JAL-2189 what’s new - ensembl, new structure stuff, reference seqs

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2175 JAL-2170 fix sense for assertEquals

JAL-2118 reorder annotations after add/delete/hide/change name

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2172 test and code updates for readonly selection list

merge

JAL-1353 small tidy of test

JAL-1270 use test properties file

JAL-1795 JAL-2206 prevent NPE when no data returned from Ensembl fetch

JAL-2189 clear out old what’s new and add ensembl and uniprot

JAL-2189 JAL-1705 JAL-1795 ensembl fetching docs

JAL-2089 tidied docs for sequence fetcher


JAL-2089 release notes

JAL-2089 zero day for 2.10 - 20th Sep 2016

Merge branch 'patch/JAL-2164_updatesRESNUMtests' into develop

JAL-2157 JAL-1803 refactored Sequence.updatePDBIds, parse DBRefs with
chain appended

JAL-2164 update asserts for padded residue numbers in RESNUM tests

JAL-2183 don't open two free text panels; give input field focus

JAL-2183 avoid duplicate closeDialog()

JAL-2164 removed unused parameters from JmolParser constructor

JAL-1270 JAL-1919 ensure Temp Factor is OFF for test to pass

JAL-2164 create RESNUM features with padding the same as for pre 2.10 features

JAL-2168 simpler help text re -nonews

JAL-2164 JAL-1919 disabled PDB file parser configuration option

JAL-2119 keeping gmungoc happy by not running linkcheck on every eclipse build of Jalview

Revert "JAL-2164 JAL-1919 disabled and removed PDB file parser configuration option, JmolParser is now the sole parser for parsing PDB and mmCIF format files."

This reverts commit 13bc8a3fb89b083922d9fa9dad5050e6aaa1f661.

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1803 tests added for PDBEntry.Type

JAL-2164 JAL-1919 disabled and removed PDB file parser configuration option, JmolParser is now the sole parser for parsing PDB and mmCIF format files.

JAL-1803 extracted class ChainId to jalview.util.CaseInsensitiveString,
tightened equals(), hashcode(), tests

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2195 bug fix to enable restoring jmol session save on Windows on OSX

JAL-2119 use File.separator not "/"

Merge branch 'patch/JAL-2068_JAL-2169_multiviewannotworker' into develop

JAL-2119 case-sensitive href filename checking

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

merge

JAL-2119 links must match case on Linux systems

JAL-2119 pass/resolve real help dir in link checker

JAL-2164 renamed 'DEFAULT_STRUCTURE_FORMAT' property to 'PDB_DOWNLOAD_FORMAT'

Merge branch 'feature/JAL-2119_helplinkchecker' into develop

JAL-1551 formatting

JAL-2119 build fails if invalid links are present

JAL-2119 non-zero exit if any invalid links

JAL-2119 count and report total invalid anchor links

JAL-2089 JAL-2119 help link fixups

JAL-2119 linkcheck target. runs before build indices

Merge branch 'bug/JAL-1803_JAL-2157' into develop

JAL-1670 groundhog day: fix FeaturesFileTest by redacting last commit:53dd28432308dda9cc73d6887bcd43fcfe17907d

Merge branch 'bug/JAL-1803_JAL-2157' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1803_JAL-2157

JAL-2192 TODO

JAL-2191 comments re chimera view code redundancy and JAL-1803

JAL-282 TODO - Sequence name from PDB had redundant info

JAL-1803 transfer mapped chain’s PDBEntry to the *dataset* SequenceI it was mapped to

JAL-1803 JAL-1919 set type when structure file is parsed

JAL-1803 first pass at updatePDBEntry
* merge PDBEntry if same ID, existing is null or identical filename, and chaincode is unspecified or identical to new one.
* merge propagates type, chainCode, filename, and all properties to parent.

Note TODOs: we don’t recognise and merge 1QIPA onto 1QIP (yet)

JAL-1803 switched so ‘expected’ is constant in assert

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2164 fix failing test

JAL-2106 DBRefEntry.isPrimary() renamed isPrimaryCandidate()

JAL-2147 additional test coverage for findMappingsForSequenceAndOthers

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-1563 UniProt FTS doc revisions

JAL-2089 reworked and formatted doc for
JAL-1479 - SIFTS

JAL-2089 reworked and formatted doc for
JAL-1666 PDB search interface and ‘3D structure…’ viewing option
JAL-1919 mmcif

JAL-2089 update Uniprot to UniProt in help docs.

JAL-2089 drop MCView documentation from contents.

JAL-2154 made Java 7 compatible

JAL-2106 increased coverage for testGetPrimaryDbRefs

JAL-1919 revised mmCIF documentation

JAL-2089 bump release date for 2.10

JAL-2106 corrections to DBRefEntry.isPrimary code and tests

JAL-1919 preserve filename on restore of project so Chimera recognises mmCIF files from .cif suffix

JAL-1803 JAL-2106 patch tests for tighter PDB Primary DBRef definition

JAL-2148 JAL-1803 JAL-1919 resolve type for mmCIF loaded from local file system

JAL-1803 recover type field faithfully for mmCIF/PDB file type info

JAL-1803 restore property array for a sequence’s associated PDBEntry from project.

JAL-1803 chainCode moved onto property hashtable as chain_code

JAL-1803 patch test: PDBEntry.getFile() will always be different, but never null

JAL-1854 distinct messages for TODO/FIXME and DOCUMENT ME

Merge branch 'bug/JAL-2034_fix' into develop

JAL-2077 don't mess with the look and feel

JAL-2077 less drastic exit on close

JAL-2034 - remember to reset needsOverviewUpdate at beginning of new select/drag event

JAL-2077 test harness for inspecting mouse events

JAL-2077 check isPopupTrigger in mouseReleased not mouseClicked
(Windows)

JAL-1421 add generics to NJTree, refactor recursive search

JAL-2034 check context of selection group to catch case when selection was added/removed from alignment without deselection/reselection

JAL-1854 rule to disallow import of swing in appletgui

JAL-2077 do nothing in mousePressed if right button down (on Windows)

JAL-2077 force defer right-click handling to mouseReleased on Windows

JAL-1803 JAL-2188 experimental:
Don’t go looking for new cross-references if we already have a mapping between a PDBEntry and a sequence - speeds up viewing already downloaded structure data.

JAL-1926 JAL-2106 source DB refs come from SequenceI.getPrimaryDBRefs()

JAL-1926 JAL-2106 resolve source DB refs using canonical dbsource match

JAL-1926 JAL-2106 fix PDB primary DBRef semantics: must have a matching PDBEntry with non-null File. type field doesn’t matter

JAL-2077 test isPopupTrigger in mouseReleased or mouseClicked (for
Windows) as well as mousePressed (Mac)

JAL-2077 more javadoc