JAL-4418 first development release for 2.11.4.0 - release notes for
JAL-4159,JAL-4257,JAL-4386,JAL-4392,JAL-789

Merge branch 'feature/JAL-4159_pasimap' into develop

 Conflicts:
help/markdown/releases/release-2_11_3_0.md

Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch' into develop

JAL-4159 fix up test for applicable filters for pasimap

JAL-4159 fix PairwiseAlignmentPanelTest - reinstate correct recording of the endRes for each sequence aligned

JAL-4159 peek in a Jalview project's PCA viewer's title to decide if it is a "pasimap" viewer or some other Pcaviewer...

JAL-4257 JAL-4159 JAL-789 tidy up passing of score model to pairwise alignment directly/via pasimap and threading off the direct pairwise alignment calculation

JAL-789 pairwise alignment via calculations dialog, allowing score model to be changed
merged in with feature/JAL-4159_pasimap

JAL-4366 compute coverage on each side of the pairwise alignment

Merge branch 'jims/feature/JAL-4159_pasimap' into feature/JAL-4159_pasimap

Merge branch 'features/JAL-4257_adjustablegapparams_nw' into jims/feature/JAL-4159_pasimap

JAL-4159 fix sense of console/alignment output suppression flags and make sure all output is suppressed when computing pairwise alignments

JAL-4159 disable the score model combo box when pasimap is selected

mend

Fix PaSiMap taking scoreModels input and allow AlignSeq/PairwiseAlignPanel to take a ScoreMatrix

Fix PaSiMap not having the eigenvalues saved

revert build.gradle changes

Save PaSiMap with Jalview Session

Rectanuglar selection changed to Mouse Button 3 drag

JAL-4259 set title using original alignment window's title

JAL-4159 implement bounds for PASIMAP calculation - from 9 to 20000 sequences.

JAL-4159 connectivity should be computed for the sequences analysed with PAsiMap, not the alignment

JAL-4159 PASiMap currently doesn't support different score models

JAL-4159 sometimes the progress bar may not be available - null check

Merge branch 'feature/JAL-4159_pasimap' into spike/JAL-4159_pasimap_2113_series
loop in new progress bar and resolve formatting conflicts in PairwiseAlignPanel

JAL-4356 release date for 2.11.3.3 is 22nd May 2025

JAL-4356 release date for 2.11.3.3 is 22nd May 2025

JAL-4356 release notes for JAL-3978 patch

JAL-4356 release notes for JAL-3978 patch

JAL-3978 Add the bin dir to be copied from website appdir to archive appdir

Merge branch 'bug/JAL-3978_copy_bin_dir_to_getdownArchiveBuild_task' into develop

JAL-3978 Add the bin dir to be copied from website appdir to archive appdir

JAL-4418 bump release to 2.11.4.0

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4159_pasimap
doesn't seem to have apache-math present
 Conflicts:
build.gradle

Merge branch 'feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation' into develop

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

JAL-4356 bump release date to today, release notes for patching JAL-4407 and known issue report for JAL-3124 and JAL-4415

JAL-4386 Fixed failed test case

Merge branch 'bug/JAL-4416_sview_not_shown_for_local_strucfile' into develop

JAL-4386 Fixed failed test cases

JAL-4416 TODO for fixing JAL-4415 JAL-3124 - need a test for this

JAL-4416 ensure the structure view is shown and any added annotation is displayed

JAL-4416 make sure the structure viewer is actually opened when handling local file view

JAL-4386 Added preferences for secondary structure consensus and it is
set as false by default to skip failed test cases.

Merge branch 'bug/JAL-4407_no_sec_str_from_draganddrop_to_msa' into develop

JAL-4386 - Implementation of retrieving secondary structure
source/provider from matching the annotation description and PDB entry.
Implementation of Show secondary structure menu option. Updated
calculation of secondary structure consensus.

JAL-4217 Upped the main testTask0 timeout to 15 minutes for build server's benefit

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

JAL-4356 fix release note

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

JAL-4356 set release date to Weds 15th May and update release notes

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

JAL-4356 JAL-518 JAL-4413 release notes

Merge branch 'features/JAL-518_justify_seqs_in_region' into develop

JAL-518 better test coverage and support for case preservation

JAL-518 failing test for case preservation on justify

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation

Merge branch 'develop' into features/JAL-518_justify_seqs_in_region

JAL-4413 timeouts Merge branch 'improvement/JAL-4217_added_a_timeout_to_tests' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-518_justify_seqs_in_region

 Conflicts:
src/jalview/api/AlignViewControllerI.java
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/controller/AlignViewController.java

Merge branch 'feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation

JAL-4386 - Implementation of substitution matrix and test cases.

JAL-4411 fix typo :(

JAL-4411 store class of provider in PDBEntry

JAL-4217 Sensible timeout for testTask0

JAL-4217 Added a timeout for testTasks. If timeout is exceeded then test execution should be interrupted.

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-4407_no_sec_str_from_draganddrop_to_msa' into feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation

JAL-4407 don't transfer 'local' settings - leave as default 3d-structure annotation processing

JAL-4407 failing test checking for secondary structure is added when calling the associate pdb file routine

JAL-4392 Merging consensus secondary structure

JAL-4386 Comparing secondary structure similarity directly with a basic
substitution matrix. Some code refactoring.

JAL-4386 Drop down for secondary structure sources in calculate window

JAL-4386 PCA/Tree Calculation for Secondary Structures: Changes related to dropdown in Calculate window.

Merge branch 'test/progressBar' into feature/JAL-4159_pasimap

Implemented ProgressBar for PaSiMap

JAL-4386 Calculate tree using secondary structure annotation - Documentation, Changes to include Secondary structure from JPred.

inlcude progress

JAL-4159 recover 2.11.3 series gradle/build.properties so we can build the spike

JAL-4390 don't output alignment to text panel and stdout when lots of sequences processed by pairwise alignemnt panel

Fix output of all dimensions

Alogirthm working, but still giving slightly off results

JAL-4386_Added changes in similarity score calculation for different cases of sequences with undefined secondary structure

JAL-4386 Corrected failed test case.

JAL-4386 Added further checks for sequences that have no secondary structure.

JAL-4386 Calculate tree using secondary structure annotation

Inlcude 8 dimensions

Fix PaSiMap on selected sequences

Test version to switch branches

Fix output points column labels

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

JAL-4356 release notes

JAL-4356 update release notes for 2.11.3.3

Merge branch 'bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

JAL-4367 Limit right and top adjustments

JAL-4290 Fix image comparison between gui and headless output.  Images are now the same

JAL-4290 fixed tests

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment