3541

Merge branch 'improvement/JAL-3543_dont_report_null_versions_in_java_console' into develop

JAL-3468 small tidy

JAL-3468 improvement to feature description truncation when <a> links in text

JAL-3468 Fixed tests and added test for max-length of feature set tooltip

JAL-3468 Obsessively fixed self-closing <br/> tags

JAL-3468 Adapted methods to report how many features have been dropped from the tooltip, and add final note to tooltip. Backward compatible methods left in.

Merge branch 'groovy/JAL-3547_conservationsequenceexport' into develop

JAL-3547 groovy script to get the conservation sequence and output it as fasta

JAL-3407 redact Java 8 incompatible '<>' with anonymous inner classes

Merge branch 'bug/JAL-3412idWidthDiscrepancy' into develop

JAL-3407 release notes for JAL-3412

JAL-3412 patch for failing test

JAL-3543 remove debugging output

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3543_dont_report_null_versions_in_java_console

Merging with develop

JAL-3543 Conditional reporting of Install4j and Getdown versions if null

Merge branch 'bug/JAL-3412idWidthDiscrepancy' into develop

JAL-3407 JAL-3296 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3296changeStartInvalidateCursor' into develop

JAL-3477 jalview.jvmmemmax / jvmmemmax maximum value documentation

Merge branch 'bug/JAL-3477_memory_max_allocation' into develop
replaced all libs with libs onbug/JAL-3477_memory_max_allocation, though these will still need to be rebuilt (but how !)

JAL-3407 release notes for  JAL-3449 JAL-3393 JAL-3420 JAL-3477 JAL-3447 JAL-3542

Merge branch 'improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2' into develop

JAL-3541 docs for enabling OpenClover coverage reports and adjustable build parameters for troubleshooting report generation.

JAL-3541 removed clover report generation debug flag (utf-8 encoding enforcement seems to have fixed parsing of jalview.gui.desktop source)

JAL-3541 configurables for clover report generation (JVM heap, JVM args, and -v or -d for debugging)

JAL-3541 track own jalview.gui.Desktop clover source parsing error

JAL-3541 2g heap for clover xml and clover html - remove verbose on xml generation (did't actually need it !)

JAL-3541 add verbose and heap setting for HTML Report Generation

JAL-3541 use javaExec to run clover tasks

Merge branch 'bug/JAL-3536getCrossrefTwice' into develop

JAL-3186 ensure transparency slider position is updated on revert

JAL-3186 avoid repainting twice in splitframe

Merge branch 'features/JAL-3187_uitweaks' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-3187_uitweaks

JAL-3187 nice to have enabling/disabling of apply/cancel when feature settings have not yet been modified for a view

JAL-3187 i18n

JAL-3187 use the recommended way of catching tab selection change events

JAL-3187 repaint complement after loading on features

JAL-3187 individual feature settings panel has revert/apply when embedded in a tab, and split frame feature settings has an OK and Cancel.

JAL-3187 i18n for titles in windows/tabs

JAL-3535 todo re titles for CDS and Protein views in the feature settings dialog pane

JAL-3187 - tabbed pane is nulled when feature settings is closed but not featureSettingsUI - check both are non-null or reconstruct