Merge branch 'develop' into efficiency/JAL-2034_JAL-1421

Merge branch 'feature/JAL-2050_intronhidden' into develop

JAL-2050 JAL-1722 new getSelectedRange() method to quickly hide selected columns

JAL-2053 fix erratic hidden column marker display

JAL-2053 JAL-1551 javadoc and simpler code

JAL-1722 fix: don’t draw visible regions outside viewport view

merge

JAL-2047 JAL-1919 fixed empty tooltip text when a cell in PDB Search and Structure Chooser interface has empty text and trapped other minor exceptions

JAL-1960 updated test to capture new behaviour improvement

Merge branch 'optimisation/JAL-2001' into develop

JAL-2001 drop isSelected(int) in favour of original ‘contains(int)’ method

JAL-2001 catch -ve column values
(fixes failing test jalview.util.MappingUtilsTest.testMapColumnSelection)

JAL-2001 TODO for new ColumnSelection API

JAL-1551 formatting

JAL-2001 - note about possible side effect on JalviewLite.selectIn due to refactored columnSelection - maybe need a test here

JAL-2010 refactoring todo

JAL-2001 use fast column selection test

JAL-969 refactor columnselection operation (during JAL-2001)

JAL-2001 faster check for a column being selected
TODO: consider deprecate Integer variant ?

JAL-2001 javadoc

JAL-2001 faster getMax/getMin selected column, with tests

JAL-2001 JAL-1722 - store selection as ArrayList and BitSet for fast addition of very large numbers of columns - all tests pass but needs verification

Merge branch 'features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport' into develop

JAL-1705 ensure the right mapping is used to align CDS to cDNA

JAL-2048 Update to structureviz2 package from cytoscape

Merge branch 'develop' into features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

JAL-2046 fix for broken test for deriveSequence

JAL-1705 reworked AlignmentUtils.makeCdsAlignment and associated code

JAL-653 updated test to match parsing of multi-valued GFF attribute

JAL-1705 tweak to MapList.toString for debugging

JAL-1705 generalised getLength() to handle [start1, end1, start2,
end2..]

JAL-1705 test updated for canonicalised UNIPROT sequence name

JAL-1705 include stop codon in mapped CDS range so it is included in the
generated CDS sequence

JAL-2037 set DBRefEntry.version to "0" not "" in EMBL xrefs

JAL-1705 fetch all Ensembl xrefs (except GO terms)

JAL-2045 JAL-2047 improvement for sorting PDB quality measure numerically, and improvment to make PDB Search and Structure Chooser table column rendering smarter

JAL-2035 improvement to add binding to multiple model

JAL-1668 further clean-up of popup menu and NPE check while transfering ResNum features in PDBChain

JAL-2038 bug fix for NPE while setting progress message during d'n'd PDB files association

merge

JAL-1919 Fixed broken test in DBRefUtilsTest

JAL-1668 removed redundant UI elements in PopupMenu class associated with the old structure selection mechanism

JAL-1705 Javadoc / debug output tweaks

JAL-2016 push getFeatureColourScheme(source) into SequenceFetcher

JAL-2036 update AlignFrame menus when dbreffetcher is complete

JAL-2035 improvement to bind Jalview to Chimera model when opening an mmCIF file

JAL-2034 JAL-1421 use ArrayLists, and make ‘selection’ group an ScGroup

JAL-2034 notes on efficiency

JAL-2034 break out of redraw loop early if another update has already been requested

JAL-2034 disable overview updates when extent of a transient selection group is changed

JAL-2034 make Escape/select/deselect operations not trigger an overview repaint (which will also disable updates to structure views)

Note: this needs to be done systematically, and ideally decided by current editing state of the alignmentPanel

JAL-2034 make colour scheme update optional when group conservation is calculated, and pass back a ‘change’ flag

JAL-1551

JAL-2034 flag for triggering redraw of overview window for a view

JAL-1919 Settings to disable duplicate generation of sequence features via reflection

JAL-1479 Commented out debug sysout's for SiftsClient

JAL-1919 Added ability to generate temprature factor annotation via JmolParser

merge

fixed applet build

JAL-1705 removed experimental 'highlight selection on structure'

JAL-2032 structure follow mouseover in a copy of a mapped sequence

JAL-1919 set DEFUALT_STRUCTURE_FORMAT to PDB

merge

JAL-2009 added programmatic custom feature setting to show insertion position for PDB sequences fetched via SequenceFetcher, Paste and File (url, drag'n'drop, File dialog)

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1705 add DBRefEntry for 'self' to retrieved transcripts so they are
not reported as failed when fetching a gene

JAL-1997 default empty tooltip required for correct behaviour

resolve conflict with Mungo's merge

JAL-1919 code improvement to make PDB sequence fetcher file format configurable. Also fixed issue preventing viewing large structures

Merge branch 'features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport' into develop

JAL-1705 add xref seqs to 'parent' dataset only if same type (nuc/prot)

JAL-1191 isolated SequenceOntology (BioJava wrapper) to /ext/so folder

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1919 refactor moved StructureViewerSettings

Merge branch 'features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport' into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2029 further fixes to get correct xrefs and xrefs on xrefs...

merged features/JAL-1919_mmCIF-Support to develop

develop merge

Merge branch 'develop' into features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

JAL-1855 dbfetch from /ena_sequence/, /ena_coding/

JAL-2029 many-to-many EnsemblCDS-to-Uniprot mappings

JAL-2028 added improvement for preconfigured ordering of custom display options

develop merge

merge

mungo merge

develop merge

JAL-1667 Changed PDBSearchPanel's search result layout to CardLayout to provide a better resize behaviour

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1705 xref ENST to correct (ENSP) accession id

JAL-2028 improvment to the displayed column customisation

Merge branch 'develop' into features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

JAL-2016 corrected Javadoc, added test for anonymous instance

JAL-2016 FeatureSettingsI now FeatureSettingsModelI

JAL-1705 code tidy/comment only

JAL-1705 compute reverse complement of variants on reverse strand

JAL-1919 refined structure view annotation settings to work for both PDB and mmCIF

JAL-1478 Fixed ArrayIndexOutOfBoundsException while performing NW mapping

merge

JAL-2026 Bug fix for best quality filter