JAL-1140 use the Reader provided by the jalview.io.FileParse framework

Merge branch 'develop' into menard

Conflicts:
src/jalview/ws/jws2/AAConsClient.java
 (preferred develop)

do not commit .settings to .git

last version stay many bugs ..

JAL-1137 clean up old-style menu code and look

JAL-1137 JAL-975 simpler menu for the AACon service - allows user to switch calculation to different servers for an alignment view.

Debug message associated with TODO for JAL-1136 - re-enable dynamic recalculation when a project with AACon annotation is imported.

JAL-975 JAL-1137 debug messages for web service client and discovery code

JAL-1131 - todos for later versions

JAL-1131 ensure new dataset sequence is created if seuqence replacement results in different non-gap characters

JAL-1136 Ensure asynchronously calculated autoannotation is also added to the alignment in the correct order

JAL-1136 JAL-811 JAL-812 store/recover autocalc alignment annotation based on calcId if present

JAL-1136 fix logic for recovering AACons params

JAL-1136 store ws-parameter list as XML element content after first escaping newlines. TODO: consider revising

JAL-1136 allow parameter sets to be transferred across different JABAWS servers using server-independent JABA service identifier

JAL-1136 less code-dependent formula for creating server-independent JABA service identifier

JAL-1136 - fix abstraction for parameter container class

JAL-1115 reference to List<SequenceI> passed in 'alignment' changeSupport message

JAL-976 better logging/error reporting for disorder/conservation jobs

JAL-976 JAL-958 todo list for release

JAL-976 ensure protein disorder services appears in correct place

JAL-976 don't clear menu out before adding jabaws services so JPred service still shown

JAL-1066 patch regression ac33424148b2a4de29b3ca43f941162e8ba0384c causing exception when feature colourschemes are imported

Last version

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into menard

v2

documentation for PCA calculation parameters and reset button.

a209409239 (JAL-976 - add support for storing service parameter sets in project)

JAL-976 clean out associated annotation

JAL-976 implement additional calcId method

JAL-976 simpler parameter update model

JAL-961 JAL-976 allow access to service URI for parameter recovery

JAL-961 JAL-976 recover current settings from associated viewport

JAL-976 pick an available instance of a service based on server-independent URI string

bugfix - use currently held parameters

JAL-976 - storing service parameters on the view model

JAL-976 test if the sliders have been modified from the service default (where no preset is selected and no sliders changed)

unique URI for service type

JAL-961 JAL-976 abstracted container for dynamic calculation parameters

tidy imports

JAL-976 - add support for storing service parameter sets in project

Add support RNAML format

JAL-961 allow calcId to be specified independently of alignment annotation row label

JAL-974 - broken copy of feature settings

JAL-1129 progress bar - this patch doesn't provide any indication of whether the export was successful.

JAL-968 incremental - PNG/EPS output has annotation overlapping alignment when annotation scroll bar not at top of panel.

tidy imports

JAL-974 create graduated feature colours for annotation with scores.

JAL-974 - use refactored methods on AlignmentPanel

JAL-974 - refactor FeatureRenderer constructor to AlignmentPanel (should probably add to AlignPanel API JAL-966)

JAL-1117 alleviate lock starvation

ensure all annotation dependent rendering gets refreshed

JAL-1065 JAL-1066 ensure non-residue based schemes actually override the new findColor methods

JAL-1065 JAL-1066 allow different lookup tables for nucleotide or amino acid colourschemes

JAL-899 added groovy support to develop branch

formatting

JAL-976 JAL-975 JAL-1119 - pass on any existing parameters to initialise the service parameters dialog box

JAL-975 JAL-1119 - prototype adjustable AACons parameters for the currrent alignment view

JAL-975 - doh! valid result if width matches *ungapped* input data

JAL-975 - bespoke AACons settings object to save current service settings for the AlignViewport

patch for JAL-1172 ensure option's default value is set in widget so it gets saved in paramStore

JAL-961 JAL-975 extend api to support removal of workers no-longer required by the user

JAL-975 - ensure we only submit ungapped, padded alignment data to AACon - otherwise jobs fail.

formatting

JAL-1125 option to switch between Jalview and SeqSpace PCA calculation modes

fix JAL-1122

JAL-1123 - make clear where off-by-one error was occuring (patched problem in previous commit)

JAL-535 - refactored core PCA viewer code to viewmodel
JAL-1013 - port protein/nucleotide settings to applet PCA viewer

JAL-535 refactored core code from PCA viewer to viewmodel.

JAL-1120 patch for desktop

patch for JAL-1121 - reset button and slightly wider default window size

JAL-535 refactoring todo

Extended IProgressIndicator with method to check if any progress bars are currently displayed.

Merge branch 'JAL-1013_pca_rna_dna' into develop

JAL-975 JAL-1002 ensure custom parameters are actually passed to service

JAL-1115 - synchronized access to group list

JAL-976 - make sure annotation panel is updated to grey out any stale annotation rows

JAL-961 JAL-976 kill any existing AACon job if a new AACon worker is started due to an alignment edit or change in parameters

JAL-1003 visual delay when running a sequence or alignment annotation job

JAL-961 JAL-976 tweaked way that AACons client is registered and started.

formatting

formatting

JAL-1118 - hack to try and get rid of flicker. consider moving greyed out image rendering to after we call the panel renderer.

JAL-1118 WIP - flag to mark if image buffer has just been cleared ready for a redraw

JAL-1115 trap exception arising from race condition when alignment edited during calculation

JAL-968 javadoc and return flag indicating if any of the annotation rows were being worked on whilst the panel was rendered.

JAL-961 ensure we only add one instance of a worker to the registered list of workers for an alignment.

JAL-961 potentially helpful println statements when debugging alignment calculation queue

JAL-1115 refactor base collection for Alignment from Vector to locally synchronized List<SequenceI>
(missed this one from d6509fcf3a8cc90616e18cb22cec97f85c722bb8)

JAL-1116 - location where vamsas sync failure occurs

javatidy

JAL-1115 refactor reordering code operating directly on Sequence collection as AlignmentI method

JAL-1115 refactor base collection for Alignment from Vector to locally synchronized List<SequenceI>

JAL-1115 - use local reference for annotation row

JAL-961, JAL-1115 - pending test to ensure only one worker waits around for another one for the same type to complete.

javatidy

JAL-967, JAL-1114, JAL-1115 more concurrent access hacks

javatidy

fix for bug introduced with commit:b81d4d7d46ea8b1c89df086fb847baab6b69d427

javatidy