Fix load 1 col hidden bug

Invert col sel with hidden cols bug fixed

new and corrected docs for 2.2 release

Dont make groups of hidden sequences

If alignment is closed, then undo performed in visible window

If alignment is closed, then undo performed in visible window

If alignment is closed, then undo performed in visible window

Transparency......

If alignment is closed, then undo performed in visible window

defaultConnectTimeout and NO REPONSE message

Settooltips null

Associate PCA with multiple views

REmove component when frame is closed

set icon false if raising windows

Register TreePanel with paintrefresher

TreePanel added to PaintRefresher, not TreeCanvas

Dynamically build tree sort menu when sort menu is selected

sort menuListener

menus renamed

Associate trees with views

Renaming viewNames

View name

frameListener must call close if AlignFrame

applet has multiple views

Seq may be null if hide has occurred

corrected subtree colour dialogbox title

Copy to this implemented

Get alignPanel from treeCanvas

remove unnesccessary lines

Set start seq and end seq correctly

Add more keys

Change case new implementation

fix unselectable tree leaf nodes when node mapping changes after aligmment update (and some null object exceptions from property update)

Transparency available again

Right align print and images

Undo cut from end of alignment, padding on

preferredSize for spinners

rightAlignIds

Colour may have been updated in another view

Checks on features displayed

Close associated windows

RightAlign ids from prefs

expanded views, j2xml use setinitialtabvisible, close all frames from jar file

F1 accelerator

Align boxes

Memory check on loading file

Set fsettings in constuctor

Highlight feature to edit

JOptionPanes launched in new thread

Panels replace colour buttons

Use textColourChooser

New file, as its used in popup and alignframe previuously

Colour is a panel, not button

Colour is a panel, not button

foreground changes

Cancel DAS fetching

Reset DAS registry

Look for pairwiseAlignpanel

works on focused viewport

expand and gather

Right align as pref

Mouse wheel to zoom

Expand and gather added

Cancel added

warning message changed

currentAlignFrame is public

check cursor is visible for hidden cols

look for current alignframe to search

embeddedMenus

Memory check on PDB file

use Shift for paste to new window

Must copy old dbrefs

Must be able to find originating alignment modified

dont adjust aligments if they're the same size

Add remove seq from multiple views, must fire alignmentChange from originating source

Check if groupWidth is greater than sequence width

IdMask must be Max seq end, not seq width

right align ids

RIght align seq ids

minimize and raise associated windows

Close all added

select menu

Paintrefresh alignpanel

set seqColours null

recalc cons for group size change

Commands, history, consensus, refresh updated

Paste uses alt rather than shift

Single seq Blc file detection

we already have c defined

REload from URL

Enable lower case colours

Dont readd identical DBRef

Use j not i

Fasta files with * read not identified as BLC

Querystring made from line tokenized seq name, seq refs held with what was sent to uniprot

Colours in viewport

Text colour adapter

sequence colours and text colours added

colours in viewport

Save text colours