Close all added

select menu

Paintrefresh alignpanel

set seqColours null

recalc cons for group size change

Commands, history, consensus, refresh updated

Paste uses alt rather than shift

Single seq Blc file detection

we already have c defined

REload from URL

Enable lower case colours

Dont readd identical DBRef

Use j not i

Fasta files with * read not identified as BLC

Querystring made from line tokenized seq name, seq refs held with what was sent to uniprot

Colours in viewport

Text colour adapter

sequence colours and text colours added

colours in viewport

Save text colours

Group Menu level changed

Colour text

Sequence colour in viewport

Format menu item

text colour saved

Sequence colour moved to viewport

Text colour for group

Save text colours

remove system.out

tooltip

Shortcuts

smooth font gone, setFileName and close open alignPanel

close frame true

smooth fonts moved here

cut and paste input output

close menu item true

New window

Smooth fonts

Shortcuts

Check conensus is not null

alignFrame.setFileName

Cutandpaste used for input/output

1.1 compatible

Reload alignment

Reload alignment

Set description

currentSeq and set description in dataset

Text by default

Use sequence description

Dont set the dataset name and description

Tooltip on mouseover

Apple friendly

Remove unnecessary imports

warning note added to consequence

Dont load trees if copying Viewport

Check features.length>0

Color updated for new seq, OK is default option

Tidy up group size after alignmentChanged

hidden seqs and setOrder bug fixed

Add keylistener to InternalFrame, not canvas

Only recalc consensus for start to end of group

Only calculate consenus from start to end

If start is not zero, we need to put -- at the start

example links

Remember fileName in alignFrame

dont limit menu size

accelerators, save menu item

Alignpanel is not new if copied from j2xml

Consensus may already have been removed

Remove unnecessary refresh

Use Jalview2XML to copy AlignmentPanel

return if image is null

Update editMenuBar after alignment  changed

Set menu state in alignFrame

Fire align change for case change

History is per viewport

selected states set in updateMenusFromViewport

Use system path separator char

dasregistry is now dasregistry.org

Fix for feature name amended

shift I to inverse sequence selection

Append html

Update features

conservation lock

deleteSequenceFeature

Remove consensus annotation if out of memory

updatingConsensus, updatingConservation is static - only one thread can run the calculation at once, otherwise we'll go out of memory

PaintRefresher can calculate seqs added or removed

Dont remove or add PaintRefresher registrations for explode, gather views

-1 error

Reset colour schemes and alignmentChanged moved to viewport

If sequence is null, dont add it

New padgaps works out number of gaps to insert, delete

Rename old properties file before writing new

Focus listener on Tabbed pane, gives keyboard focus back to alignFrame

Only adds history item if size>0

Returns number of columns deleted

Remove system.out

void changeCase(ActionEvent e

set quality to null if removed