javadoc, and unimplemented warning for group associated annotation (not shared to vamsas session in 2.5)

unnecessary code

javadoc

Extend XML model for graduated feature colours, group associated manual/auto annotation, consensus profile/histograms, annotation label formatting, viewport highlight follow/select message receive settings. Fix group+ucs recovery bug #0061271

extend XML model for graduated feature colours, group associated manual/auto annotation, consensus profile/histograms, annotation label formatting, viewport highlight follow/select message receive settings

document XML extension

javadoc

made threshold type enumaration into set of constants

load and save graduated feature colours in XML

extended Colour element with additional optional attributes for graduated colour

indicate the database id source associated with the sequences being submitted.

cli length limit

urllength limit and more efficient url construction

avoid occasional null exception

better truncation mechanism

prevent duplicate service submission links

reinstate submission of database Ids as well as sequence Id strings.

refactored copy of groupURL mechanism into new Envision service discovery class.

say which url was a problem when exceptions are raised.

new interface

todo

group autoannotation and consensus display, annotation label scale to width, etc.

documenting histogram colour spec

group autoannotation and consensus display settings

bugfix for redraw when AlignPanel partially constructed. group autoannotation and consensus display settings

name update for group autoannotation and consensus display settings

sync for cvs wierdness

sync for cvs wierdness

FeatureColourI removed

gui/debug: integrate graduated feature colour editor into amend feature and feature settings dialog box.

group autocalc annotation update logic (still broken)

console output to stderr and stdout, and console buffer stays constant size (needs optimising)

profiles only shown for consensus row

fix logic for annotation label popup (still outstanding todo)

enable feature display when feature settings is opened.

comments

todo for graduated feature colours

commented out for release

indicate which registry timed out.

more efficient group URL generation.

only do scaletofit for annotation labels

ensure that all bits of annotation panel (slider, annotation labels) get updated

note to callers of adjustPanelHeight

todo and sensible default setting of min/max for histograms and line graphs to include 0

See note in Mantis bug #55537 : inconsistency between loading in exported histogram annotation and annotation row type dependent parsing of the column annotation fields.

disabled simple blast parser for 2.4.1 release

simple query anchored blast report parser (shh!)
main method tester: also tries to output imported alignment as FASTA

simple query anchored blast report parser (shh!)

1.1 compatibility

finer column label format control and new 'scale label to column' format for annotation rows.

documented new ROWPROPERTIES keyword.

warning for unresolvable database source strings (or ones which apparently have no cross references)

feature settings type popup menu

group links menu documentation

finer column label format control and new 'scale label to column' format for annotation rows.

new ROWPROPERTIES statement for setting an individual row's label format

pass any warning messages to StdErr - also todo to allow caller to check for any output warnings.

raise a warning if column annotation gets truncated.

individual label format settings for each annotation row. Removed excess term in conditional.

todos re adding groupUrl menu item code

das feature fetch followed by png output fixed (bug #0059977). Trial of utf8 decoding of command line arguments to fix applet-application parameter transfer problems.

only need to remove progress bar if fetch wasn't cancelled (bug #0059977)

commented out enfin/envision2 sequence submission URL - mechanism is not yet efficient

allow das fetch to be blocking or non-blocking (bug #0059977)

progress bar hashtable entry was not being removed (bug #0059977)

groupURL link prototype

groupURL link preference variables

todo

token replacement engine for generation of urls for a group of sequences

qsort objects on integers

quick fix for very broken checkin - see Mantis bug #55537

todo for bug #0058199

more rigorous annotation row content check to limit fields output in annotation file. Needs testing further. See Mantis bug #55537

initialise current and defaultAlignFrame and debug when applet is reinited after a page refresh with safari (Bug # 57663 in mantis)

make fileparse errors easier to debug by dumping file parameter contents in debug mode.

additional instructions and use of -jar for launching

more spin on GA prompt

no Vector(Vector) copy constructor in 1.2

user friendly GA and privacy statement

only append score if it is not NaN

properly import column selection from message

potential null pointer fix

setting and merging selected columns from another selection object

better formed generic select residue X expression

empty row removed

removed duplicate descriptions, documented nodisplay further.

updated dependencies and versions for example jnlp

pasted file contents should never be added to the recent URL or recent file list.

gracefully cope with non-standard nucleotide or amino acid symbols in pairwise alignment.

gracefully cope with non-standard nucleotide or amino acid symbols in pairwise alignment.

na pdb: highlight any part of a residue, not just the CA atom

na pdb: recognise NA residue names

na pdb: detect P backbone

add JGoogleAnalytics webstart resource

todo

typo

finish privacy statement

synchronized documentation between development and 2.4.0b2

fix null pointer exception in redraw for short sequence associated annotation rows

quick fix for nullpointer in column selection when saving jalview project (David M reported)