JAL-2629 add non-functional HMMER menu

JAL-2616 add ability to perform random alignments within clans

JAL-2616 add placeholder sequence for HMM, does not yet align properly

JAL-2616 add ability to change location of family and hmm data

JAL-2599 add a couple of test files not included in previous commits

JAL-2616 add test class and test files for analyser

JAL-2599 .hmm parser should now accept older .hmm files

JAL-2616 add ability to sort Pfam families and HMMs into clans

JAL-2616 remove statistical analysis from AlignFrame

JAL-2599 small code improvements

JAL-2616 add documentation for probability analyser

JAL-2616 add probability distribution analyser class

JAL-2599 add ability to process RNA HMMer files

JAL-2599 complete documentation for HMM and HMMFile classes

JAL-2599 modified state transition probability storage

add partial button fix to annotation and statistics output

test HMM annotaTION

complete Information Content annotation

add information content calculations

transferred the storage position of the HMM to annotations

test HMMER colour scheme

add HMMER colour scheme

fully integrate HMMER3 file format into Jalview

create method to test HMM model as string

restructure file exporter

add tests for HMMFile class

add HMMFile class to read and write HMM files

Update HiddenMarkovModel class

Add HiddenMarkovModel class

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2418 release notes for JAL-2547, JAL-2563, JAL-1256

Merge branch 'JAL-2571' into develop

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2398 - updated groovy script for direct field modification

JAL-2418 JAL-2563 release notes

JAL-2418 typo

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-2418_release2102

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2375 fix unit test to reflect improvement

Fixed failing tests

JAL-2533 updated unit test to reflect improvement

JAL-2547 handle contact features 'around' a gap correctly

JAL-2573 Fixes for alignment < viewport width, and similarly height

JAL-2547 tooltip/AmendFeatures on gap straddled by feature, not for
adjacent feature

JAL-2571 Corrected alignment width/height checks to visible only

JAL-2570 don't zap group colour scheme when mapping over split frame

Merge branch 'bug/JAL-2034contextchange' into develop

JAL-2388 release notes

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2520 properly documented as a fixed bug in release notes

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2465,JAL-2520,JAL-2533 release notes

Merge branch 'features/JAL-2465_No-mapping_Jmol-structures-loaded-via-url' into develop

JAL-2533 update javadoc

JAL-2465 fixed groups for JmolViewerTest.testStructureLoadingViaURL

Merge branch 'bug/JAL-2536' into develop

JAL-2536 tweak javadoc wording

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2517 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2517cancelAppletColour' into develop

release notes
JAL-2550 known defect
JAL-2535 stockholm->PP annotation

JAL-2418 updated JABAWS server in what’s new

JAL-2491 JAL-2526 JAL-2566 JAL-2563 JAL-2547 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2491' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2547tooltipOnGap' into develop

Merge branch 'task/JAL-2562_SequenceI.findPosition' into develop

JAL-2563 failing test to verify SetStatus returns position and message includes the position for ambiguous peptide ‘B’.

JAL-2563 test to verify SetStatus returns -1 so mouseOver events are raised via StructureSelectionManager (JAL-2491, expected fixed by JAL-2547)

Merge branch 'task/JAL-2562_SequenceI.findPosition' into develop

JAL-2547 JAL-2562 rejig SetStatusMessage return value test for legibility and maximum assert coverage before JAL-2526 causes failure

Merge branch 'task/JAL-2562_SequenceI.findPosition' into develop

JAL-2526 test and documentation for SeqPanel.setStatus behaviour  needed to fix bug noted on JAL-2491 where mouseover at gap highlights position for sequence to right of gap in complementary view.

JAL-2562 javadoc TODO

JAL-2491 Missed port to applet from JAL-1691

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2418 updated JPred documentation and screenshot for JPred4

JAL-2418 JAL-2549 JABAWS 2.2 release notes

Merge branch 'features/JAL-2549_updateJABAWSto220' into develop

JAL-2465 Improvement to re-instate storing recently opened URLs for alignments loaded from a structure format via URL

JAL-2465 fix to prevent files loaded from the system's temporary directory from being included in recently opend files store

JAl-2034 Ported to applet

JAL-2034 don't update overview after click without drag on group

Merge branch 'bug/JAL-2551' into bug/JAL-2034contextchange

JAL-2551 Fix to group colouring when group extent is reduced

JAL-2034 Added isDefined flag to SequenceGroup

JAL-2549 RNAAliFold result to annotation file roundtrip test fails test due to JAL-2550 - Upper/lower case alphabet recognised as WUSS RNA annotation

JAL-2549 skip ‘Unrecognised Service’ which resolves to a null entry in the get supported services list

JAL-2549 replace JABAWS 2.1 with 2.2 client and remove JPredWS client and tests

JAL-2547 don't show features in tooltip over a gap

JAL-2504 update the right feature colour when creating a new feature

JAL-2544 unit tests for sort by feature score

JAL-2544 check feature overlaps selection region

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2256' into develop

JAL-2418 patch build - broken htsjdk import

JAL-2526 removed redundant call to Sequence.findPosition()

Merge branch 'bug/JAL-2388_typeCheckAlignView.getUpdatedView' into develop

JAL-2388 return empty hidden columns for fully visible alignment view

JAL-2256 Corrected AllCols/Rows iterator behaviour for single element

JAL-2418 remove explicit test suite stats

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-2418_release2102