(JAL-961) methods for checking calculation status

(JAL-961) more calculation annotation and result object getters

(JAL-967) ensure annotation panel is rendered with current scroll offset

Refactored alignment viewport to use common base, extended viewport API with getters for calculation manager and calc parameters, and refactored conservation to use AlignWorker interface.

new base class to hold core visualization settings for a jalview alignment view

todo

static convenience methods for constructing and calculating conservation

use List rather than Vector

extend alignPanel api with OOMHandler call to raise OOM events appropriately in GUI

remove unnecessary import

Introduced new AlignCalcWorker/manager interface.

Merge branch 'Release_2_7_Branch_hotfix_JAL-962' into develop

(JAL-965) new api methods to allow features to be loaded without automatically enabling feature display.

(JAL-962) rejig parameter processing order so groups are hidden/shown before features are loaded on to alignment.

(JAL-962) allow group visibility to be specified before features in those groups are loaded on to the alignment. TODO re JAL-964

(JAL-963) jalviewLite RNA alignment example (reusing Paul Gardner's example file)

Merge branch 'logo_feature_JAL-958' into develop

backout parts of the interface from another development branch

Merge branch 'logo_feature_JAL-958' into develop

(Jalview 3) refactored Graphics2D annotation rendering to package shared by applet and application

Merge branch 'logo_feature_JAL-958' into develop

(ahem) new renderer package containing api and rendering code

Merge branch 'logo_feature_JAL-958' into develop

(JAL-958) documented normalised sequence logo parameter
(JAL-826) documented introduction of WUSS annotation vis'n

(JAL-958) - normalised sequence logo for applet
(JAL-826) - RNA stem annotation visualization for applet
(Jalview 3) refactored Graphics2D annotation rendering to package shared by applet and application

normalised logo rendering (JAL-958)

(JAL-957) change splash screen and about to HTML text, and author list now stored in resources/authors.props

update author list in license for (JAL-826)

merge Jan and Lauren's RNA GUI changes into develop (JAL-826)

Merge remote-tracking branch 'remotes/origin/2_5_1_rna_merge' into develop (JAL-826)

Conflicts:
.classpath
help/html/menus/alignmentMenu.html
help/html/whatsNew.html
src/jalview/gui/PopupMenu.java

Merge branch 'Release_2_7_Branch'

redact previous commit - fileassociation tag not allowed in jnlp file. Will add an xslt task later on to add in fileassocs

removed unnecessary parameters and changed alignment upload to use file upload parameter (JAL-949)

compile swingreader component for java 1.5 (JAL-948)

Merge branch 'Release_2_7_Branch'

jnlps with and without file associations for default,1G and 2G memory.

broken link. rearranged opening pg

typo

switch to git release building

patch name, reference and URL for Multi-Harmony : JAL-724

ensure server errors return a URL and response document (JAL-715,JAL-724)

use jalview properties preference to enable RSBS editor JAL-715

same overzeaolous logic (JAL-915)

start of Release 2.7

JAL-944 - replaced stale PFAM links for 2.7 release. others will require more work

backout overzealous logic disabling feature links in original JAL-915 patch

NPE fix

apply version 2.7 copyright

exclude build artefacts from repository

updated documentation table of contents, menus and whats new for 2.7

documentation for news reader (JAL-943)

tweak installer with IA2010 - fixes installerObjects count to ensure new libs included

fix jar dependency in InstallAnywhere

tidying classpath and fixing InstallAnywhere build

tweaked dialog layout. should consider refactoring

add new dependencies for 2.7 release

make news window a modal dialog on the jalview desktop (JAL-943)

avoid deprecation and ensure dialog close event is passed to client

organise imports

more focus fixing (JAL-943)

fix logic to ensure first check for news is correct and records last modified for next check (JAL-943)

try even harder to get focus - for benefit of windows 7 (JAL-943)

ensure blog window gets put to front after dialogs close (JAL-943)

debugged example file again - old version had view update problems

refactor and remove excess imports (JAL-943)

jalview rss reader based on jswingreader (JAL-943)

help documentation for Jalview 2.7

JAL-747 - made warning message friendlier and more informative

fix for JAL-895 - new exampleFile_2_7.jar and logic to upgrade stale default startup entries so the faulty file is never loaded again.

numerically ataxic comments.

JAL-574 added option to enable/disable 'follow selection' function but commenting out for 2.7 release

JAL-940 - removed legacy service options from preferences and noted deprecation in .jalview_properties

JAL-468 typo and label length in dialog

patch for JAL-935 - warning messages raised when alignment and tree leaves are not proper subsets of either.

JAL-468 JAL-936 sort alignment by tree and autosort for new tree

tweak english

documentation for new preferences (JAL-234 and web services from 2.6.x)

documentation for JAL-234

JAL-860 fixed grammar for one structure vs many structures associated with selection

JAL-854 tweaked menu layout so services appear before the fetch DB refs submenu

typo

JAL-234 - default button to reset min/max colours and debugged dialog layout

JAL-934 - refactor to use label font functions
JAL-234 - default button to reset min/max colours and debugged dialog layout

JAL-934 - refactor to use label font functions

JAL-934 - standard label font functions

JAL-931 (related) - utility to split an alignment database in stockholm format into individual alignment files

JAL-931 - groovy test harness code.

test data for JAL-701

patch for NPE (not clear if NPE is evidence of deeper bug in feature renderer state)

JAL-766 JAL-733 - new alignment->jmol associations are automatically used to colour structure

JAL-766 JAL-733 - new alignment->jmol associations are automatically used to colour structure

fix for JAL-930

JAL-766 JAL-733 - new alignment->jmol associations are automatically used to colour structure

JAL-927 ensure api method calls that affect GUI state or spawn javascript callbacks are executed on the AWT worker thread

note about ensuring callers of loadAlignment(..) save the new alignment
windows reference so they can use it in other calls to the API.

removed old VARNA library

patch for JAL-731

patch for JAL-729 - NPE avoided and cut and paste import pane is opened

JAL-915 - ensured that exceptions are not raised in applet or application, and that sequence ID popup menu includes the 'reveal all' item to show all sequences again.

fix for JAL-917 - ensure all sequence strings are made uppercase before alignment