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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>27/03/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302 -->Map 'virtual'
  66             codon features shown on protein (or vice versa) for display
  67             in alignments, on structure views and for export.
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
  71             exported and re-imported as GFF3 files
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
  75             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
  79             validation while parsing
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
  83             position if reopened
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
  87             enabled by default
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
  91             tooltips and menus
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
  95             with no feature types visible
  96           </li>
  97         </ul><em>Jalview Installer</em>
  98             <ul>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 101             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 108           </li>
 109               <li>
 110                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 111               <li>
 112                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 113         </ul> <em>Release processes</em>
 114         <ul>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 117           </li>
 118         </ul> <em>Build System</em>
 119         <ul>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 125             report
 126           </li>
 127         </ul>
 128         <ul>
 129           <em>Groovy Scripts</em>
 130           <ul>
 131             <li>
 132               <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA
 133               file to stdout containing the consensus sequence for each
 134               alignment in a Jalview session
 135             </li>
 136           </ul>
 137         </ul>
 138       </td>
 139       <td align="left" valign="top">
 140         <ul>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 143             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 144             features are visible
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 148             equal when split frame is first opened
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 152             correct after editing a sequence's start position
 153           </li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 156             with annotation and exceptions thrown when only a few
 157             columns shown in wrapped mode
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 161             wrapped alignment figure with annotations
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 165             ID fails with ClassCastException
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 169             Project
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 173             feature settings dialog also selects columns
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 177             IllegalArgumentException in some circumstances
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 181             opened for a view
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 185             alignment window is closed
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 189             help documentation for 2.11.0 release
 190           </li>
 191         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 192         <ul>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 195             PDB/Uniprot search panel
 196           </li>
 197         </ul> <em>Installer</em>
 198         <ul>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 201             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 202           </li>
 203         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 204         <ul>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 207             repository
 208           </li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 211             memory
 212           </li>
 213         </ul> <em>New Known Issues</em>
 214         <ul>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 217             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 218             command line
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 222             clipped in headless figure export when Right Align option
 223             enabled
 224           </li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 227             'Source' in console output
 228           </li>
 229         </ul>
 230       </td>
 231     </tr>
 232     <tr>
 233       <td width="60" align="center" nowrap>
 234           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 235             <em>04/07/2019</em></strong>
 236       </td>
 237       <td align="left" valign="top">
 238         <ul>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 241             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 242             source project) rather than InstallAnywhere
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 246             settings, receive over the air updates and launch specific
 247             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 248               Rings' GetDown</a>)
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 252             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 256             arguments and switch between different getdown channels
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 260             or alignment files
 261           </li>
 262
 263           <li>
 264             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 265             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 266           <li>
 267             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 268             'Translate as cDNA'</li>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 271           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 272             <ul>
 273                       <li>
 274             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 275             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 276           <li>
 277                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 278                 features can be filtered and shaded according to any
 279                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 280                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 281                 file)
 282               </li>
 283               <li>
 284                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 285                 stored and restored from Jalview Projects
 286               </li>
 287               <li>
 288                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 289                 recognise variant features
 290               </li>
 291               <li>
 292                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 293                 sequences (also coloured red by default)
 294               </li>
 295               <li>
 296                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 297                 details
 298               </li>
 299               <li>
 300                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 301                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 302               </li>
 303               <li>
 304                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 305                 dialog
 306               </li>
 307             </ul>
 308           </li>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 311             tree and PCA calculations
 312           </li>
 313           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 314             <ul>
 315               <li>
 316                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 317                 and Viewer state saved in Jalview Project
 318               </li>
 319               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 320                 drop-down menus</li>
 321               <li>
 322                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 323                 incrementally
 324               </li>
 325               <li>
 326                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 327               </li>
 328             </ul>
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 332           </li>
 333           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 334           <ul>
 335               <li>
 336                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 337                 multiple groups when working with large alignments
 338               </li>
 339               <li>
 340                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 341                 Stockholm files
 342               </li>
 343             </ul>
 344           <li><strong>User Interface</strong>
 345           <ul>
 346               <li>
 347                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 348                 view
 349               </li>
 350               <li>
 351                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 352                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 353                 default (can be changed in user preferences)
 354               </li>
 355               <li>
 356                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 357                 to the Overwrite Dialog
 358               </li>
 359               <li>
 360                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 361                 sequences are hidden
 362               </li>
 363               <li>
 364                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 365                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 366               </li>
 367               <li>
 368                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 369                 labels
 370               </li>
 371               <li>
 372                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 373                 when in wrapped mode
 374               </li>
 375               <li>
 376                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 377                 annotation
 378               </li>
 379               <li>
 380                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 381               </li>
 382               <li>
 383                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 384                 panel
 385               </li>
 386               <li>
 387                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 388                 popup menu
 389               </li>
 390               <li>
 391               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 392               <li>
 393               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 394
 395
 396             </ul></li>
 397             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 398           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 399             <ul>
 400               <li>
 401                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 402                 trapping CMD-Q
 403               </li>
 404             </ul></li>
 405         </ul>
 406         <em>Deprecations</em>
 407         <ul>
 408           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 409             capabilities removed from the Jalview Desktop
 410           </li>
 411           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 412             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 413             and XML based data retrieval clients</li>
 414           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 415           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 416         </ul> <em>Documentation</em>
 417         <ul>
 418           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 419             not supported in EPS figure export
 420           </li>
 421           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 422         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 423         <ul>
 424           <li>
 425           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 426           </li>
 427       <li>
 428       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 429           <li>
 430           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 431             gradle-eclipse
 432           </li>
 433           <li>
 434           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 435             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 436             execution
 437           </li>
 438           <li>
 439           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 440             operations
 441           </li>
 442           <li>
 443           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 444             issues resolved
 445           </li>
 446           <li>
 447           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 448             markdown (with HTML rendering)
 449           </li>
 450           <li>
 451           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 452           </li>
 453           <li>
 454           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 455             versions of Jalview
 456           </li>
 457         </ul>
 458       </td>
 459       <td align="left" valign="top">
 460         <ul>
 461           <li>
 462             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 466             superposition in Jmol fail on Windows
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 470             structures for sequences with lots of PDB structures
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 474             monospaced font
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 478             project involving multiple views
 479           </li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 482             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 483             Annotation dialog hides columns
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 487             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 488             one view, then making another selection in the other view
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 492             columns
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 496             Settings and Jalview Preferences panels
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 500             overview with large alignments
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 504             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 505             mouse moved to the left of the first column
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 509             hidden column marker via scale popup menu
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 513             doesn't tell users the invalid URL
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 517             score from view
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 521             show cross references or Fetch Database References are shown in
 522             red in original view
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 526             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 530             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 534             when columns are hidden
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 538             Columns by Annotation description
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 542             out of Scale or Annotation Panel
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 546             scale panel
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 550             alignment down
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 554             scale panel
 555           </li>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 558             Page Up in wrapped mode
 559           </li>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 568             on opening an alignment
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 572             Colour menu
 573           </li>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 576             different groups in the alignment are selected
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 580             correctly in menu
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 584             threshold limit
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 588             threshold gets 'unrounded'
 589           </li>
 590           <li>
 591             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 592             colour
 593           </li>
 594           <li>
 595             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 602             Tree font
 603           </li>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 606             project file
 607           </li>
 608           <li>
 609             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 610             shown in complementary view
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 614             without normalisation
 615           </li>
 616           <li>
 617             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 618             of report
 619           </li>
 620           <li>
 621             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 622           </li>
 623           <li>
 624           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 625           </li>
 626         </ul> <em>Editing</em>
 627         <ul>
 628           <li>
 629             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 630             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 631             sequence
 632           </li>
 633           <li>
 634             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 635             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 636             removed (Known defect since 2.10)
 637           </li>
 638           <li>
 639             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 640             dialog corrupts dataset sequence
 641           </li>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 644             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 645           </li>
 646         </ul> <em>Datamodel</em>
 647         <ul>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 650             sequence's End is greater than its length
 651           </li>
 652         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 653           general release)</em>
 654         <ul>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 657           </li>
 658         </ul> <em>New Known Defects</em>
 659         <ul>
 660         <li>
 661         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 662         </li>
 663         <li>
 664           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 665           regions of protein alignment.
