JAL-2089 reworked and formatted doc for
JAL-1666 PDB search interface and ‘3D structure…’ viewing option
JAL-1919 mmcif

JAL-2089 update Uniprot to UniProt in help docs.

JAL-2089 drop MCView documentation from contents.

JAL-1919 revised mmCIF documentation

JAL-2089 bump release date for 2.10

Merge branch 'bug/JAL-2034_fix' into develop

JAL-2077 don't mess with the look and feel

JAL-2077 less drastic exit on close

JAL-2034 - remember to reset needsOverviewUpdate at beginning of new select/drag event

JAL-2077 test harness for inspecting mouse events

JAL-2077 check isPopupTrigger in mouseReleased not mouseClicked
(Windows)

JAL-1421 add generics to NJTree, refactor recursive search

JAL-2034 check context of selection group to catch case when selection was added/removed from alignment without deselection/reselection

JAL-1854 rule to disallow import of swing in appletgui

JAL-2077 do nothing in mousePressed if right button down (on Windows)

JAL-2077 force defer right-click handling to mouseReleased on Windows

JAL-2077 test isPopupTrigger in mouseReleased or mouseClicked (for
Windows) as well as mousePressed (Mac)

JAL-2077 more javadoc

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2034 fix logic so recalcConservation(true) returns true if conservation updates were performed on group

JAL-2034 moved ‘isDefinedGroup’ flag to a test method on AlignViewportI so controller doesn’t have to track datamodel state.

JAL-2034 remove todo - answer is yes!

JAL-2077 check for isPopupTrigger() in mousePressed as well as
mouseClicked.

JAL-2148 further enhancment to CA HETATM processing

JAL-1670 repositioned feature for backwards compatibility of feature
order

JAL-2183 defensive check for openFrameCount < 0 (shouldn't happen but
did)

JAL-2183 simplified database tree actionPerformed, accept dbl-click

JAL-2183 revised change (= no change)

JAL-2183 formatter added @Override (only)

JAL-2183 removed redundant (overriden) add panel to container

JAL-1854 tweaks to rules and README

JAL-1854 checkstyle relocated to /utils, newlines to Unix (?)

Merge branch 'bug/JAL-1841rnaSecStr' into develop

JAL-1448 updated unit test for last change

JAL-1841 robustness fix

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1854 two more rules, readme notes

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1854 commented FallThrough rule

JAL-1854 corrected nested package rule

JAL-2049 set Ensembl variant source to ENSEMBL if '.' (not provided) and
in computed peptide variants

JAL-1854 comment switch case fallthrough

JAL-1854 missing case break statements added

JAL-1854 initial checkstyle config

JAL-2178 remove duplicate Uniprot db source

JAL-1424 duplicate key removed

JAL-1355 correct 'thereshold' to 'threshold' in message keys

JAL-1424 removed unused and duplicated message keys

JAL-1424 tidy / recode MessageManager calls to support code analysis

JAL-1854 removed pointless method override

JAL-1424 removed two redundant (overwritten) setText() calls

JAL-1424 corrected Message bundle lookup key

JAL-1424 undo i18n of exception message

JAL-1854 declare immutable class as final

JAL-1424 recode calls to MessageManager to allow code inspection

JAL-2151 port fix to applet

JAL-1424 enhanced for cleaner reporting, checks calls to JvSwingUtils

JAL-1424 also report (obsolete) keys in translated bundle not in default

JAL-2176 unused field / methods removed

JAL-2174 markColumns() refactored inside ColumnSelection

JAL-1448 corrected for backwards compatibility for UK locale users

JAL-2175 code tidying

JAL-2175 code/test fixes/tidy for PFAM/MSF/JSON roundtrip

JAL-2011 adjust method to fix failing unit test

JAL-2174 bug fixes + refactoring to allow + unit tests

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1803 unit test for PDB chainCode save/restore from Jalview project

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-2077 using Platform method to check for Ctrl-down

JAL-1445 status message '...not containing...' for inverted selection

JAL-1693 show warning dialog if unable to make CDS for split frame

JAL-1855 fail gracefully if XML has no <sequence> element

JAL-2077 handling Cmd-click in scale panel for Mac / Windows

JAL-2001 return copy of selection in getSelected()

JAL-2146 status message now with formatted residue name / code

JAL-2173 don't remove annotation from hidden columns

JAL-2172 reverted to not sorting column selection

JAL-2105 rest versions updated to 4.6, change log link added

JAL-2172 handle case where column selection is not ordered

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-2172 unit test added

JAL-2171 matching bracket default character for rna SS entry

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1841 better i18n text

JAL-1128 fix for truncated bottom boarder pixels in figures generated from wrapped alignment

JAL-1128 fix for truncated bottom boarder pixels in figures generated from wrapped alignment

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1919 Added improvement to ensure consistence of annotations parsed via JmolParser vs PDBfile parser and fixed unit tests accordingly

JAL-1841 count (logo height) is valid pairs only; detect base-gap pair

JAL-1841 bug fixes / code tidy for rna SS rendering / parsing

JAL-1841, bug fix in rna SS consensus, additions to Rna[Test]

JAL-2171 default SS symbol to existing (if present)

JAL-2124 i18n of 'All' menu item

JAL-2124 i18n of "All" menu item

JAL-2146 small optimisation (avoid String creation)

JAL-2146 show Column no [Sequence no [Residue / pos]] on mouseover

JAL-1577 rebuild menus when secondary structure manually updated

replaced broken biojsmsa home link in jalveiw help

JAL-2119 replaced link with a non-404 alternative

JAL-2168 -nonews option also mentioned here