JAL-969 - refactor initialisation of automatic annotation rows to base class

JAL-885 more efficient calculation and robust for mismatch between WUSS and alignment data

(JAL-885 JAL-580) ignore invalid RNA structure lines

JAL-902 structure conservation row for applet

(JAL-970) interactive editing of RNA helix annotation in applet

(JAL-966) efficiency

(JAL-889) ensure annotation row is revalidated after an edit occurs

(JAL-885,JAL-580) structure consensus should only be calculated for valid RNA structure annotation

(JAL-889) ensure latest version of RNA pairlist is used to generate helical colouring

JAL-580 - display position where wuss parsing error occured

JAL-580 ensure WUSS annotation string is up to date, pair list regenerated if necessary and cope with parse errors

use stack rather than vector and throw parse exceptions

JAL-580 ensure WUSS annotation is reparsed if necessary and cope with parse errors

NPE exception if annotation manually edited

extend API

refactor to use model API

(JAL-963) refactor RNA helix helper class to schemes

Merge branch 'refactor_aligcalcs' into develop

(JAL-969) efficiency

(JAL-969) fix logic bug introduced during refactoring

(JAL-969) removed TODOs

renamed menu entry to avoid field name clash

(JAL-969) todo test re refactoring and possible change in semantics

(JAL-969) refactored alignmentViewport base class to own package and pulled up most base attributes for a jalview alignment viewport

(JAL-961) refactored consensus and rna structure consensus workers from alignViewport(s)

(JAL-961) use simplified notification logic to test if calculation can start

(JAL-961) methods for checking calculation status

(JAL-961) more calculation annotation and result object getters

(JAL-967) ensure annotation panel is rendered with current scroll offset

Refactored alignment viewport to use common base, extended viewport API with getters for calculation manager and calc parameters, and refactored conservation to use AlignWorker interface.

new base class to hold core visualization settings for a jalview alignment view

todo

static convenience methods for constructing and calculating conservation

use List rather than Vector

extend alignPanel api with OOMHandler call to raise OOM events appropriately in GUI

remove unnecessary import

Introduced new AlignCalcWorker/manager interface.

Merge branch 'Release_2_7_Branch_hotfix_JAL-962' into develop

(JAL-965) new api methods to allow features to be loaded without automatically enabling feature display.

(JAL-962) rejig parameter processing order so groups are hidden/shown before features are loaded on to alignment.

(JAL-962) allow group visibility to be specified before features in those groups are loaded on to the alignment. TODO re JAL-964

(JAL-963) jalviewLite RNA alignment example (reusing Paul Gardner's example file)

Merge branch 'logo_feature_JAL-958' into develop

backout parts of the interface from another development branch

Merge branch 'logo_feature_JAL-958' into develop

(Jalview 3) refactored Graphics2D annotation rendering to package shared by applet and application

Merge branch 'logo_feature_JAL-958' into develop

(ahem) new renderer package containing api and rendering code

Merge branch 'logo_feature_JAL-958' into develop

(JAL-958) documented normalised sequence logo parameter
(JAL-826) documented introduction of WUSS annotation vis'n

(JAL-958) - normalised sequence logo for applet
(JAL-826) - RNA stem annotation visualization for applet
(Jalview 3) refactored Graphics2D annotation rendering to package shared by applet and application

normalised logo rendering (JAL-958)

(JAL-957) change splash screen and about to HTML text, and author list now stored in resources/authors.props

update author list in license for (JAL-826)

merge Jan and Lauren's RNA GUI changes into develop (JAL-826)

Merge remote-tracking branch 'remotes/origin/2_5_1_rna_merge' into develop (JAL-826)

Conflicts:
.classpath
help/html/menus/alignmentMenu.html
help/html/whatsNew.html
src/jalview/gui/PopupMenu.java

Merge branch 'Release_2_7_Branch'

redact previous commit - fileassociation tag not allowed in jnlp file. Will add an xslt task later on to add in fileassocs

removed unnecessary parameters and changed alignment upload to use file upload parameter (JAL-949)

compile swingreader component for java 1.5 (JAL-948)

Merge branch 'Release_2_7_Branch'

jnlps with and without file associations for default,1G and 2G memory.

broken link. rearranged opening pg

typo

switch to git release building

patch name, reference and URL for Multi-Harmony : JAL-724

ensure server errors return a URL and response document (JAL-715,JAL-724)

use jalview properties preference to enable RSBS editor JAL-715

same overzeaolous logic (JAL-915)

start of Release 2.7

JAL-944 - replaced stale PFAM links for 2.7 release. others will require more work

backout overzealous logic disabling feature links in original JAL-915 patch

NPE fix

apply version 2.7 copyright

exclude build artefacts from repository

updated documentation table of contents, menus and whats new for 2.7

documentation for news reader (JAL-943)

tweak installer with IA2010 - fixes installerObjects count to ensure new libs included

fix jar dependency in InstallAnywhere

tidying classpath and fixing InstallAnywhere build

tweaked dialog layout. should consider refactoring

add new dependencies for 2.7 release

make news window a modal dialog on the jalview desktop (JAL-943)

avoid deprecation and ensure dialog close event is passed to client

organise imports

more focus fixing (JAL-943)

fix logic to ensure first check for news is correct and records last modified for next check (JAL-943)

try even harder to get focus - for benefit of windows 7 (JAL-943)

ensure blog window gets put to front after dialogs close (JAL-943)

debugged example file again - old version had view update problems

refactor and remove excess imports (JAL-943)

jalview rss reader based on jswingreader (JAL-943)

help documentation for Jalview 2.7

JAL-747 - made warning message friendlier and more informative

fix for JAL-895 - new exampleFile_2_7.jar and logic to upgrade stale default startup entries so the faulty file is never loaded again.

numerically ataxic comments.

JAL-574 added option to enable/disable 'follow selection' function but commenting out for 2.7 release

JAL-940 - removed legacy service options from preferences and noted deprecation in .jalview_properties

JAL-468 typo and label length in dialog

patch for JAL-935 - warning messages raised when alignment and tree leaves are not proper subsets of either.