 666         </li>
 667         <li>
 668           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 669           is restored from a Jalview 2.11 project
 670         </li>
 671         <li>
 672           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 673           'New View'
 674         </li>
 675         <li>
 676           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 677           columns within hidden columns
 678         </li>
 679         <li>
 680           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 681           window after dragging left to select columns to left of visible
 682           region
 683         </li>
 684         <li>
 685           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 686           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 687           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 688           create a Score filter instead.
 689         </li>
 690         <li>
 691         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 692         <li>
 693         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 694         </li>
 695         <li>
 696           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 697           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 698         </li>
 699         </ul>
 700         <em>Java 11 Specific defects</em>
 701           <ul>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 704               alphabetically when saved
 705             </li>
 706         </ul>
 707       </td>
 708     </tr>
 709     <tr>
 710     <td width="60" nowrap>
 711       <div align="center">
 712         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 713       </div>
 714     </td>
 715     <td><div align="left">
 716         <em></em>
 717         <ul>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 720               InstallAnywhere increased to 1G.
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 724               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 725               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 726                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 727                 properties file.</em>
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 731               API and sequence data now imported as JSON.
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 735               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 736               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 737               property.
 738             </li>
 739           </ul>
 740           <em>Development</em>
 741           <ul>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 744               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 745                 Clover</a>
 746             </li>
 747           </ul>
 748         </div></td>
 749     <td><div align="left">
 750         <em></em>
 751         <ul>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 754               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 755               alignment.
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 759               annotation displayed.
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 763               for newly created group when 'Apply to all groups'
 764               selected
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 768               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 769               visible.
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 773               when sequences are selected in exported view.</em>
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 777               aren't rendered with correct colour.
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 781               types of knotted RNA secondary structure.
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 785               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 786               do not start at 1.
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 790               annotation when columns are inserted into an alignment,
 791               and when exporting as Stockholm flatfile.
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 795               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 796               treated as RNA secondary structure.
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 800               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 804               transfers focus to previous window on OSX
 805             </li>
 806           </ul>
 807           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 808           <ul>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 811               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 812               box.
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 816               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 817               'look and feel' which has improved compatibility with the
 818               latest version of OSX.
 819             </li>
 820           </ul>
 821         </div>
 822     </td>
 823     </tr>
 824     <tr>
 825       <td width="60" nowrap>
 826         <div align="center">
 827           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 828             <em>7/06/2018</em></strong>
 829         </div>
 830       </td>
 831       <td><div align="left">
 832           <em></em>
 833           <ul>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 836               annotation retrieved from Uniprot
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 840               onto the Jalview Desktop
 841             </li>
 842           </ul>
 843         </div></td>
 844       <td><div align="left">
 845           <em></em>
 846           <ul>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 849               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 853               right-hand column parsed correctly
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 857               not alignment area in exported graphic
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 861               window has input focus
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 865               annotation added to view (Windows)
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 869               network connectivity is poor
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 873               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 874                 the currently open URL and links from a page viewed in
 875                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 876                 you are using Edge, only links in the page can be
 877                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 878                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 879             </li>
 880           </ul>
 881           <em>New Known Defects</em>
 882           <ul>
 883             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 884           </ul>
 885         </div></td>
 886     </tr>
 887     <tr>
 888       <td width="60" nowrap>
 889         <div align="center">
 890           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 891         </div>
 892       </td>
 893       <td><div align="left">
 894           <em></em>
 895           <ul>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 898               for disabling automatic superposition of multiple
 899               structures and open structures in existing views
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 903               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 904               adjust them.
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 908               Ensembl services
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 912               and lots of hidden columns
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 916               of features (particularly when transparency is disabled)
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 920               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 921               generally available
 922             </li>
 923           </ul>
 924           </div>
 925       </td>
 926       <td><div align="left">
 927           <ul>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 930               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 934               overlapping alignment panel
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 938               sequence as gaps
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 942               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 943               UTR
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 947               factor annotation not added to sequence when local PDB
 948               file associated with it by drag'n'drop or structure
 949               chooser
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 953               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 957               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 961               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 965               columns in annotation row
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 969               honored in batch mode
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 973               for structures added to existing Jmol view
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 977               entries after importing project with multiple views
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 981               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 982               with negative residue numbers or missing residues fails
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 986               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 987               as generated by CONSURF)
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 991               tooltip doesn't include a text description of mutation
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 995               structure and/or overview windows are also shown
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 999               very slow for alignments with large numbers of sequences
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1003               with 'StringIndexOutOfBounds'
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1007               platforms running Java 10
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1011               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1012             </li>
1013           </ul>
1014           <em>Applet</em>
1015           <ul>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1018               should copy the group consensus when popup is opened on it
1019             </li>
1020           </ul>
1021           <em>Batch Mode</em>
1022           <ul>
1023           <li>
1024             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1025           </li>
1026           </ul>
1027           <em>New Known Defects</em>
1028           <ul>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1031               editing a large alignment and overview is displayed
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1035               repeatedly after a series of edits even when the overview
1036               is no longer reflecting updates
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1040               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1041               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1042               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1046               option gives blank output
1047             </li>
1048           </ul>
1049         </div>
1050           </td>
1051     </tr>
1052     <tr>
1053       <td width="60" nowrap>
1054         <div align="center">
1055           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1056         </div>
1057       </td>
1058       <td><div align="left">
1059           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1060               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1061       <td><div align="left">
1062           <em>Desktop</em><ul>
1063           <ul>
1064             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1065             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1066             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1067             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1068             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1069             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1070             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1071           </ul>
1072           </div>
1073       </td>
1074     </tr>
1075     <tr>
1076       <td width="60" nowrap>
1077         <div align="center">
1078           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1079         </div>
1080       </td>
1081       <td><div align="left">
1082           <em></em>
1083           <ul>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1086               rendering of sequence features
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1090               429 rate limit request hander
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1094               their colours have changed
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1098               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1102               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1106               view from Ensembl locus cross-references
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1110               Alignment report
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1114               feature can be disabled
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1118               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1122               Uniprot
1123             </li>
1124           </ul>
1125           <em>Scripting</em>
1126           <ul>
1127             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1128             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1129               percent identity scores for current alignment.</li>
1130           </ul>
1131           <em>Testing and Deployment</em>
1132           <ul>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1135             </li>
1136           </ul>
1137         </div></td>
1138       <td><div align="left">
1139           <em>General</em>
1140           <ul>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1143               threshold text field doesn't trigger an update to the
1144               alignment view
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1148               strings in parallel
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1152               alignment window is closed
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1156               group visibility
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1160               takes a long time in Cursor mode
1161             </li>
1162           </ul>
1163           <em>Desktop</em>
1164           <ul>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1167               cannot be viewed in Chimera
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1171               CDS/Protein view
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1175               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1176               Search Dialogs
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1186               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1190               scrolling right in unwapped alignment view
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1194               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1195               database
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1199               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1203               features of same type and group to be selected for
1204               amending
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1208               alignments when hidden columns are present
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1212               displaying several structures
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1216               moving a window
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1220               within the Jalview desktop on OSX
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1224               when in wrapped alignment mode
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1228               hand end of alignment
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1232               each selected sequence do not have correct start/end
1233               positions
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1237               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1241               restoring project until a new view is created
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1245               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1246               configured (since 2.10.2b2)
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1250               position is adjusted
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1254               in a multi-chain structure when viewing alignment
1255               involving more than one chain (since 2.10)
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1259               if new selection moves alignment window
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1263               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1267               that produces correctly annotated transcripts and products
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1271               doesn't update associated structure view
1272             </li>
1273           </ul>
1274           <em>Applet</em><br />
1275           <ul>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1278               closing alignment panel
1279             </li>
1280           </ul>
1281           <em>BioJSON</em><br />
1282           <ul>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1285               non-positional features
1286             </li>
1287           </ul>
1288           <em>New Known Issues</em>
1289           <ul>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1292               sequence features correctly (for many previous versions of
1293               Jalview)
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1297               using cursor in wrapped panel other than top
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1301               graduated colour threshold
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1305               always preserve numbering and sequence features
1306             </li>
1307           </ul>
1308           <em>Known Java 9 Issues</em>
1309           <ul>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1312               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1313               9.01, OSX 10.10)
1314             </li>
1315           </ul>
1316         </div></td>
1317     </tr>
1318     <tr>
1319       <td width="60" nowrap>
1320         <div align="center">
1321           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1322             <em>2/10/2017</em></strong>
1323         </div>
1324       </td>
1325       <td><div align="left">
1326           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1327           <ul>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1330             </li>
1331             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1332             </li>
1333           </ul>
1334         </div></td>
1335       <td><div align="left">
1336         </div></td>
1337     </tr>
1338     <tr>
1339       <td width="60" nowrap>
1340         <div align="center">
1341           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1342             <em>7/9/2017</em></strong>
1343         </div>
1344       </td>
1345       <td><div align="left">
1346           <em></em>
1347           <ul>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1350               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1351               white)
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1355               Preferences
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1359               in size and progress bar shown as higher resolution
1360               overview is recalculated
1361             </li>
1362
1363           </ul>
1364         </div></td>
1365       <td><div align="left">
1366           <em></em>
1367           <ul>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1370               column region row by row
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1374               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1378               format setting is unticked
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1382               if group has show boxes format setting unticked
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1386               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1387               include sequences and columns not currently displayed
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1391               assemblies are imported via CIF file
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1395               displayed when threshold or conservation colouring is also
1396               enabled.
