JAL-3446 from JAL-3253 Discoverers

JAL-3446 from JAL-3253 ApplicationSingletonProvider
StructureSelectionManager and others

JAL-3446 from JAL-3253 ApplicationSingletonProvider Desktop

JAL-3446 from JAL-3253 ApplicationSingletonProvider 1/many

JAL-3446 JAL-3401 from JAL-3253 HoldRepaint and SeqCanvas sizing issues.

- integrated changes from 0b573ed (gmungoc)

JAL-3446 from JAL-3253-applet Jalview2XML integration (retains
GeneLocus; switches to invokeLater)

JAL-3446 from JAL-3253-applet Desktop and Jws2Discoverer getInstance()

JAL-3446 JAL-3401 from JAL-3253-applet AlignmentPanel.holdRepaint

JAL-3446 from JAL-3253 AppletFormatAdapter not fixed

Preferences/StructureViewer fix

this was supposed to go on a separate branch. Didn't know I had to be
sure I was synchronized.

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3446 JAL-3253 JAL-3445 BSML bbb XML format reader (preliminary)

JAL-3225 some fixes to build.gradle for working in Eclipse and not always changing doc/building.html

JAL-3446 JAL-3253 Preferences

- unnecessary static initialization of StructureViewer

JAL-3446 from JAL-3253-applet StockholmFile updated to 26b115b (gmungoc)

helpful hints from Ben

JAL-3446 latest jmol zip from JAL-3253-applet (commit c28e0a1)

JAL-3446 fix broken test

Bob's gitignore addition

/build-site.xml
/buildcore.xml
/j11lib/intervalstore-v1.0.jar

JAL-3626 from JAL-3253-applet Jalview.java

adds JalviewLite interface; removes deprecated AppletContext interface

JAL-3626 from JAL-3253-applet Cache applicationProperties made private

-- adds remove/setPropertyNoSave

JAL-3626 from JAL-3253-applet Cache applicationProperties made private

-- adds remove/setPropertyNoSave

JAL-3626 from JAL-3253-applet web page embedding

JAL-3626 from JAL-3253-applet JalviewLite scrollTo capability

JAL-3626 from JAL-3253-applet CalculationChooser

-- dissociated from panel for static access by JavaScript

JAL-3626 from JAL-3253-applet StructureViewer/Chooser

-- disassociates viewer launch from chooser
-- for JavaScript interface

(sorry about JAL-3262 ref previously)

JAL-3262 from JAL-3253-applet temp. Desktop instance hack

JAL-3262 from JAL-3253-applet JalviewApp integration

JAL-3262 from JAL-3253-applet JalviewApp integration

JAL-3262 from JAL-3253-applet AppletParams + Cache.setPropertyNoSave

JAL-3262 from JAL-3253-applet ArgsParser

JAL-3262 from JAL-3253-applet Platform JS interface upgrade

JAL-3262 from JAL-3253-applet Preferences final static String upgrade

JAL-3262 from JAL-3523-applet JalviewApp and JalviewJSApi

 - removes JaliewJSLite dependence
 - removes AlignFrameI reference

JAL-3262 from JAL3253-applet core_jvjmol.z.js static load

JAL-3626 Regex optimization from JAL-3253-applet; also minor
StockholmFile for loop opt.

THIRDPARTYLIBS referred to intervalstore-v1.0 still

corrects Platform.openURL

JAL-3626 adding compatible Platform.java

SwingJS update

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

swingjs/api, javajs/async

JAL-3225 small fixes for building within Eclipse

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into Jalview-JS/develop

JAL-3626 transpiler and SwingJS upgrade

Varna fix for hashtable.remove(value) [unclear]

JAL-3636 ColorUtils cleaner test for hex color

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Gitter comment 2020.05.28 Cache.log.err(msg) not appearing

JAL-3463 avoid Thread.sleep() as not supported in SwingJS

JAL-3624 use temp file for SIFT download in JS, correct unmarshalling

JAL-3624 log when SIFTS mapping fails

JAL-3541 ensure deletion of cloverReportDir

JAL-3541 small fix for clover.xml location expected by build server plugin, and comment clarity

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1889 disable test failing on build server

Merge branch 'bug/JAL-3541_cloverReport_gradle_task_fails' into develop

JAL-3541 added a property/variable style comment to build.gradle

JAL-3624 log when SIFTS mapping fails

Merge branch 'feature/JAL-3624siftsInJS' into develop

JAL-3541 selectively merged build.gradle and gradle.properties

JAL-3626 rescue automatic configuration of JALVIEW_VERSION from the RELEASE properties file, and exclusion of ‘examples’ from the windows installer.


JAL-3621 corrected sequence feature sort and test

JAL-3624 use temp file for SIFT download in JS, correct unmarshalling

JAL-3463 avoid Thread.sleep() as not supported in SwingJS

JAL-3621 update to intervalstore v1.1

JAL-3529 test updated for revised signature of getDBRefs()

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into develop

Conflicts:
build.gradle
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/util/DBRefUtils.java
src/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.java

JAL-3613 remove debug code committed in error

JAL-3541 Fixed report path for build artifacts

JAL-3541 Added mem setting and jvmArgs for cloverReporting

JAL-3541 Individual tests now instrumented and reported.  Added cloverConsoleReport.

JAL-3541 Helpers for running tests, and other commands headlessly

JAL-3541 JavaExec tasks for cloverInstr and cloverReport. Rationalised compileClasspaths for main, clover and test.

JAL-3613 check sequence overlap when matching search results

JAL-3225 save auto formatting settings in org.eclipse.jdt.ui.prefs.  Not yet put into place, but these settings should be used

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 add GPL license to Jalview source files

JAL-3407 release notes - JAL-247 - for auto-set-ID, and revise wording for transferring virtual features in chimera

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 fix JAL-3574 - remove from known issues for 2.11.1.0

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3574 JAL-3407 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3574filterByPOS' into documentation/JAL-3407_2.11.1_release

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 add and document ComputePeptideVariants.groovy

JAL-3577 changed default RELEASE dir in build.gradle to use absolute path to help buildship when importing project for first time

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3567 JAL-3407 document sequence features report and the additional info provided for virtual features. Also bumped release date to 22st April

JAL-3210 try adding setup method to unit test failing on server...

JAL-1889 corrected wait for consensus to be calculated

JAL-3577 Added newer install dirs to the deletion list in the uninstaller and tidied the list

Merge branch 'bug/JAL-3567virtualFeatureCoordinates' into develop

JAL-367 code tidy

JAL-3567 translated rather than imputed peptide

JAL-3603 load annotation file from RELATIVE_URL in JS, small code tidies

JAL-3602 Added configuration for enforced use of UTF-8 for creating the
core js files and also in the closure-compiler.

JAL-3567 unit tests for linked feature tooltips

added .gitignore paths

I need these until I fully grasp the ways that gradle works.