Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 MCview package renamed mc_view in test classes

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 fixes Jmol going into debug mode

much faster PDB file processing if it doesn't print every line as it
goes!

JAL-2717 corrected i18n of colour scheme names

JAL-3026 fixes ?j2strace=xxx message, user.home, error msg in
ItentifiersUrlProvider

JAL-3032 JAL-3084 test class for JS layout bug(s)

JAL-3026 JSONObject: removing annotation sensing

swingjs.JSSAXParser working for Jalview

JAL-3026 JmolData running; new run time and transpiler.

Run build-site.xml and possibly do a clean build.

mc_view references were MCview

JAL-3026 MCview -> mc_view

SwingJS requires standard package and class capitalization;
_ added to avoid PC capitalization issue

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 j2sClazz.js fixes

// BH 8/20/2018 3.2.2.04 adds character.isJavaIdentifierPart$C and
several Character...$I equivalents
// BH 8/19/2018 3.2.2.04 fixes Enum .name being .$name
// BH 8/16/2018 3.2.2.04 fixes Character.toTitleCase$C,
[Integer,Long,Short,Byte].toString(i,radix)

JAL-3032 Feature Settings menu item always enabled (restored)

JAL-3032 variant of Sequence Details panel for JalviewJS

JAL-3084 force EPS output to "Text" for JalviewJS

JAL-3084 hide startup file, Chimera, HTML/SVG, Web Services options/tab
in JalviewJS

Adds org.json (along with "org.json.simple") for
jalview.io.JSONFile.java

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

fixes for anonymous classes; preliminary Jmol classes

Problem: anonymous classes that reference superclass finals may not
escape them properly with $. (drag-drop of PDB file)

Jmol classes into libjs, but not working yet, since we need to now
distinguish between JavaScript/AWT for application and JavaScript/noAWT
for standard JSmol applet

JAL-3048 remove obsolete way of handling dialogs in JalviewJS

JAL-3048 adapt 'input from URL' dialog for JalviewJS

JAL-3038 unit test updates for JalviewJS workaround hack

JAL-3038 workaround to replace editable combobox with text field in JS

JAL-3026 Character.toUpperCase

JAL-3026 SwingJS-site.zip fix

Merge branch 'bug/JAL-3082selectRegex' into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3082 one more test condition

JAL-3082 handle regex error, exclusive threshold, unit tests

Java2Script 3.2.2_04 fixes Clazz._exceptionOf P$ issue

JAL-3048 use JS-compatible JvOptionPane method

Merge branch 'feature/JAL-3080clearTreeGroups' into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3080 remove tree partition if no groups created

JAL-3078 reset Tree font (only!) on Cancel

JAL-3032 tidy AlignmentProperties display for JalviewJS

JAL-3056 no Save/Load colours xml in JalviewJS

JAL-3026 refines, generalizes build-site.xml

JAL-3026 refines, generalizes build-site.xml

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

Java2Script 3.2.2 upgrade

JAL-3026 major update 1/2

- Java2Script 3.2.2 Java 8 ready
- fix for scrollbar returning 3.99999996 instead of 4
- fix for checkboxes too low

- drop in new transpiler
- run eclipsec -clean
- run build-site.xml

JAL-3056 suppress Lineart option in JalviewJS

JAL-3071 turn off 'mousedDragging' when stopping scrolling

JAL-3071 IdPanel.ScrollThread for JalviewJS, Javadoc

JAL-3071 SeqPanel scroll thread now interruptible in JalviewJS

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-3072scrollThread' into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3073 select columns if dragging sideways in a graph annotation

JAL-3074 don't scroll up/down on drag out of scale or annotation panel, performance tweaks

JAL-3072 SeqPanel.stopScrolling on mouse up in scale or annotation panel

JAL-3026 Java 8 upgrade and JTabbedPane

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

merged

JAL-3032 minor SwingJS fixes for java.lang.reflect

adds java.lang.reflect.Field

JAL-3056 suppress News menu item, remove unneeded j2sNative

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 JAL-3033 update classpath.js with new Jmol library version

JAL-3056 suppress menu options, and repoint Help, for JalviewJS

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 adds missing Character.valueOf(C)

JAL-3048 javadoc and code tidy

JAL-3048 check for headless

JAL-3032 test updates to match change to implementation

JAL-3049 corrected code and unit tests

JAL-3048 all image export (alignment, tree, PCA, Jmol) now via ImageExporter and JalviewJS compatible

adds Boolean.prototype.objectValue()

MigInfo.com layout fixe (again?) libjs rebuilt

adds java.util.ComparableTimSort

Jal-3032 adds Font.getPSName()

JAL-3032 upgrade to Jmol 14.29.17; clearing of src2 directory

probably should put .gitignore on src2. Sorry about that.

allows for null Jmol viewer

JAL-3032 Jmol upgrade org.jmol.java.BS -> javajs.util.BS

JAL-3026 upgrades Jmol to 14.29.17 for Java.

JAL-3026 Transpiler fix for GD#75 stockholm

PAL-3026 missing vertical numbers for wrapped pane

JAL-3026 scrollbar fix GD#, not compiling on Mac issue

PAL-3026 Java 8 stream fix for

.stream().filter().map().sorted().forEach()

adds README for srcjar directory

adds comment

JAL-3032 moving Mungo's original JalviewJS.java out of src

adding unused/ for legacy reference.

JAL-3032 adds Java 8 functionality (2/2)

 the "::" operator
 lambda expressions
 java.util.function.*
 java.util.stream.*
 default methods in interfaces

JAL-3032 adds Java 8 functionality (1/2)

 the "::" operator
 lambda expressions
 java.util.function.*
 java.util.stream.*
 default methods in interfaces

JAL-3048 test updated for AlignExportSettings changes

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3048 JalviewJS compliant use of LineartOptions dialog

JAL-3048 revised AlignExportSettings dialog with response action

Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026

Merge branch 'task/JAL-3047_clovercoverage' into develop

JAL-3047 don't set classes unconditionally (forgot to delete it in earlier patch)

JAL-3048 inlined 1-line methods, small refactor of ImageMaker.TYPE

JAL-3048 revert saveAs action so it works in Javascript too

JAL-3026 updated featurecolourtooltip method signature in tests

JAL-3048 JAL-1353 bug demo update for refactored edit name dialog

JAL-3048 update tests for alignment export bean refactoring

JAL-3048 add additional wrapper methods for JOptionPane to ensure JvOptionPane tests can run unattended

JAL-3048 test for successful save with refactored saveAlignment method

Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026
clover artefacts added to gitignore. nb - .classpath is now ignored - may need to be redacted

JAL-3033 clean eclipse log before each new js-build

JAL-3033 clean the site directory before compilation in eclipse

JAL-3033 echo eclipse log to stdout for buildlog