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1400               server version
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1404               dragging a selected region off the visible region of the
1405               alignment
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1409               colourscheme to all groups in a view
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1413               initially after font size change using the Font chooser or
1414               middle-mouse zoom
1415             </li>
1416           </ul>
1417         </div></td>
1418     </tr>
1419     <tr>
1420       <td width="60" nowrap>
1421         <div align="center">
1422           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1423         </div>
1424       </td>
1425       <td><div align="left">
1426           <em>Calculations</em>
1427           <ul>
1428
1429             <li>
1430               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1431               ungapped positions in each column of the alignment.
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1435               a calculation dialog box
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1439               and memory efficiency (~30x faster)
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1443               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1444               and other calculations
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1448               files within the Jalview codebase
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1452               Similarity may have different topology due to increased
1453               precision
1454             </li>
1455           </ul>
1456           <em>Rendering</em>
1457           <ul>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1460               model for alignments and groups
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1464               scripts
1465             </li>
1466           </ul>
1467           <em>Overview</em>
1468           <ul>
1469             <li>
1470               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1471               with alignment and overview windows
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1475               overview
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1479               omitted in Overview
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1483               adjustment of visible position
1484             </li>
1485           </ul>
1486
1487           <em>Data import/export</em>
1488           <ul>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1491               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1495               annotation input/output via stockholm flatfile
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1499               extension when importing structure files without embedded
1500               names or PDB accessions
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1504               format sequence substitution matrices
1505             </li>
1506           </ul>
1507           <em>User Interface</em>
1508           <ul>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1511               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1512               the application.
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1516               via Overview or sequence motif search operations
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1520               opened by double clicking gaps within sequence feature
1521               extent
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1525               aligned positions were available to create a 3D structure
1526               superposition.
1527             </li>
1528           </ul>
1529           <em>3D Structure</em>
1530           <ul>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1533               coloured in linked structure views
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1537               file-based command exchange
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1541               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1542               structures are already available for sequences
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1546               the Jalview project rather than downloaded again when the
1547               project is reopened.
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1551               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1552               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1553                 Feature</strong>)
1554             </li>
1555           </ul>
1556           <em>Web Services</em>
1557           <ul>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1563               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1564               Analysis services
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1568               cross-references provided by identifiers.org and the
1569               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1570             </li>
1571           </ul>
1572
1573           <em>Scripting</em>
1574           <ul>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1577               identifying file formats (instead of String constants)
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1581               efficiency when counting all displayed features (not
1582               backwards compatible with 2.10.1)
1583             </li>
1584           </ul>
1585           <em>Example files</em>
1586           <ul>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1589               included in the example feature file
1590             </li>
1591           </ul>
1592           <em>Documentation</em>
1593           <ul>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1596               with the built-in Java help viewer
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1600               sequence description' option
1601             </li>
1602           </ul>
1603           <em>Test Suite</em>
1604           <ul>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1607               Uniprot REST Free Text Search Client
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1614               during tests
1615             </li>
1616           </ul>
1617         </div></td>
1618       <td><div align="left">
1619           <em>Calculations</em>
1620           <ul>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1623               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1624               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1625             </li>
1626             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1627               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1628               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1629               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1630               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1631               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1632               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1633               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1634               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1635               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1636               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1637               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1638               // for 2.10.1 mode <br />
1639               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1640               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1641                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1642                 calculations (not recommended)</em></li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1645               scaling of branch lengths for trees computed using
1646               Sequence Feature Similarity.
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1650               generating output report when working with highly
1651               redundant alignments
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1655               right of selected region when gaps present on right-hand
1656               boundary
1657             </li>
1658           </ul>
1659           <em>User Interface</em>
1660           <ul>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1663               doesn't reselect a specific sequence's associated
1664               annotation after it was used for colouring a view
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1668               opened on a region of alignment without groups
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1672               of an alignment with overlapping groups
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1676               name and description match
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1680               hidden regions results in incorrect hidden regions
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1684               changing colour does not apply Conservation slider value
1685               to all groups
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1689               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1693               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1697               gaps before start of features
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1701               restored to UI when feature colour is edited
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1705               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1709               as graduate feature colour settings are modified via the
1710               dialog box
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1714               when a group defined on the alignment is resized
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1718               wrapped view result in positional status updates
1719             </li>
1720
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1723               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1727               alignment included gapped columns
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1731               widgets don't permanently disappear
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1735               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1736               T-Coffee column reliability scores)
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1740               sequence feature on gaps only
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1744               button from a Find inherit previously defined feature type
1745               rather than the Find query string
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1749               exporting tree calculated in Jalview
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1753               and then revealing them reorders sequences on the
1754               alignment
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1758               doesn't update to reflect available set of groups after
1759               interactively adding or modifying features
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1763               Linux
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1767               only excluded gaps in current sequence and ignored
1768               selection.
1769             </li>
1770           </ul>
1771           <em>Rendering</em>
1772           <ul>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1775               erratically when hidden rows or columns are present
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1779               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1780               sequence colouring
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1784               colour and group colour menu for protein alignments
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1788               reflect currently selected view or group's shading
1789               thresholds
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1793               when rendered on overview and structures when opacity at
1794               100%
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1798               overview when features overlaid on alignment
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1802               recovered correctly from Jalview project file
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1806               (automatically via preferences) are different to the main
1807               alignment panel
1808             </li>
1809           </ul>
1810           <em>Data import/export</em>
1811           <ul>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1814               load
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1818               added after a sequence was imported are not written to
1819               Stockholm File
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1823               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1827               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1831               with lightGray or darkGray via features file (but can
1832               specify lightgray)
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1836               when alignment view imported from project
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1840               structure and sequences extracted from structure files
1841               imported via URL and viewed in Jmol
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1845               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1846               the project is loaded and the structure viewed
1847             </li>
1848           </ul>
1849           <em>Web Services</em>
1850           <ul>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1853               release of Ensembl v.88
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1857               appear enabled in Preferences->Connections
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1861               removed from console output
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1865               Ensembl by Peptide ID
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1869               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1870               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1871               due to 'null' string rather than empty string used for
1872               residues with no corresponding PDB mapping).
