JAL-3829 3d-beacons has a custom alignment retrieval model but re-uses the parseAlignment method from sequence fetcher

JAL-3674 Jmol seems to sometimes return a null for some commands, handle it at source

JAL-3829 fixed up the 3d-beacons data columns definitions, tests and client.

JAL-3829 JAL-2176 - TODO re unused argument in FTSRestClientI

JAL-3829 tidying up PDBFTSRestClient test responses - still one failing external test which expects to raise a server exception

JAL-3829 Javadoc for FTSColumnPreferences

JAL-3829 pushed the PDBFTSClient specific code to new ‘StructureChooserQuerySource’ class in preparation for adapting it to query 3d-beacons

JAL-3829 removed unneeded attribute in FTS core

JAL-3829_spike minor changes

JAL-3832 Gui working, with 3DBeacons parameters

Merge branch 'arnaud/develop' into arnaud/JAL-3929_spike, to insert the
previous changes

JAL-3829 forgot to add in the dummy 3d-beacons db proxy

JAL-3674 Jmol seems to sometimes return a null for some commands, handle it at source

JAL-3855 suppress NPE when trying to retrieve SIFTS mappings for Alphafold PDB IDs

JAL-3855 ALPHAFOLD database source based on the PDB retriever

JAL-3855 check if an alpha fold ID and retrieve using that source

JAL-3855 check for existence of an alpha fold model when pinging the PDBe

JAL-3855 convenience method to check a URL will return a 200

JAL-3850 fixed full class name

JAL-3850 using reflection for SimpleHttpFileServerFactory

JAL-3594 Updated the Jalview Develop getdown splashscreen image with Geoff's license free photo

JAL-3840 don’t update the modal residue count for gaps

fixes JAL-3840

JAL-3840 failing test - show that addGaps overflows

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3830_macOS_bundle_wrapper

JAL-3248 Moved old README to doc/old_README and put pointers in new README for deskopt application building and JalviewJS building

JAL-3743 JAL-3745 Fixed NullPointerExceptions happening with linkCheck and jalviewjsTranspile tasks when gradle >= 6.6

JAL-3833 Allow setHiDPI and setHiDPIScale to work more usefully in real life

JAL-3833 cap the scaling used by HiDPISetting for incorrect DPI values or incorrect height/width values

JAL-3830 Improved jalview.bat to find either pwsh.exe or powershell.exe, and give better messages to the user

JAL-3832 dummy 3d-beacons database client and code to create the TDBeaconsFTSPanel via the sequence fetcher dropdown menu

JAL-3829 more testing wit tdbeacons data columns and FTSclient

JAL-3829 attempt to fix my changes to follow the Jira issue

JAL-3830 BAT file wrapper around powershell, so jalview works in command prompt. Added install4j option for installer to add Jalview's bin dir to Path in Windows. Added install4j option to create symlink to bash script to user's local bin (first of ~/bin, ~/.local/bin, ~/local/bin, ~/opt/bin that exists. First two of these usually automatically in PATH).

JAL-3830 Follow all SymbolicLinks in Windows powershell wrapper

fixed last commit

Request now parses the whole structures, need to fix the result

JAL-3830 delete channel.props and channel.propsv when uninstalling

TDB.executeRequest fix & test passed

Added (and passed !)all the FTS tests from test.fts.core

Created 3Dbeacons data_columns.txt Test passed for data columns

JAL-3830 Moved wrappers to bin/jalview.* and make a symlink bin/jalview. Install4j script now jalviewg

JAL-3830 Allow paths to start with '~'. Make path check more succinct.

JAL-3830 Now using a single universal bash script (jalviewc) for bash in linux, macos, cygwin and WSL. It keeps things together.

JAL-3830 add the windows bash script to getdown files and install4j installers

JAL-3830 bash script that works in both cygwin and WSL (Windows Subsystem for Linux)

JAL-3830 Delete wrapper scripts and getdown *v files when uninstalling

JAL-3830 powershell wrapper tested on linux, macos and windows including spaces in paths.  This is the way.

added untracked parsing attempts files

Adding tests for 3DB,  currently 2/4 corrects on PanelTest

JAL-3830 minor fix in powershell wrapper

JAL-3830 powershell follows symlinks as they do exist in NTFS, and of course in linux

JAL-3830 Powershell wrapper now works cross-platform.  Who needs bash?!

