JAL-1517 updating authors list

JAL-795 hack to ignore black colour in annotation element.

JAL-1601 ignore the JABA Jpred client in Jalview 2.8.2 release

Merge branch 'bug/JAL-1610refAnnotationsInViews' into Release_2_8_2_Branch

file for JAL-1268 jalview.io.Jalview2xmlTests.testTCoffeeScores

Merge branch 'JAL-1517_release282' into Release_2_8_2_Branch

JAL-1517 first stab at release notes... lots of documentation to go!

JAL-1610 check reference annotations against alignment, not sequence

JAL-1522 output installation type to stdout

JAL-1522 remove build/deployment details imported from user preferences file

JAL-1517 formatting

JAL-1611 revise log level to reduce verbosity

JAL-1583 javadoc and fix constructor signature

JAL-1342 document argument to specify preferred JABA server

JAL-1604 formatting

JAL-1604 revised wording and internationalised dialog

JAL-1583 back out original fix and simply check MSAWSThread.hasValidInput flag before displaying job window and starting the web service job thread.

JAL-1583 formatting

JAL-1583 new validInput flag set according to validity of all MSA jobs prepared for submission

JAL-1583 refactored addInternalFrame to allow webservice job frame to be added but not automatically made visible

JAL-1517 formatting/tidy

JAL-1517 svg==scalable :)

Merge branch 'patchJAL-674_offset' into Release_2_8_2_Branch

JAL-674 add sequence associated annotation rows to flanking alignment

JAL-1177 JAL-905 cannot recover sequences from dataset if dataset is currently being recovered

JAL-674 avoid writing \0 for chain code

Merge branch 'patchJAL-674_offset' into Release_2_8_2_Branch

JAL-674 patch to fix bug with showing reference annotation for legacy jalview example file v2.7

JAL-674 formatting

JAL-674 unused variable

JAL-674 bug in test

JAL-1603 if Chimera selected in Preferences, warn if not installed/found

Merge branch 'Release_2_8_2_Branch' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Release_2_8_2_Branch

JAL-674 test that PDB annotation created when importing a legacy jalview example file is mapped to the correct place as the manually created version (temperature factor in exampleFile_2_7.jar

JAL-674 patch NPE bug when test run in isolation

JAL-674 fix test properties path and add properties file

JAL-674 JAL-966 new method to retrieve all views

organise imports

JAL-966 promote getName to an api method

Merge branch 'bug/JAL-1604_Entire-alignment-submission' into Release_2_8_2_Branch

JAL-1604 Entire sequence submision for MSA job bugfix

Merge branch 'bug/JAL-1583_MSA_webservice_validation' into Release_2_8_2_Branch

modified regex for sequence validation

Merge branch 'Release_2_8_2_Branch' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Release_2_8_2_Branch

Merge branch 'bug/JAL-207_pairwise-alignment-context-loss' into Release_2_8_2_Branch

JAL-207 pairwise alignment sequence contexts propergation bugfix

Merge branch 'bug/JAL-998_wrap-sequence-tooltip' into Release_2_8_2_Branch

JAL-998 fixed empty tooltip bug when only one sequence feature is present

Merge branch 'JAL-674_fixannotlabels' into Release_2_8_2_Branch

JAL-674 make RNAML-extracted secondary structure lines consistent with those from Jmol

JAL-1578 fix logic for showing score when no description present

JAL-674 JAL-1578 commented code for displaying annotation properties in tooltip

JAL-674 friendly name for PDB file included in secondary structure tooltip

JAL-674 employ the provided DNA/Protein matrix string when mapping from sequence to structure

JAL-674 disable addition of PDBRESNUM annotation line

JAL-674 nicer temperature factor labelling and include PDB ID

JAL-1528 NullPointer check / more informative PDB fetch status bar

Merge branch 'bug/JAL-689' into Release_2_8_2_Branch

fix for JAL-689 ensure fastpainting flag set only when actually fastpainting

formatting

patch for JAL-1599 - annotation row constructed by initAutoAnnotation

Merge branch 'patch_JAL-689' into Release_2_8_2_Branch

back out duplicate jfree classpath entry

Merge branch 'features/JAL-1469_svg-output-for-figure-export' into Release_2_8_2_Branch

merge commit

JAL-1469 Added SVGOptions.java for lineart/text rendering rendering of svg

JFAL-1594 fix Undo bug; enum EditCommand.Action; basic JUnit

Merge branch 'JAL-1569_wuss_vienna_broke' into Release_2_8_2_Branch

JAL-1593 refactor rna helix colours to static singleton for consistent shading

JAL-1264 update annotation panel dimensions before refresh

JAL-1595 update annotation sort on opening of the 'sort' menu..

JAL-1595 annotation score is total number of rna helices

JAL-1569 interactive editing of secondary structure char for RNA secondary structure

Merge branch 'JAL-1569_wuss_vienna_broke' into Release_2_8_2_Branch

employ test and secondary structure character for determining base pairing direction for rendering rna annotation

JAL-1569 formatting

JAL-1593 allow per-sequence shading of RNA helix (stored in each annotation element's value field for a paired base)

JAL-1569 test for open/close RNA parenthesis character

JAL-1569 formatting

JAL-1569 refactoring of stockholm test

JAL-1569 consistent handling of sequence and alignment associated annotation export in stockholm

JAL-1569 revise tests to count number and type of annotation in each file

JAL-1569 formatting

JAL-1569 preserve input ordering for stockholm files (Hashtable implementation changed possibly ?)

JAL-1569 remove stdout on parsing RNA

JAL-1152 avoid NPE on null alignment annotation vector

JAL-1528 found and readded Colour by Chain ('rainbow color')

Merge branch 'Release_2_8_2_Branch' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Release_2_8_2_Branch

JAL-674 add RNA sequence associated annotation to alignment as hidden annotation

JAL-1569 formatting

JAL-1140 sensible name for seuqences in RNAML files that have no ID

JAL-1489 change initial value to distinguish non-rna from valid and invalid RNA structure with one call to .isValidStructure()

JAL-1592 JAL-1489 avoid invalid RNA structure and distinguish alignment associated from sequence associated structure lines

JAL-1569 rna pair code in secondary structure character of annotation

JAL-674 JAL-1569 mark RNA helix number in the value field

JAL-1569 remove log output during RNA secondary structure processing

JAL-1583 MSA webservice validation

JAL-1342 new command-line parameter -jabaws <URL>

merge commit

JAL-207 pairwise alignment context patch