1873             </li>
1874           </ul>
1875           <em>Application UI</em>
1876           <ul>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1879               menu
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1883               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1884               new documentation and tooltips added)
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1888               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1892               new features are added to alignment
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1896               changes to feature colours via the Amend features dialog
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1900               edit graduated feature colour via amend features dialog
1901               box
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1905               selection menu changes colours of alignment views
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1909               from alignment calculation workers after alignment has
1910               been closed
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1914               groups now 'Create Group'
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1918               Create/Undefine group doesn't always work
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1922               shown again after pressing 'Cancel'
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1926               adjusts start position in wrap mode
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1930               ambiguous amino acids
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1934               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1935               proteins
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1939               Defined' don't appear in Colours menu
1940             </li>
1941           </ul>
1942           <em>Applet</em>
1943           <ul>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1946               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1950               overview or linked structure view
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1954               work (since 2.8)
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1958               user-defined colourscheme doesn't restore original
1959               colourscheme
1960             </li>
1961           </ul>
1962           <em>Test Suite</em>
1963           <ul>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1966               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1970               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1971               problems with deep array comparison equality asserts in
1972               successive versions of TestNG
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1976               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1977             </li>
1978           </ul>
1979           <em>New Known Issues</em>
1980           <ul>
1981             <li>
1982               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1983               phase after a sequence motif find operation
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1987               containing just upper and lower case letters are
1988               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1992               reliably from eggnog Ortholog database
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1996               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1997               to mark columns containing highlighted regions.
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2001               doesn't always add secondary structure annotation.
2002             </li>
2003           </ul>
2004         </div>
2005     <tr>
2006       <td width="60" nowrap>
2007         <div align="center">
2008           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2009         </div>
2010       </td>
2011       <td><div align="left">
2012           <em>General</em>
2013           <ul>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2016               for all consensus calculations
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2020               3rd Oct 2016)
2021             </li>
2022             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2023               for 2016-2017</li>
2024           </ul>
2025           <em>Application</em>
2026           <ul>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2029               set of database cross-references, sorted alphabetically
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2033               from database cross references. Users with custom links
2034               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2035                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2039               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2040               Chimera session
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2044               the Chimera it is connected to is shut down
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2048               columns menu item to mark columns containing highlighted
2049               regions (e.g. from structure selections or results of a
2050               Find operation)
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2054               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2055               MSAviewer
2056             </li>
2057           </ul>
2058         </div></td>
2059       <td>
2060         <div align="left">
2061           <em>General</em>
2062           <ul>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2065               are not coloured or thresholded according to percent
2066               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2070               hydrophobic
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2074               threshold, amino acid properties)
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2078               reported as mapped to residues in a structure file in the
2079               View Mapping report
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2083               could be added multiple times to a sequence
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2087               bond features shown as two highlighted residues rather
2088               than a range in linked structure views, and treated
2089               correctly when selecting and computing trees from features
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2093               cross-references are matched to database name regardless
2094               of case
2095             </li>
2096
2097           </ul>
2098           <em>Application</em>
2099           <ul>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2102               names without regular expressions also offer links from
2103               Sequence ID
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2107               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2108               update Jalview configuration
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2112               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2116               files with similarly named sequences if dropped onto the
2117               alignment
2118             </li>
2119             <li>
2120               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2121               entries where more chains exist in the PDB accession than
2122               are reported in the SIFTS file
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2126               the structure view when displayed with Chimera
2127             </li>
2128             <li>
2129               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2130               panel's View->Show Chains submenu
2131             </li>
2132             <li>
2133               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2134               work for wrapped alignment views
2135             </li>
2136             <li>
2137               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2138               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2142               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2143               first annotation row
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2147               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2151               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2152             </li>
2153             <!-- JAL-2319 -->
2154             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2155             coordindate data
2156             </li>
2157           </ul>
2158           <!--           <em>New Known Issues</em>
2159           <ul>
2160             <li></li>
2161           </ul> -->
2162         </div>
2163       </td>
2164     </tr>
2165     <td width="60" nowrap>
2166       <div align="center">
2167         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2168           <em>25/10/2016</em></strong>
2169       </div>
2170     </td>
2171     <td><em>Application</em>
2172       <ul>
2173         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2174           view if structures already loaded</li>
2175         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2176           structure views</li>
2177       </ul></td>
2178     <td>
2179       <div align="left">
2180         <em>General</em>
2181         <ul>
2182           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2183             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2184           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2185             example sequences/projects/trees</li>
2186         </ul>
2187         <em>Application</em>
2188         <ul>
2189           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2190             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2191           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2192             without timeout for structures with multiple models or
2193             multiple sequences in alignment</li>
2194           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2195             PDB ID HEADER line</li>
2196           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2197             is performed</li>
2198           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2199             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2200           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2201           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2202             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2203             option</li>
2204           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2205             is created on the alignment</li>
2206           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2207             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2208             pop-up menu</li>
2209         </ul>
2210         <em>Build and deployment</em>
2211         <ul>
2212           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2213             tags</li>
2214         </ul>
2215         <em>New Known Issues</em>
2216         <ul>
2217           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2218             on Windows</li>
2219         </ul>
2220       </div>
2221     </td>
2222     </tr>
2223     <tr>
2224       <td width="60" nowrap>
2225         <div align="center">
2226           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2227         </div>
2228       </td>
2229       <td><em>General</em>
2230         <ul>
2231           <li>
2232             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2233           </li>
2234           <li>
2235             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2236             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2237             better PDB parsing.
2238           </li>
2239           <li>
2240             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2241             reference sequence
2242           </li>
2243           <li>
2244             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2245             mousing over sequence associated annotation
2246           </li>
2247           <li>
2248             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2249             for manual entry
2250           </li>
2251           <li>
2252             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2253             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2254             for each column
2255           </li>
2256           <li>
2257             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2258             showing or hiding columns containing a feature
2259           </li>
2260           <li>
2261             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2262             group and sequence associated annotation labels
2263           </li>
2264           <li>
2265             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2266             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2267             dialogs
2268           </li>
2269
2270         </ul> <em>Application</em>
2271         <ul>
2272           <li>
2273             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2274             gene/transcript view
2275           </li>
2276           <li>
2277             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2278             dialog
2279           </li>
2280           <li>
2281             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2282             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2283           </li>
2284           <li>
2285             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2286             Pfam sources to xfam.org
2287           </li>
2288           <li>
2289             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2290           </li>
2291           <li>
2292             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2293             over sequences in Jalview
2294           </li>
2295           <li>
2296             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2297             regions in ENA and EMBL
2298           </li>
2299           <li>
2300             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2301             for record retrieval via ENA rest API
2302           </li>
2303           <li>
2304             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2305             complement operator
2306           </li>
2307           <li>
2308             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2309             groovy script execution
2310           </li>
2311           <li>
2312             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2313             alignment window's Calculate menu
2314           </li>
2315           <li>
2316             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2317             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2318           </li>
2319           <li>
2320             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2321             calculation workers from groovy scripts
2322           </li>
2323           <li>
2324             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2325             Jalview projects
2326           </li>
2327           <li>
2328             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2329             associations are now saved/restored from project
2330           </li>
2331           <li>
2332             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2333             before sequence fetcher is opened
2334           </li>
2335           <li>
2336             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2337             database chooser opens a sequence fetcher
2338           </li>
2339           <li>
2340             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2341             the UniProt REST API
2342           </li>
2343           <li>
2344             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2345             the news reader opening
2346           </li>
2347           <li>
2348             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2349             querying stored in preferences
2350           </li>
2351           <li>
2352             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2353             search results
2354           </li>
2355           <li>
2356             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2357           </li>
2358           <li>
2359             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2360             menu for nucleotide sequences
2361           </li>
2362           <li>
2363             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2364             and feature counts preserves alignment ordering (and
2365             debugged for complex feature sets).
