JAL-1633 set file format on 'translate cDNA'

Merge remote-tracking branch 'origin/merge/JAL-845_JAL-1640' into
features/JAL-845splitPaneMergeDevelop

Conflicts:
src/jalview/gui/Desktop.java

JAL-845 handling eXpand/Gather split frame views

JAL-1264 button labels (for panel currently not linked in menu)

JAL-1655 JAL-845 special support to set column width of protein panel 3*width of dna panel - probably should refactor logic to a SplitFrame.setStyle method call..

JAL-845 avoid OOBException when method is called with only one view

JAL-969 use AlignViewportI interface instance where ever possible in method signatures

JAL-1654 allow font to be specified without modifying column width

note about preserving/reinstating custom grid geometry for alignment (JAL-470) and for cDNA/protein JAL-845

JAL-1640 make font-size changes modify grid size again

JAL-845 - portability patch - workaround for lastToken failing for '\'

added comment to @gmungoc todo about referencing PDB entities in Javascript  - also verified JAL-592 is now a bug again and can be reproduced :(

JAL-845 @mungoc TODO comments - addAlignment needs a bit more thought

JAL-1382 slightly more efficient detection of non-gap entry in deleted region of sequence

JAL-1382 @mungo TODO done: use StringUtils for delete chars

JAL-966 @mungo TODO complete: List rather than bare int array

JAL-1264 unit tests fixed (have to explicit set annotation sort order)

Merge branch 'features/JAL-845splitPaneMergeDevelop' into merge_JAL-845_JAL-1640
minimal conflicts where list accessors were used in methods where logic
also modified on Desktop

Conflicts:
.classpath
resources/lang/Messages.properties
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/gui/Desktop.java
src/jalview/gui/ScalePanel.java
src/jalview/gui/TreeCanvas.java
src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java

Merge branch 'develop' into JAL-1640_stylesettings

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into
features/JAL-845splitPaneMergeDevelop

Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java
src/jalview/datamodel/Sequence.java
src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java
src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java
src/jalview/ext/varna/JalviewVarnaBinding.java
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/AlignViewport.java
src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
src/jalview/gui/Desktop.java
src/jalview/gui/Jalview2XML.java
src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
src/jalview/gui/ScalePanel.java
src/jalview/gui/SeqCanvas.java
src/jalview/gui/SeqPanel.java
src/jalview/gui/TreePanel.java
src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java
src/jalview/ws/AWSThread.java
test/jalview/ws/jabaws/JpredJabaStructExportImport.java
test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java

JAL-845 further code/tests/refactoring

Merge branch 'bug/JAL-1643_File-chooser-improvement' into develop

Conflicts:
.classpath

JAL-1640 new menu allowing view settings to be transferred from any other view on the desktop

JAL-1640 Desktop.getAlignmentPanel and Desktop.getViewports can now take a null argument to get all alignment panels or viewports in the Desktop

JAL-1551 formatting

JAL-1640 more properties moved to style bean and rationalisation of layout update logic (wrap/non-wrap,idwidth,etc) to smaller number of methods

JAL-1551 formatting

JAL-1640 JAL-966 is for boolean getter on AlignViewportI

merge commit

JAL-1643 jarred up the quaqua native libraries and added nativelib
resource tags for Mac OS X

JAL-1643 added quaqua filechooser and jni libraries to the InstallAnywhere distribution

JAL-1643 correct version of quaqua (8) plus THIRDPARTYLIB details

JAL-1643 renamed quaqua library to add version number

JAL-1643 modified jalviewFileChooser to retain default behaviour on other non-mac platforms

JAL-1643 Modified JalviewFileChooser to have a more native laf on mac

comment only

JAL-845 column mapping speed-up

JAL-845 SplitFrame key bindings delegation to AlignFrame menu actions

JAL-845 preparation for awareness of AlignFrame in SplitFrame for save

JAL-845 redundant 'map to self' removed from buildSearchResults

Comments added

JAL-845 code/refactoring/tests related to linking DNA and protein

Merge branch 'bug/JAL-1644_Finder-logic-improvement' into develop

JAL-1644 added null check for sequence description field

JAL-1640 setStyle method and associated tests (required a sameStyle method to be added to interface to test ViewStyleI equivalence)

