JAL-2371 commented code removed only

JAL-2371 rename global/viewportColourScheme to residueShading

JAL-2385 more tests/bug fixes mostly for gui.SliderPanel and some
JAL-2371 tidying

JAL-2371 CollectionColourScheme renamed ResidueShader and moved to
jalview.renderer

JAL-2099 belated unit test

JAL-2360 JAL-2371 updates from review CR-JAL-1

JAL-2360 corrected comment

JAL-2360 C is Pink with consensus > 85% (not 100%)

Merge branch 'features/JAL-2360colourSchemeApplicability' into features/JAL-2371collectionColourScheme

Merge branch 'develop' into features/JAL-2360colourSchemeApplicability

Conflicts:
src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

JAL-2344 test fix and code tidy for review comments

JAL-2380 code tidy after review

JAL-2344 push Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY") inside method

JAL-2386 unit tests for change colour (and minor refactoring for
testability)

JAL-2386 simplify changeColour (doesn't change colour thresholds)

Merge branch 'features/JAL-2360colourSchemeApplicability' into features/JAL-2371collectionColourScheme

Merge branch 'develop' into features/JAL-2360colourSchemeApplicability

JAL-2385 tweak to applet 'switch colour slider context'

Merge branch 'features/JAL-2360colourSchemeApplicability' into
features/JAL-2371collectionColourScheme

Conflicts:
src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
src/jalview/gui/SliderPanel.java

Merge branch 'develop' into features/JAL-2360colourSchemeApplicability

JAL-2385 update slider settings when switching slider panel focus

Merge branch 'features/JAL-2360colourSchemeApplicability' into
features/JAL-2371collectionColourScheme

Conflicts:
src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
src/jalview/gui/Jalview2XML.java
src/jalview/gui/SliderPanel.java

JAL-2383 fixup from last merge

Merge branch 'develop' into features/JAL-2360colourSchemeApplicability

Conflicts:
src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
src/jalview/gui/PopupMenu.java

JAL-2383 check for null, spelling

JAL-2383 make popup colour menu order and wording consistent

JAL-2383 restore group conservation slider setting from project

Merge branch 'develop' into features/JAL-2360colourSchemeApplicability

Conflicts:
src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java

JAL-2383 restore PID colour threshold from project; enable/disable
modify PID/Conservation (and add to popup menus)

JAL-2370 unit tests for extracted ColumnSelection.stretchGroup()

JAL-2370 corrected applet mouse drag, refactored into ColumnSelection

JAL-2370 fix bug when hiding a range including two or more hidden ranges

Merge branch 'features/JAL-2360colourSchemeApplicability' into features/JAL-2371collectionColourScheme

Merge branch 'develop' into features/JAL-2360colourSchemeApplicability

Conflicts:
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java

JAL-1270 class renamed

JAL-2380 fix Matrix.postMultiply()

JAL-1270 tweaks to AlignmentGenerator / client class

JAL-1270 renamed AlignmentGenerator, and added peptide option

JAL-2379 null references to PCA model when panel is closed

JAL-2344 now flagging formats as 'identifiable' instead of 'dynamic'

JAL-2344 separated AlignmentFileI into AlignmentFileReaderI,
AlignmentFileWriterI

JAL-2344 groovy script that registers a new file format

JAL-2344 FileFormats singleton for formats, FileFormatI simplified

JAL-2344 addSequence() method added to support Groovy parser

JAL-2377 avoid infinite loop formatting 1.0E-310

JAL-2371 pull up isNucleotide to SequenceCollectionI

JAL-2371 remove ColourSchemeI.findColour(c), pure interface groovy
script

JAL-2371 slight simplification of findColour overrides

JAL-2371 correct Clustal, Blosum, PID colouring of consensus logo

Merge branch 'features/JAL-2360colourSchemeApplicability' into features/JAL-2371collectionColourScheme

JAL-2360 findColour() with no args removed from ColourSchemeI

Merge branch 'features/JAL-2360colourSchemeApplicability' into features/JAL-2371collectionColourScheme

Merge branch 'develop' into features/JAL-2360colourSchemeApplicability

JAL-2374 unit test for (modified) Alignment.findGroup()

JAL-2374 fix popup out by one and multiple groups bugs

JAL-2371 add test for toggling ignore gaps with PID colour scheme

Merge branch 'features/JAL-2360colourSchemeApplicability' into
features/JAL-2371collectionColourScheme

Conflicts:
src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

Merge branch 'develop' into features/JAL-2360colourSchemeApplicability

Conflicts:
src/jalview/gui/PopupMenu.java

JAL-2373 set state of Above PID, By Conservation in Popup Menu

JAL-2371 tests added

JAL-2371 CollectionColourScheme wraps ColourSchemeI

JAL-2630 first pass groovy colour scheme (with slight refactoring)

JAL-2360 removed UserDefinedColours.userColourSchemes

JAL-2120 JAL-2360 remove obsolete PDBViewer

JAL-2360 fix bug that prematurely created a SequenceGroup

JAL-2360 structure viewers now using ColourMenuHelper, obsolete methods
and fields removed, more methods pulled up

JAL-2360 set new/loaded colour scheme name correctly

JAL-2360 simplified code to create a new colour scheme

JAL-2360 added a table to show score colours

JAL-2360 ColourMenuHelper now builds and selects items in colour menu
for align frame and popup menus

JAL-2360 comment only

JAL-2360 tidy up, simplify isApplicableTo test

JAL-2360 no RNAHelices colouring for groups

JAL-2361 Blosum is enabled for peptide

JAL-1421 add types to Map

JAL-2360 fix incorrect action on Cancel user defined colour for group

JAL-2360 tidy spelling and file contents order only

JAL-2360 Javadoc and test cases for findAnnotation

JAL-2360 testRegisterColourScheme to demonstrate a 'plug-in' scheme

JAL-2360 ColourSchemes holds configured schemes, AlignFrame colour menu
construction and actions done dynamically

JAL-2360 amended toAppletParameter() for reproducible behaviour

JAL-2361 select colour menu item by matching its name to colour scheme
name

JAL-2356 enhanced unit test to verify reuse (or not) of file from cache

JAL-2360 report line number when threshold cannot be parsed as a value

JAL-2360 added UserColourScheme.toAppletParameter+test, hid
parseAppletParameter()

JAL-2360 getColour() renamed to getColourScheme(), handling of "None"
corrected, tests added

JAL-1705 JAL-98 use SortedMap as more accurate type than Map

JAL-2360 refactoring for JalviewColourScheme enum,
ColourSchemeI.getSchemeName(), isApplicableTo()

JAL-1354 use i18n text for expected value

JAL-2360 test added

JAL-2360 added check for null annotations array

JAL-1544 JAL-2360 reformatted help page a bit nicer + spelling fix

Merge branch 'patch/JAL-2197_jpredforjnets' into develop
merge was missed for 2.10.1 release!

JAL-2365 test for lightgray, darkgray not lightGray, darkGray

JAL-2360 code formatting only and if-else changed to switch

JAL-2361 adding items to applet colour menus, TCoffee colour to desktop
popup menu, extracted PopupMenu.buildColourMenu()

JAL-2361 extract methods to (re-)build colour menu

JAL-2360 simplify nucleotide flag, remove setter

JAL-2361 use consistent colour names on menus

JAL-1544 backgroud -> background