2366           </li>
2367           <li>
2368             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2369             viewing structures with Jalview 2.10
2370           </li>
2371           <li>
2372             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2373             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2374             Ensembl Genomes REST API
2375           </li>
2376           <li>
2377             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2378             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2379             (Ensembl)
2380           </li>
2381           <li>
2382             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2383             sequences
2384           </li>
2385           <li>
2386             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2387             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2388             data from external database records.
2389           </li>
2390           <li>
2391             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2392             efficient recovery of sequence coding and alignment
2393             annotation relationships.
2394           </li>
2395         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2396         <ul>
2397           <li>
2398             -- JAL---
2399           </li>
2400         </ul> --></td>
2401       <td>
2402         <div align="left">
2403           <em>General</em>
2404           <ul>
2405             <li>
2406               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2407               menu on OSX
2408             </li>
2409             <li>
2410               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2411               includes graduated colourschemes
2412             </li>
2413             <li>
2414               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2415               working with big alignments and lots of hidden columns
2416             </li>
2417             <li>
2418               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2419               at right of alignment window
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2423               contents
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2427               for DNA alignments
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2431               based tree calculation
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2435               unconserved enabled for group on alignment
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2439               set as reference
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2443               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2444               annotation
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2448               hidden columns present
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2452               user created annotation added to alignment
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2456               '()' base pair annotation
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2460               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2461               Consensus
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2465               feature not working
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2469               beginning of sequence
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2473               entry 3a6s
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2477               from a tree when t-coffee scores are shown
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2481               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2485               some structures
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2489               to Clustal, PIR and PileUp output
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2493               not visible causes alignment window to repaint
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2497               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2498               scores associated with features and annotation rows
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2502               calculation should be case independent
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2506               columns
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2510               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2511               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2512             </li>
2513             <li>
2514               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2515               problems when reference sequence defined and 'show
2516               non-conserved' enabled
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2520               load even when Consensus calculation is disabled
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2524               alignment does nothing
2525             </li>
2526           </ul>
2527           <em>Application</em>
2528           <ul>
2529             <li>
2530               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2531               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2532               yet fixed for El Capitan)
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2536               output when running on non-gb/us i18n platforms
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2540               hidden sequences as flat-file alignment
2541             </li>
2542             <li>
2543               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2544               launching Chimera
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2548               (also hotfix for 2.9.0b2)
2549             </li>
2550             <li>
2551               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2552               reference sequence defined
2553             </li>
2554             <li>
2555               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2556               alignments and views when revealing hidden columns
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2560               view in a cDNA/Protein splitframe
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2564               sequence from project when only one sequence is
2565               represented
2566             </li>
2567             <li>
2568               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2569               in Structure Chooser
2570             </li>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2573               structure consensus didn't refresh annotation panel
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2577               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2581               dialogs format columns correctly, don't display array
2582               data, sort columns according to type
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2586               file chooser is cancelled during an image export
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2590               sequence name containing special characters
2591             </li>
2592             <li>
2593               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2594               case insensitive
2595             </li>
2596             <li>
2597               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2598               formatting don't wrap
2599             </li>
2600             <li>
2601               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2602               truncated so L looks like I in consensus annotation
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2606               currently displayed features for the current selection or
2607               view
2608             </li>
2609             <li>
2610               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2611               after fetching cross-references, and restoring from
2612               project
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2616               followed in the structure viewer
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2620               splitframe not restored from project
2621             </li>
2622             <li>
2623               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2624               trailing end of protein alignment in transcript/product
2625               splitview when pad-gaps not enabled by default
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2629               is case dependent
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2633               article has been read (reopened issue due to
2634               internationalisation problems)
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2638               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2639               cross-references
2640             </li>
2641
2642             <li>
2643               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2644               alignment as HTML
2645             </li>
2646             <li>
2647               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2648               multiple structures are shown for one or more sequences.
2649             </li>
2650             <li>
2651               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2652               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2653               is enabled.
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2657               specific PDB id for sequence
2658             </li>
2659             <li>
2660               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2661               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2662               columns' is disabled.
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2666               selects lowest rather than highest resolution structures
2667               for each sequence
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2671               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2675               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2679               after clicking on it to create new annotation for a
2680               column.
2681             </li>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2684               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2685             </li>
2686             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2687             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2688           </ul>
2689           <em>Applet</em>
2690           <ul>
2691             <li>
2692               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2693               hidden columns present before start of sequence
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2697               (JSON jars)
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2701               sequences are hidden in applet
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2705               deployment on examples pages.
2706             </li>
2707           </ul>
2708         </div>
2709       </td>
2710     </tr>
2711     <tr>
2712       <td width="60" nowrap>
2713         <div align="center">
2714           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2715             <em>16/10/2015</em></strong>
2716         </div>
2717       </td>
2718       <td><em>General</em>
2719         <ul>
2720           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2721             jars</li>
2722         </ul></td>
2723       <td>
2724         <div align="left">
2725           <em>Application</em>
2726           <ul>
2727             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2728               shown when tree is partitioned</li>
2729             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2730               multiple cDNA/Protein split views</li>
2731           </ul>
2732         </div>
2733       </td>
2734     </tr>
2735     <tr>
2736       <td width="60" nowrap>
2737         <div align="center">
2738           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2739             <em>8/10/2015</em></strong>
2740         </div>
2741       </td>
2742       <td><em>General</em>
2743         <ul>
2744           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2745             2.9</li>
2746         </ul> <em>Application</em>
2747         <ul>
2748           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2749           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2750           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2751         </ul> <em>Applet</em>
2752         <ul>
2753           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2754         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2755         <ul>
2756           <li>
2757             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2758             suite
2759           </li>
2760         </ul></td>
2761       <td>
2762         <div align="left">
2763           <em>General</em>
2764           <ul>
2765             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2766               incorrect when sequence start > 1</li>
2767             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2768               documentation</li>
2769             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2770             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2771               loading a features file containing HTML tags in feature
2772               description</li>
2773
2774           </ul>
2775           <em>Application</em>
2776           <ul>
2777             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2778               reimport</li>
2779             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2780               with 'trim retrieved sequences'</li>
2781             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2782               deleting selected columns</li>
2783             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2784               JNLP templates for webstart launch</li>
2785             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2786               unreleased structures for download or viewing</li>
2787             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2788               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2789             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2790               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2791             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2792               recovered from jalview project</li>
2793             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2794               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2795               alignment view</li>
2796             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2797               color schemes from BioJSON</li>
2798           </ul>
2799           <em>Applet</em>
2800           <ul>
2801             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2802               frame</li>
2803             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2804           </ul>
2805         </div>
2806       </td>
2807     </tr>
2808     <tr>
2809       <td><div align="center">
2810           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2811         </div></td>
2812       <td><em>General</em>
2813         <ul>
2814           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2815             alignments:
2816             <ul>
2817               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2818                 and DNA alignment views</li>
2819               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2820                 cDNA alignment views</li>
2821               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2822                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2823               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2824                 protein sequences</li>
2825             </ul>
2826           </li>
2827           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2828           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2829             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2830           <li>New alignment annotation file statements for
2831             reference sequences and marking hidden columns</li>
2832           <li>Reference sequence based alignment shading to
2833             highlight variation</li>
2834           <li>Select or hide columns according to alignment
2835             annotation</li>
2836           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2837           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2838             acid conservation row</li>
2839           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2840         </ul> <em>Application</em>
2841         <ul>
2842           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2843             <ul>
2844               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2845                 view with cDNA/Protein</li>
2846               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2847                 sequences are placed in the same alignment</li>
2848               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2849                 projects</li>
2850             </ul>
2851           </li>
2852
2853           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2854           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2855             Jalview windows</li>
2856
2857           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2858           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2859           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2860             be shown in VARNA</li>
2861
2862           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2863             as the active selected region</li>
2864
2865           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2866             similarity</li>