JAL-966 allow access to viewport interface from alignPanel

JAL-1640 getters and setters for viewStyleI - note the caller needs to trigger view repaints themselves after setting the ViewStyleI for a view

JAL-1640 copy constructor test and implementation by reflection

JAL-715 tweaks for SRBS description string parsing

JAL-1161 JAL-1606 note about awt/swing dependency in interface

Merge commit

JAL-1644 revised Finder's implementation to use a flag to enalbe searching an alignment's sequences description field

JAL-1640 JAL-1551 formatting/imports/remove dead code

JAL-1640 updates to use get/setter on viewportI: efficiencies - temp variables created for redraw loops and temp fields created where redraw involves multiple methods (methods made private where possible to avoid temp field being out of sync)

JAL-1640 separated style operations into a new ViewStyle databean (implements jalview.api.ViewStyleI)

Merge branch 'bug/JAL-1644_Finder-logic-improvement' into develop

JAL-1644 improvment of finder logic to include the sequence description field

JAL-845 linked protein/dna 'slave' further PoC functionality

JAL-1565 automatically mark query sequence as the sequence reference and hide any insertions to it

JAL-674 patch to make Mapping.compareTransferredToRefPDBAnnot test
    pass
        otherwise addAll throws an index not found exception with
inspos==-1

JAL-674 JAL-1270 added settings to ensure temperature and secondary
structure are propagated and finer grain checks on presence of annotation

JAL-1588 new class renamed

Merge branch 'features/JAL-1588saveChimeraSession' into develop

JAL-1588 restoring saved Chimera session(s)

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

JAL-1588 first working (?) restore of Chimera session incl bindings

JAL-1553 added help documentation and updated AnnotationColumnChooser to exclude MigLayout as it is not supported in applets

Merge branch 'feature_29/JAL-1372_referenceseq' into develop

JAL-1541 changed assert to JUnit assert - test now fails for current version of BioJS export method

JAL-1551 formatting

JAL-1286 don't print an exception if a non-gzip stream is attempted to be opened as gzip

JAL-1551 crlf changes

JAL-969 hasHiddenRows is now an interface method

JAL-969 drop the hiddenColumns flag in favour of checking current state of columnSelection

Merge branch 'develop' into feature_29/JAL-1372_referenceseq
finessing between two branches where bugs are patched twice
Conflicts:
src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java

JAL-1619 javadoc/tidy

JAL-1635 show warning if less than 3 columns selected for translation

JAL-1628 tweak signature of core annotation printer for outputting hidden columns and view names via VIEW_HIDECOLS and VIEW_DEF

JAL-1551 formatting/imports

JAL-1551 JAL-962 formatting and code change ripples from changing HiddenColumns & accessor from Vector to List<int[]>

Random DNA generator tarted up

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1553 fixed null pointer exception thrown in SeqCanvas and ScalePanel of jalview applet while attempting to redraw the panels when hidden columns no longer exists

JAL-1551 source code formatting

JAL-969 javadoc and mark interface overrides for clarity

JAL-1628 drop getShowAnnotation accessor in favour of isShowAnnotation in AlignViewportI and change method signature for printing annotation files to allow view (for column selection) and alignment object to be accessed

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

JAL-1553 added applet support for the select-column-by-annotation-row feature

JAL-1372 JAL-1169 documentation for new commands HIDE_INSERTIONS AND VIEW_SETREF

JAL-1619 refactoring / tests to support 'align linked dna as protein'

Merge branch 'develop' into feature_29/JAL-1372_referenceseq

tidy up class files that shouldn't be in repo

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

clean up

clean up

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

Further abstractions and clean up

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

basic house keeping