JAL-3830 Make wrapper scripts executable

JAL-3830 powershell wrapper tested and fixed

JAL-3830 improved bash scripts. Added powershell script. Needs testing

JAL-3830 unix and macos wrappers. Symbolic link to jalviewc-macos in Contents/MacOS/jalviewc.

JAL-3830 Improved for .app dir name with spaces, e.g. Jalview Local. Tested on mac to be working.

JAL-3830 install4j adds script to Jalview.app/Contents/MacOS/jalview but we need install4j9 to make it executable

JAL-3830 first draft of wrapper script to go in macOS Jalview.app/Contents/MacOS/jalview

Merge branch 'task/JAL-3796_notarization' into develop

Merge branch 'develop' into task/JAL-3796_notarization

JAL-3796 minimal steps for notarization and the entitlements.txt file needed for the codesign tool

JAL-3618 Enable appBundleIsTraversable in JFileChooser on macOS

JAL-3594 Allow a channel to use a different preferences file than .jalview_properties, with initial read from .jalview_properties

First commit of 3DB FTS Panel & Restclient

JAL-3822 pass panel height and width to wrapped geometry calculations

JAL-2422 remove temporary patch (requires ChimeraX Daily or 1.2 build)

JAL-3821 patch for 2.11.2 to retrieve RNA ENA records as RNA

Merge branch 'feature/JAL-3692enaEndpoint' into patch/for2.11.2/JAL-3821_ena_rna_moltype

JAL-3251 On linux set (sun.awt.X11.XToolkit.)awtAppClassName to set the grouped application name in the taskbar

JAL-3521 Changed wording of INSTALLATION in source tarball build_properties

JAL-3521 Adding a build_properties into sourceDist tarball, with INSTALLATION=SourceDist git-commit...

JAL-2422 updated unit test for ChimeraX command change

JAL-2422 a fix and a fudge for two failing ChimeraX commands

Merge branch 'task/JAL-3796_notarization_no_uninstaller' into develop

Merge branch 'task/JAL-3805_Remove_Uninstall_Old_Jalview_application_for_develop_branch' into task/JAL-3796_notarization_no_uninstaller

Merge branch 'develop' into task/JAL-3796_notarization_no_uninstaller

Merge branch 'develop' into task/JAL-3796_notarization

JAL-3521 Updating file opening marker to %u

JAL-3521 Debian mime-type and desktop helper files, and script to create them

JAL-3805 Smaller DMG Finder windows for all DS_Store files in utils/channels/... .  Removed no longer used DS_Store files from utils/install4j.

JAL-3805 New DS_Store for smaller DMG Finder window

JAL-3805 Remove Uninstall Old Jalview.app in Release_2_11_1_Branch

JAL-3038 corrected code that reads editable JComboBox text input

JAL-3796 update signature for uninstaller on OSX

JAL-3796 update to Install4j 8.0.10 and add config for code notarization

JAL-3789 Use j2s.config.altfileproperty in .j2s for alternative temporary build/jalviewjs/config/j2s settings file when running a headless build in gradle

JAL-3789 New swingjs for Java2Script 3.2.10 with j2s.config.altfileproperty

JAL-3280 Fixed the version checking URL formulation (getdown build_properties) for jalviewjs, can also use it for jalviewjs in future

JAL-3783 Reverting to using groovy-all-2.4.12-indy.jar to fix serious problem with Groovy console using shadowJar

JAL-3628 Test for doubly saved single backup file scheme

JAL-3594 Allow setting of getdownappbase and getdowndistdir properties for DEVELOP channel, and change DEVELOP version to be VERSION-dDATE instead of VERSION-develop.  dDATE will help users know when Jalview Develop applicaiton updated

JAL-3280 Test for remote release build_properties file version check

JAL-3280 fixes after CR-JAL-241. Now only checking release build_properties.

JAL-3280 Pass appbase and appdir from getdown to jalvew. Check appbase (defaults to release appbase) for build_properties VERSION insteadl of jnlp file.

JAL-3594 Defintely want SplashScreen to appear in the Desktop window otherwise it might not be closeable

JAL-3594 Changed building.md to describe -PCHANNEL=JALVIEWJS and JALVIEWJS-TEST

JAL-3594 Changed building.md to reflect change of name of channel_properties to channel.props

JAL-3594 Adjustments to allow JalviewJS to use ChannelProperties, and new utils/channels dir for jalviewjs and jalviewjs-release