2867           <li>New Export options
2868             <ul>
2869               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2870                 region export in flat file generation</li>
2871
2872               <li>Export alignment views for display with the <a
2873                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2874
2875               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2876               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2877                 alignment figures to HTML</li>
2878           </li>
2879           <li>3D structure retrieval and display
2880             <ul>
2881               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2882                 Search API</li>
2883               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2884                 PDB structures for a sequence set</li>
2885             </ul>
2886           </li>
2887
2888           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2889             predictions</li>
2890           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2891             for one or a group of sequences</li>
2892           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2893             from the JPred4 web server</li>
2894           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2895             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2896             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2897           </li>
2898           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2899             VARNA 2D Structure'</li>
2900           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2901             Structure ..."</li>
2902
2903         </ul> <em>Applet</em>
2904         <ul>
2905           <li>New layout for applet example pages</li>
2906           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2907             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2908           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2909             Protein alignments</li>
2910         </ul> <em>Development and deployment</em>
2911         <ul>
2912           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2913           <li>Include installation type and git revision in build
2914             properties and console log output</li>
2915           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2916             storing BioJsMSA Templates</li>
2917           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2918         </ul></td>
2919       <td>
2920         <!-- <em>General</em>
2921         <ul>
2922         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2923         <ul>
2924           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2925           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2926           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2927             predictions are not highlighted in amber</li>
2928           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2929             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2930           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2931             associated structure views</li>
2932           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2933             width checkbox not enabled</li>
2934           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2935             creating user defined colours</li>
2936           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2937             mappings for just that viewer's sequences</li>
2938           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2939             multiple models in Chimera</li>
2940           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2941             over Jmol structure</li>
2942           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2943             output to text box</li>
2944           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2945             have incorrect sequence start/end</li>
2946           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2947             Jalview fails</li>
2948           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2949             work for nucleotide</li>
2950           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2951             to a grey/invisible alignment window</li>
2952           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2953             imports to different position</li>
2954           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2955             on some platforms</li>
2956           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2957             populated</li>
2958           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2959             console if Chimera has been opened</li>
2960           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2961           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2962             retrieved</li>
2963           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2964           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2965             either sequence shows on first structure</li>
2966           <li>'Show annotations' options should not make
2967             non-positional annotations visible</li>
2968           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2969             in right place after 'view flanking regions'</li>
2970           <li>File Save As type unset when current file format is
2971             unknown</li>
2972           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2973             projects</li>
2974           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2975             responsive</li>
2976           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2977             several views on same alignment</li>
2978           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2979           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2980             spaces</li>
2981         </ul> <em>Applet</em>
2982         <ul>
2983           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2984           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2985             descriptions containing angle brackets</li>
2986         </ul> <em>General</em>
2987         <ul>
2988           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2989             via jalview annotation file</li>
2990           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2991             with RNA secondary structure</li>
2992           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2993             translation doesn't work.</li>
2994           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2995           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2996             positions</li>
2997           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2998             choosing 1pt font</li>
2999           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3000             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3001             'h'</li>
3002           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3003             new feature</li>
3004           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3005             order dependent</li>
3006           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3007             sequences</li>
3008           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3009         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3010         <ul>
3011           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3012             www.jalview.org</li>
3013         </ul> <em>Application Known issues</em>
3014         <ul>
3015           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3016           <li>Misleading message appears after trying to delete
3017             solid column.</li>
3018           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3019             version launches</li>
3020           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3021             fails with a sequence mismatch</li>
3022           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3023             scrolling alignment to right</li>
3024           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3025             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3026           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3027             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3028           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3029             ultra-high resolution</li>
3030           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3031             quality and conservation</li>
3032           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3033             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3034         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3035         <ul>
3036           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3037           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3038             window is being resized</li>
3039
3040         </ul>
3041       </td>
3042     </tr>
3043     <tr>
3044       <td><div align="center">
3045           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3046         </div></td>
3047       <td><em>General</em>
3048         <ul>
3049           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3050             Certum.PL.</li>
3051           <li>Features and annotation preserved when performing
3052             pairwise alignment</li>
3053           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3054             imported/exported/displayed</li>
3055           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3056             protein secondary structure</li>
3057           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3058               post-hoc with 2.9 release</em>)
3059           </li>
3060
3061         </ul> <em>Application</em>
3062         <ul>
3063           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3064             with 3D structures</li>
3065           <li>Support for parsing RNAML</li>
3066           <li>Annotations menu for layout
3067             <ul>
3068               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3069               <li>place sequence annotation above/below alignment
3070                 annotation</li>
3071             </ul>
3072           <li>Output in Stockholm format</li>
3073           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3074             translation</li>
3075           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3076           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3077             shared between alignments</li>
3078           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3079             Jalview</li>
3080           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3081             all or current selection</li>
3082           <li>disorder and secondary structure predictions
3083             available as dataset annotation</li>
3084           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3085
3086
3087           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3088             alignments from Rfam</li>
3089           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3090
3091           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3092             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3093           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3094           <li>include installation type in build properties and
3095             console log output</li>
3096           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3097             annotation</li>
3098         </ul></td>
3099       <td>
3100         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3101         <ul>
3102           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3103             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3104           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3105             alignment</li>
3106           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3107           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3108           <li>Double click on sequence associated annotation
3109             selects only first column</li>
3110           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3111             leaves shown in tree</li>
3112           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3113             properly</li>
3114           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3115           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3116             screen and buttons not visible</li>
3117           <li>author list isn't updated if already written to
3118             Jalview properties</li>
3119           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3120             from database</li>
3121           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3122           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3123             browser search window</li>
3124           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3125             in feature settings dialog</li>
3126           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3127             desktop</li>
3128           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3129             pass validation</li>
3130           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3131             fit on screen</li>
3132           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3133             tooltip</li>
3134           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3135             defined user preset</li>
3136           <li>MSA web services warns user if they were launched
3137             with invalid input</li>
3138           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3139             Java 8</li>
3140           <li>
3141             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3142             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3143             created
3144           </li>
3145
3146         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3147         <ul>
3148         </ul> <em>General</em>
3149         <ul>
3150         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3151         <ul>
3152           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3153             memory allocation</li>
3154           <li>launchApp service doesn't automatically open
3155             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3156           <li>
3157             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3158             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3159             1.7_055 is available
3160           </li>
3161         </ul> <em>Application Known issues</em>
3162         <ul>
3163           <li>
3164             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3165             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3166             alignment to right
3167           </li>
3168           <li>
3169             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3170             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3171             with large number of ID
3172           </li>
3173           <li>
3174             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3175             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3176             start/end
3177           </li>
3178           <li>
3179             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3180             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3181             structure tracks are rearranged
3182           </li>
3183           <li>
3184             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3185             invalid rna structure positional highlighting does not
3186             highlight position of invalid base pairs
3187           </li>
3188           <li>
3189             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3190             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3191             project from alignment window file menu
3192           </li>
3193           <li>
3194             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3195             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3196             structures
3197           </li>
3198           <li>
3199             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3200             colour by RNA Helices not enabled when user created
3201             annotation added to alignment
3202           </li>
3203           <li>
3204             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3205             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3206           </li>
3207         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3208         <ul>
3209           <li>
3210             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3211             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3212           </li>
3213           <li>
3214             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3215             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3216           </li>
3217
3218           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3219             when selected</li>
3220         </ul>
3221       </td>
3222     </tr>
3223     <tr>
3224       <td><div align="center">
3225           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3226         </div></td>
3227       <td>
3228         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3229         <em>General</em>
3230         <ul>
3231           <li>Internationalisation of user interface (usually
3232             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3233           <li>Define/Undefine group on current selection with
3234             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3235           <li>Improved group creation/removal options in
