bugfix

mapping bug fixes

basic idea for recognising that a feature is a coding region.

bugfixes, partially working code for translation using existing translation associated with aligned sequences

comments for future viz/detection of internal sequence nodes.

updated to iscb demo vamsas-client version

refactored form of vamsas document interaction code

methods for traversing database reference space

new search method for finding references like other references.

bugfix and comments

moved to castor-1.1-cycle - a specially patched version of castor relating to jira bugs : jira.codehaus.org/browse/CASTOR-2027 http://jira.codehaus.org/browse/CASTOR-2012 http://jira.codehaus.org/browse/CASTOR-2011

ensure lines are drawn from first alignment column.

1.1 methods

vamsas-client-1.2 schema (mappings and Treenodes) and begun refactoring object binding code

vamsas mouseOvers

enable mouseover between DNA coding regions and translated peptide location

enable mouseover between DNA coding regions and translated peptide location and broadcast to vamsas session.

fix aligned DNA codon translation bug(s) and generate AlignedCodonFrame mappings for each translated sequence

recovery of identical dataset sequence object on undo (rather than creation of a new ds sequence with re-inserted residues)

AlignedCodonFrame holds mapping information between individual cDNA regions on dna and translated peptide sequences

fix modeller generated PDB file reading bug (missing HEADER line with PDB code)

JnetFIle is a readable format

score only annotation IO

mouseOver highlighting and broadcasting efficiency

thread safety during repaint

null pointer exception fix

searchresult highlighting on common dataset or specific sequenceI residue range

correct construction of new dataset sequence when residues are deleted

javadoc

fix for 'RF' annotation tags and ensured parser is robust to new/unknown two letter annotation tag codes.

prototype DBRef and Feature Type semantics (for annotating coding regions and distinguishing between DNA and peptide sequence databases)

moved castor-mapping.xsd to schemas

jalview source development documentation

fix compact annotation array routine

castor mapping file schema (for mappings in resources dir) - this is put in for development documentation purposes.

mapping file change for castor-1.1 upgrade

castor mapping unmarshalling logging

loglevel property constants and castor validation logger config

castor-1.1 classes (descriptors moved to subpackage)

castor-1.1 compatible classes from ant task

jalview 2.0 XML schema versions for backwards compatibility in future castor upgrades

New file for /homes/www-jalview

fixed jalview 2.3 bug where gapped aligned codons were always translated as inserted residues rather than aligned with eachother

1.4 version of vamsas-client

refactored document objects and bugfix on jvdataset-vamsasdataset binding

DONT SET PICKING LABEL

vamsas svn 14.55 May 21

fixed getObject(VorbaId) lookup in vamsas-client

2.3

update to and from document (and remove deprecated classes)

removed uneccessary vamsasLoad commented out.

refining - still debugging.

updated source generator properties for castor-1.1

use of proper vamsas client API by Jalview

modified castor-1.1 library and refactored uk.ac.vamsas

visible

SequenceListener highlights SearchResults, not just a single sequence

Invert mouse drag controls

apparent bug in JpredFile parser where annotation was not being removed from alignment profile when reading in a concise file as an alignment.

Airbrush out Uniprot

ensure that only annotation referenced in given alignment is duplicated on returned sequence selection set

documentation

bugfix on copy only referenced annotation in copy constructor

fixed array index out of bounds when not removing alignment annotation

visibility setting

Keep record of last tooltip

Visible state of annotation

Add show all hidden menu

Dont duplicate annotations in multiple views

save visible state of annotation

main method for running from command line and better binary file/archive detection

reword jmol state storage

image size

minor formatting of tooltip

new binary image

9th may

removed cdna coding region 'new feature'

embl mapping and das feature retrieval

optimise order

multiple view pdb view association

formatting and wording

grammar, clarity and typos

typo

formatting

page setup entry

dialog box menu item naming

correct menu entry names and typos

PID distance measure and finishing sentence.

sort by score

rightalign and italic ids docs

added jmol documentation

check for null annotations

set picking label

state jmol 11.0.2

More issues resolved

instant update when seq colour is pressed

must specify .CA

remove system.out

small sphere for alpha carbon

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