JAL-1841 robustness fix

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1854 two more rules, readme notes

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1854 commented FallThrough rule

JAL-1854 corrected nested package rule

JAL-2049 set Ensembl variant source to ENSEMBL if '.' (not provided) and
in computed peptide variants

JAL-1854 comment switch case fallthrough

JAL-1854 missing case break statements added

JAL-1854 initial checkstyle config

JAL-2178 remove duplicate Uniprot db source

JAL-1424 duplicate key removed

JAL-1355 correct 'thereshold' to 'threshold' in message keys

JAL-1424 removed unused and duplicated message keys

JAL-1424 tidy / recode MessageManager calls to support code analysis

JAL-1854 removed pointless method override

JAL-1424 removed two redundant (overwritten) setText() calls

JAL-1424 corrected Message bundle lookup key

JAL-1424 undo i18n of exception message

JAL-1854 declare immutable class as final

JAL-1424 recode calls to MessageManager to allow code inspection

JAL-2151 port fix to applet

JAL-1424 enhanced for cleaner reporting, checks calls to JvSwingUtils

JAL-1424 also report (obsolete) keys in translated bundle not in default

JAL-2176 unused field / methods removed

JAL-2174 markColumns() refactored inside ColumnSelection

JAL-1448 corrected for backwards compatibility for UK locale users

JAL-2175 code tidying

JAL-2175 code/test fixes/tidy for PFAM/MSF/JSON roundtrip

JAL-2011 adjust method to fix failing unit test

JAL-2174 bug fixes + refactoring to allow + unit tests

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1803 unit test for PDB chainCode save/restore from Jalview project

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-2077 using Platform method to check for Ctrl-down

JAL-1445 status message '...not containing...' for inverted selection

JAL-1693 show warning dialog if unable to make CDS for split frame

JAL-1855 fail gracefully if XML has no <sequence> element

JAL-2077 handling Cmd-click in scale panel for Mac / Windows

JAL-2001 return copy of selection in getSelected()

JAL-2146 status message now with formatted residue name / code

JAL-2173 don't remove annotation from hidden columns

JAL-2172 reverted to not sorting column selection

JAL-2105 rest versions updated to 4.6, change log link added

JAL-2172 handle case where column selection is not ordered

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-2172 unit test added

JAL-2171 matching bracket default character for rna SS entry

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1841rnaSecStr

JAL-1841 better i18n text

JAL-1128 fix for truncated bottom boarder pixels in figures generated from wrapped alignment

JAL-1128 fix for truncated bottom boarder pixels in figures generated from wrapped alignment

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1919 Added improvement to ensure consistence of annotations parsed via JmolParser vs PDBfile parser and fixed unit tests accordingly

JAL-1841 count (logo height) is valid pairs only; detect base-gap pair

JAL-1841 bug fixes / code tidy for rna SS rendering / parsing

JAL-1841, bug fix in rna SS consensus, additions to Rna[Test]

JAL-2171 default SS symbol to existing (if present)

JAL-2124 i18n of 'All' menu item

JAL-2124 i18n of "All" menu item

JAL-2146 small optimisation (avoid String creation)

JAL-2146 show Column no [Sequence no [Residue / pos]] on mouseover

JAL-1577 rebuild menus when secondary structure manually updated

replaced broken biojsmsa home link in jalveiw help

JAL-2119 replaced link with a non-404 alternative

JAL-2168 -nonews option also mentioned here

JAL-2119 updates to invalid / obsolete help links

JAL-2168 document '-nonews' parameter

JAL-2168 skip news feed if parameter "-nonews" is supplied

JAL-1448 always use UK locale for formatted date properties

JAL-2164 add transferred annotation to sequence

JAL-2164 changed to be Java 1.7 compliant

JAL-2008 handle fast mouse drag of feature ordering correctly

JAL-2015 convert Color from colour picker to FeatureColour

JAL-2046 additional logic to suppress spurious implementation-error warnings

Merge branch 'efficiency/JAL-2034_JAL-1421' into develop

JAL-2034 show greyed out image during overview update

Merge branch 'develop' into efficiency/JAL-2034_JAL-1421

JAL-2068 reinstated false return value for notifyWorking
  (prevents multiple worker threads starting when new view created)
 * documentation for AlignCalcManagerI

Merge branch 'develop' into efficiency/JAL-2034_JAL-1421

JAL-2164 TODO: make test pass for JMOL_PARSER

JAL-2164 JAL-1919 JAL-1270 use structure import settings to properly configure for test

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2164 bugfix to convert insCodes of '\000' to ' ' in JmolParser, this fixes the xml marshalling bug

Merge branch 'bug/JAL-2154projectMappings' into develop

Merge branch 'task/JAL-2164_mcviewforoldjalviewprojects' into develop

JAL-2164 prevent jalview news from opening

JAL-2164 clear the desktop before testStoreAndRecoverExpandedViews

Merge branch 'task/JAL-2164_mcviewforoldjalviewprojects' into develop

JAL-1772 make sure we actually return reference to AlignFrame that is visible after views are gathered

JAL-1772 JAL-2164 make expanded view save/restore test pass when run in isolation (problem may be that load returns an alignFrame that isn’t actually the one shown in the desktop…)

JAL-2164 JAL-1772 explodeViews can be static, so make it so

JAL-1957 JAL-1479 updated SIFTS user docs

JAL-2164 revert tests depending on import of legacy jalview projects

JAL-2154 disable visual delay only after completed import

JAL-2154 register any new dataset codon frames only when all data imported

JAL-2154 only include mappings in dbref/alcodon in dataset XML

JAL-2157 fixed Jalview2xmlTest

JAL-2154 toString for forward references

Merge branch 'patch/JAL-2156_JAL-2163_saveSplitFrameFromSaveAs_restoreTitles' into bug/JAL-2154projectMappings