3236             alignment/sequence Popup menu</li>
3237           <li>Sensible precision for symbol distribution
3238             percentages shown in logo tooltip.</li>
3239           <li>Annotation panel height set according to amount of
3240             annotation when alignment first opened</li>
3241         </ul> <em>Application</em>
3242         <ul>
3243           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3244             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3245           <li>Select columns containing particular features from
3246             Feature Settings dialog</li>
3247           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3248             sequences</li>
3249           <li>Update Jalview project format:
3250             <ul>
3251               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3252               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3253                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3254               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3255                 colouring</li>
3256             </ul>
3257           </li>
3258           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3259             (PAM250)</li>
3260           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3261             flanking regions for an alignment</li>
3262         </ul>
3263       </td>
3264       <td>
3265         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3266         <ul>
3267           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3268             running after job is cancelled</li>
3269           <li>cannot export features from alignments imported from
3270             Jalview/VAMSAS projects</li>
3271           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3272             float values</li>
3273           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3274             have 'display all symbols' flag set</li>
3275           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3276             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3277           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3278             Jalview</li>
3279           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3280             Lion/Webstart</li>
3281           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3282           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3283           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3284             alignment onto desktop</li>
3285           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3286             'extract scores' function</li>
3287           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3288             alignment window</li>
3289           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3290             performing IUPred disorder prediction</li>
3291           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3292             changing 'normalise logo' display setting</li>
3293           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3294             nothing matches query</li>
3295           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3296             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3297           </li>
3298           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3299             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3300           </li>
3301           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3302             Jalview's menu</li>
3303           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3304             'invalid literal/length code'</li>
3305           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3306             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3307           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3308             colourscheme</li>
3309
3310         </ul> <em>Applet</em>
3311         <ul>
3312           <li>Remove group option is shown even when selection is
3313             not a group</li>
3314           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3315             don't affect groups</li>
3316           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3317             colourscheme name</li>
3318           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3319             Annotation panel is not displayed</li>
3320           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3321             embedded windows</li>
3322         </ul> <em>Other</em>
3323         <ul>
3324           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3325             single sequence were not calculated</li>
3326           <li>annotation files that contain only groups imported as
3327             annotation and junk sequences</li>
3328           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3329             recognised as PFAM or BLC</li>
3330           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3331             doesn't affect background (2.8.0b1)
3332           <li></li>
3333           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3334           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3335             trailing gaps</li>
3336           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3337             registered correctly on import</li>
3338           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3339             certain alignments</li>
3340           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3341             existing annotation based 'use original colours'
3342             colourscheme loses original colours setting</li>
3343         </ul>
3344       </td>
3345     </tr>
3346     <tr>
3347       <td><div align="center">
3348           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3349             <em>30/1/2014</em></strong>
3350         </div></td>
3351       <td>
3352         <ul>
3353           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3354             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3355             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3356             open source project).
3357           </li>
3358           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3359           <li>Output in Stockholm format</li>
3360           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3361           <li>Export/import group and sequence associated line
3362             graph thresholds</li>
3363           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3364             ambiguity codes</li>
3365           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3366             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3367             works</li>
3368           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3369         </ul> <em>Other improvements</em>
3370         <ul>
3371           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3372           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3373             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3374           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3375             files</li>
3376           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3377           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3378             link but no description</li>
3379           <li>Select primary source when selecting authority in
3380             database fetcher GUI</li>
3381           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3382             Jalview</li>
3383           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3384         </ul>
3385       </td>
3386       <td>
3387         <ul>
3388           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3389             displayed</li>
3390           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3391             secondary structure annotation line</li>
3392           <li>Sequence database accessions not imported when
3393             fetching alignments from Rfam</li>
3394           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3395             identical IDs</li>
3396           <li>View all structures does not always superpose
3397             structures</li>
3398           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3399             reflect user or preset settings</li>
3400           <li>Null pointer exceptions for some services without
3401             presets or adjustable parameters</li>
3402           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3403             discover PDB xRefs</li>
3404           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3405             features with DAS</li>
3406           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3407             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3408           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3409             residue follows a gap</li>
3410           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3411             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3412           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3413             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3414           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3415             annotation already exists on alignment</li>
3416           <li>oninit javascript function should be called after
3417             initialisation completes</li>
3418           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3419             alignment window display</li>
3420           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3421           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3422             to annotation file</li>
3423           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3424             groups created</li>
3425           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3426             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3427           <li>Pressing return several times causes Number Format
3428             exceptions in keyboard mode</li>
3429           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3430             correct partitions for input data</li>
3431           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3432           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3433           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3434           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3435             mode</li>
3436           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3437             changes one row&#39;s threshold</li>
3438           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3439             doesn&#39;t open</li>
3440           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3441             quality histograms</li>
3442         </ul>
3443       </td>
3444     </tr>
3445     <tr>
3446       <td><div align="center">
3447           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3448         </div></td>
3449       <td><em>Application</em>
3450         <ul>
3451           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3452             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3453           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3454             preferences</li>
3455           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3456             in Jalview alignment window</li>
3457           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3458             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3459           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3460             RNA and ambiguity codes</li>
3461
3462           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3463           <li>Support fetching and database reference look up
3464             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3465             refs')</li>
3466           <li>Jalview project improvements
3467             <ul>
3468               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3469                 flag for annotation</li>
3470               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3471                 alignment</li>
3472               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3473                 Jalview project</li>
3474
3475             </ul>
3476           </li>
3477           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3478           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3479             running</li>
3480           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3481           <li>visual indication that web service results are still
3482             being retrieved from server</li>
3483           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3484             starts up for first time</li>
3485           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3486             services</li>
3487           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3488             client library</li>
3489           <li>Examples directory and Groovy library included in
3490             InstallAnywhere distribution</li>
3491         </ul> <em>Applet</em>
3492         <ul>
3493           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3494             visualization applet example</li>
3495         </ul> <em>General</em>
3496         <ul>
3497           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3498           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3499             defaults</li>
3500           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3501             calculation</li>
3502           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3503             matrices
3504           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3505             in HTML</li>
3506           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3507             structure contacts</li>
3508           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3509           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3510           <li>Parse sequence associated secondary structure
3511             information in Stockholm files</li>
3512           <li>HTML Export database accessions and annotation
3513             information presented in tooltip for sequences</li>
3514           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3515             style RNA alignment files</li>
3516           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3517             alignment</li>
3518           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3519             shade each sequence according to its associated alignment
3520             annotation</li>
3521           <li>New Jalview Logo</li>
3522         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3523         <ul>
3524           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3525           <li>New Website!</li>
3526         </ul></td>
3527       <td><em>Application</em>
3528         <ul>
3529           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3530             wsdbfetch REST service</li>
3531           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3532           <li>Filetype associations not installed for webstart
3533             launch</li>
3534           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3535             job execution in full once it is complete</li>
3536           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3537             uploaded via ali_file parameter</li>
3538           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3539           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3540           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3541             submitted for prediction</li>
3542           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3543             desktop window</li>
3544           <li>Putting fractional value into integer text box in
3545             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3546           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3547             windows 7</li>
3548           <li>View all structures fails with exception shown in
3549             structure view</li>
3550           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3551             escaped in a platform independent way</li>
3552           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3553             using proxy</li>
3554           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3555             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3556           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3557             failure when java web start temporary file caching is
3558             disabled</li>
3559           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3560             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3561           <li>Errors during processing of command line arguments
3562             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3563           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3564             DAS sources in sequence fetcher</li>
3565           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3566             dialog is shown</li>
3567           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3568           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3569           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3570           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3571             on OSX Mountain Lion</li>
3572           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3573             sequences with alignment annotation are pasted into the
3574             alignment</li>
3575           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3576             when loaded from Jalview project</li>
