JAL-2136 merged develop into branch to fix build failure

JAL-2136 corrected error in annotation file

JAL-2361 tweak layout of warning message

Merge branch 'bug/JAL-2255_seq-fetcher-broken-on-linux' into develop

JAL-2255 Bug fix

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2255_seq-fetcher-broken-on-linux

JAL-2361 option to save on OK of changed named colour scheme

JAL-2361 make a modified saved scheme the backout checkpoint for Cancel

JAL-2384 JAL-2371 update ResidueShader on change of colour by
conservation / pid

JAL-2361 simplify constructors, select unsaved but applied user defined
colour scheme in menu

JAL-2361 apply any saved changes to current colour scheme

JAL-2314 made non-test method non-public

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2314

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2461

JAL-2405 additional checks for circular reference in context or dataset

JAL-2472 PrivilegedAccessor added

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2431splitFrameNewView

JAL-2430 code tidy, unit test for Jmol hidden column colours

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1608createGroups

JAL-1608 leave Create Group, Remove Group menu items enabled

JAL-2401 code and help tidy for review comments

JAL-2401 don't apply lower case colour to upper case

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2399textColour

JAL-2346 JAL-1933 test updated to include Occupancy

JAL-2346 always run setup!

JAL-2346 more test coverage for AnnotationColourGradient

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2346annotationChoice

Conflicts:
src/jalview/gui/AnnotationRowFilter.java

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1608createGroups

JAL-2136 JAL-2137 Added improvement to enable explicit and dynamic definition of STRUCTMODEL data via HEADER_STRUCT_MODEL annotation, updated test annotation file, and added unit test accordingly

JAL-2136 fixed failing unit test for Phyre2Client

JAL-2465 missed commit for refactore renaming of getPdbFile() method to getStructureFile()

JAL-2465 unit test for bugfix

JAL-2465 bugfix and rerefactor renamed getPdbFile() method to getStructureFile()

JAL-2360 fix applet build by separating castor XML dependency from jalview.schemes.ColourSchemes to jalview.schemes.ColourSchemeLoader

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into bug/JAL-2314

JAL-2314 Tidy up

JAL-2314 Fixes to DisorderAnnotExportImport test

JAL-2464 fix cancel tree print behaviour

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2388 unit test initialisation fix for running full suite

JAL-2314 Tweaks to stop thread sync issues

JAL-2464 fix cancel tree print behaviour

JAL-2314 Tidies

JAL-2314 Re-annotated unit tests using Jws2Discoverer

JAL-2463 bugfix

JAL-2461 Removed DAS error stack trace, updated message

JAL-2388 Reinstated original overview checks for annotation display

Merge remote-tracking branch
'origin/bug/JAL-2436featureRendererThreading' into develop

Conflicts:
src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
src/jalview/gui/OverviewPanel.java

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into
bug/JAL-2436featureRendererThreading

Conflicts:
src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
src/jalview/gui/OverviewPanel.java

JAL-2311 suppress autocalc'd annotation to isolate the 'real' failure

JAL-2307 Fixed SiftsClient unit test

JAL-2306 assert no DAS sources

JAL-2438 removed (non-functional) lastSeq, lastSequenceFeatures

JAL-2243 update discovered features on opening structure in Chimera

JAL-2438 check for null FeatureRenderer

Merge branch 'features/JAL-2388OverviewWindow' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2421overviewboxflicker' into develop

Merge JAL-2136_phyre2_integration to develop

JAL-2388 Comment typo

JAL-2136 JAL-2137 Improvements: enable STRUCTMODEL annotation statement to be less stringent and backwards compatible, Link query and template sequences, transfer annotation from model to template sequence

JAL-2388 ViewportRanges unit test

JAL-2437 Synchronization corrections and unit tests

JAL-2388 Renamed column and row subtraction functions

Merge branch 'merges/develop_JAL2295setChimeraAttributes' into develop

JAL-1933 refactor parameter for code clarity

JAL-2388 Applied ViewportRanges to code

JAL-2388 Renamed viewport position props to viewport ranges

JAL-2388 Unit test update

JAL-2388 Applet update for overview panel

JAL-2439 Out-by-one in setting endRes/endSeq

JAL-2431 show cDNA consensus after New View in split frame

JAL-2388 Unit tests and tidies

JAL-2443 push getResidueBoxColour inside getResidueColour

JAL-2438 corrected getFeatureRenderer()

JAL-2442 applet feature transparency also on overview or structure

JAL-2438 handle null FeatureRenderer in FeatureColourFinder

JAL-2438 refactored checks for 'no features displayed'

JAL-2438 clarify code and javadoc, reinstate updateFeatures() check

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2436featureRendererThreading

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into features/JAL-2388OverviewWindow

JAL-2388 Working overview panel

JAL-2439 Fixes to out-by-one sequence indexing in gui classes

JAL-2388 New hidden cols/seqs functions to support overview panel

JAL-2136 JAL-2137 Improved STRUCTMODEL annotation syntax to reinstated fasta file specification, improved implementation to link the Fasta mapping file to Phyre2 model entry, and moved Phyre2 model info from sequence detail to PDBEntry properties

JAL-2438 unit test, fixes, Javadoc updates

JAL-2438 unit tests for FeatureColourFinder (transparency tbc!)

JAL-2438 Javadoc updates

JAL-2438 comment/Javadoc tidies

JAL-2438 corrected handling of default colour

JAL-2438 FeatureColourFinder refactored from FeatureRenderer, fr not
cloned for structure viewers

JAL-2437 Fixed reordering of sequences when hiding and revealing

JAL-2136 JAL-2137 Modified STRUCTMODEL annotation format and added implementation to register Phyre2 model file from AnnotationFile such that it could be properly processed Phyre2 client on structure viewing.

JAL-2388 Moving some alignment panel logic into overview (in progress)

JAL-2426 Checks on conservation thread in case we are shutting down

JAL-2426 Removal of NPE in conservation thread when closing Jalview

JAL-2388 Minor fix for annotation graph, removed unit test dep on gui

JAL-2430 colour columns hidden in alignment gray on structure

JAL-2295 avoid quotes breaking attribute value parsing

JAL-2388 Fixed inherited&new out-by-one errors; further unit tests

JAL-2295 status messages for Chimera attributes set and for failed
superposition