2.1 updates

2.1 updates

new files

dud file

Desktop is null if -noDisplay is set

Make a new FeatureRenderer

AlignPanel.repaint

Printstacktrace

inFile might be null if PDB was pasted

Smoother drawing

Check selection size before making tree

group.getSize should be ab.alignment.getGroups

Check alAndColSel are not null

Control and shift for col selection

Reset button added

Right mouse works with cursor mode

Only add 1 feature settings table

Comment out start and end refs

1.1 compatible

file: is a URL

Invert column selection

new SequenceI method for making a sub sequence from a range on the
current sequence.

alignment from seqCigars will correctly mark deleted residues as
isolated insertions.

refactored hidden regions methods and made an AlignmentView preserve
the alignment in hidden regions.

fixed multiple shifts bug.

Must save all the feature settings

Check if groups have already been added or not

Fix for local sources with no capabilities

Icon drawing updated

Null hidden cols check

No need to re repaint

Height and info message

Transparency

Endres check for wrap alignment

Set the start res and start seq

Copy hidden cols to new alignment

Remove system.out

Make sure link menu is displayed

Save links and scores and keyValues for features

KeyValue pairs for features

Input Data...

Capitals

Out by 1 error on show columns

Applet has hidden regions

removed extraneous classes.

locally modified biojava-dasobert package is now org.biojava.dasobert

Use idCanvas highlight system

1.1 compatible

Use idCanvas highlight system

1.1 compatible

Set wrapped mode even if false

catch out of memory error for consensus when loading groups

added commented out seqStrings comment.

recover original data for tree and pca as alignment view.

Show reveal all menu

findSeq in SeqPanel is used

Resize image if id width changes

No need for count

Resize inactive when mouse exited and no dragEvent

getIndex replaced with findSeq in seqPanel

Remove system.out

Scrolling fixed and selection in wrapped mode updated

getIndex replaced by findSeq in Seqpanel

Out by one error on reveal columns

Check height of featurePanel, not this for mousepresses

1.1 compatible

Applet doesnt have hidden columns

Dont set all feature descriptions on status bar

Dont draw all the panel if just a mouse movement

If colour hasnt been created, make a new one

Add transparency

output source in gff file

Send gapChar to print original Data

Remove immediate call to repaint when deleting

seq size cant be less than 2 for tree

Sends gapChar to seqData

remove unnecessary constructor

Remove unnecessary imports

Reset das_registry_url if null or empty

Dont set pdb file if it doenst exist

NOR the <pre> tabs

Use DBRefSource.PDB

Save PDB file to disk

Readline instead of bit by bit

Cant have col less than 0

Save ref to pdb file

Readded

accidental commit of a build

PDB file MUST have an id

not used

Load and save PDB files

Add file ref for pdb files

Ignore list created

Cigars for representing alignment view as used for calculation.

CigarBase class and derivatives.

Implemented CIGAR representation of an Alignment view for passing to
analysis'.

Compact Idiosyncratic Gapped Alignment Representation objects for internal rep of hidden alignments and views.

Switch to new srs url

seqs[j] replaces current

moved to org.biojava