3577           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3578           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3579             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3580           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3581             associated with all views</li>
3582           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3583             annotation rows to new window</li>
3584         </ul> <em>Applet</em>
3585         <ul>
3586           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3587             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3588           <li>loading features via javascript API automatically
3589             enables feature display</li>
3590           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3591             work</li>
3592         </ul> <em>General</em>
3593         <ul>
3594           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3595           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3596             and then deselected</li>
3597           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3598           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3599             coloured with clustalx</li>
3600           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3601             exceptions and redraw errors</li>
3602           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3603             reconfigured view</li>
3604           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3605             colour</li>
3606           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3607             for lots of labels</li>
3608         </ul>
3609     </tr>
3610     <tr>
3611       <td>
3612         <div align="center">
3613           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3614         </div>
3615       </td>
3616       <td><em>Application</em>
3617         <ul>
3618           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3619           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3620           <li>View/alignment association menu to enable user to
3621             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3622             its colours/correspondences from</li>
3623           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3624           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3625             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3626           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3627           <li>Annotation row column label formatting attributes
3628             stored in project file</li>
3629           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3630             rows preserved in Jalview project file</li>
3631           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3632             saved using Desktop window menu</li>
3633           <li>Visual indication that command line arguments are
3634             still being processed</li>
3635           <li>Groovy script execution from URL</li>
3636           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3637             preferences</li>
3638           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3639             alignment with sequences that have high similarity and
3640             matching IDs</li>
3641           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3642           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3643             structures in same window</li>
3644           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3645           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3646             analysis function in its own submenu</li>
3647         </ul> <em>Applet</em>
3648         <ul>
3649           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3650             groups</li>
3651           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3652           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3653           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3654           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3655           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3656             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3657           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3658           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3659             parameters are treated as such</li>
3660           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3661             <ul>
3662               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3663               <li>Javascript callbacks for
3664                 <ul>
3665                   <li>Applet initialisation</li>
3666                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3667                 </ul>
3668               </li>
3669               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3670                 functions</li>
3671               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3672               <li>javascript structure viewer harness to pass
3673                 messages between Jmol and Jalview when running as
3674                 distinct applets</li>
3675               <li>sortBy method</li>
3676               <li>Set of applet and application examples shipped
3677                 with documentation</li>
3678               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3679                 javascript message exchange</li>
3680             </ul>
3681         </ul> <em>General</em>
3682         <ul>
3683           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3684             multiple alignments</li>
3685           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3686           <li>User configurable link to enable redirects to a
3687             www.Jalview.org mirror</li>
3688           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3689           <li>Configurable newline string when writing alignment
3690             and other flat files</li>
3691           <li>Allow alignment annotation description lines to
3692             contain html tags</li>
3693         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3694         <ul>
3695           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3696             examples</li>
3697           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3698             using a web service before displaying the result in the
3699             Jalview desktop</li>
3700           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3701           <li>Ant target to publish example html files with applet
3702             archive</li>
3703           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3704           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3705         </ul></td>
3706       <td><em>Application</em>
3707         <ul>
3708           <li>User defined colourscheme throws exception when
3709             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3710           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3711             dialog for valid filename/format</li>
3712           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3713           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3714             P37173</li>
3715           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3716             which sequence is to be associated with the file</li>
3717           <li>Find All raises null pointer exception when query
3718             only matches sequence IDs</li>
3719           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3720           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3721             2.4 cannot be loaded</li>
3722           <li>Filetype associations not installed for webstart
3723             launch</li>
3724           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3725             with sequences in different alignments do not get coloured
3726             by their associated sequence</li>
3727           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3728             not preserved when project is loaded</li>
3729           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3730             stored in Jalview project</li>
3731           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3732             Jalview project</li>
3733           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3734           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3735             by conservation</li>
3736           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3737             created on new view</li>
3738           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3739             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3740           <li>Alignment quality not updated after alignment
3741             annotation row is hidden then shown</li>
3742           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3743             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3744           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3745             properly</li>
3746           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3747             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3748           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3749           <li>Structures imported from file and saved in project
3750             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3751           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3752             job execution in full once it is complete</li>
3753         </ul> <em>Applet</em>
3754         <ul>
3755           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3756             annotation rows are displayed</li>
3757           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3758             codebase</li>
3759           <li>View follows highlighting does not work for positions
3760             in sequences</li>
3761           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3762           <li>Export features raises exception when no features
3763             exist</li>
3764           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3765             for javascript api is modified when separator string
3766             provided as parameter</li>
3767           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3768             alignment with no existing selection</li>
3769           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3770             to applet&#39;s codebase</li>
3771           <li>Status bar not updated after finished searching and
3772             search wraps around to first result</li>
3773           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3774             several Jalview applets causes race conditions and memory
3775             leaks</li>
3776           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3777             not sent from Jmol in applet</li>
3778           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3779             applet API fatally hang browser</li>
3780         </ul> <em>General</em>
3781         <ul>
3782           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3783             position with wrapped view and hidden regions</li>
3784           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3785             with/without hidden columns</li>
3786           <li>Sequence length given in alignment properties window
3787             is off by 1</li>
3788           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3789             import PDB like structure files</li>
3790           <li>Positional search results are only highlighted
3791             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3792           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3793           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3794             given sequence position</li>
3795           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3796             output</li>
3797           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3798             from nucleotide chains correctly</li>
3799           <li>Structure colours not updated when tree partition
3800             changed in alignment</li>
3801           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3802             parsed in interleaved stockholm</li>
3803           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3804             state</li>
3805           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3806             properly</li>
3807           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3808             properly associated with their pdb files</li>
3809         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3810         <ul>
3811           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3812             ApplyCopyright tool</li>
3813         </ul></td>
3814     </tr>
3815     <tr>
3816       <td>
3817         <div align="center">
3818           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3819         </div>
3820       </td>
3821       <td><em>Application</em>
3822         <ul>
3823           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3824             contact web services</li>
3825           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3826             service job window</li>
3827           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3828         </ul></td>
3829       <td>
3830         <ul>
3831           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3832             pir file emitted by Jalview</li>
3833           <li>Existing feature settings transferred to new
3834             alignment view created from cut'n'paste</li>
3835           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3836             parsing PDB files</li>
3837           <li>Consensus and conservation annotation rows
3838             occasionally become blank for all new windows</li>
3839           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3840             in wrapped view mode</li>
3841         </ul> <em>Application</em>
3842         <ul>
3843           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3844             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3845           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3846             parameter names</li>
3847           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3848             is down</li>
3849         </ul>
3850       </td>
3851     </tr>
3852     <tr>
3853       <td>
3854         <div align="center">
3855           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3856         </div>
3857       </td>
3858       <td><em>Application</em>
3859         <ul>
3860           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3861             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3862             (JABAWS)
3863           </li>
3864           <li>Web Services preference tab</li>
3865           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3866             preferences</li>
3867           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3868           <li>Superpose structures using associated sequence
3869             alignment</li>
3870           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3871             viewer</li>
3872         </ul> <em>Applet</em>
3873         <ul>
3874           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3875             link out mechanism</li>
3876         </ul> <em>Other</em>
3877         <ul>
3878           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3879             series 12</li>
3880           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3881             require Java 1.5</li>
3882           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3883             sequence annotation files</li>
3884           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3885             type colour specification</li>
3886           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3887             script to check if it being run in an interactive session or
3888             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3889         </ul></td>
3890       <td>
3891         <ul>
3892           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3893             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3894         </ul> <em>Application</em>
3895         <ul>
3896           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3897             selected Regions menu item</li>
3898           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3899             part of a valid accession ID</li>
3900           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3901             runs out of memory</li>
3902           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3903             analysis results</li>
3904           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3905             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3906           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3907         </ul> <em>Applet</em>
3908         <ul>
3909           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3910             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3911             defined.</li>
3912         </ul>
3913       </td>
3914     </tr>
3915     <tr>
3916       <td>
3917         <div align="center">
3918           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3919         </div>
3920       </td>
3921       <td></td>
3922       <td>
3923         <ul>
3924           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3925             sequence IDs</li>
3926           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3927             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3928           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3929             import correctly</li>
3930           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3931             number of columns are hidden</li>
3932           <li>annotation label popup menu not providing correct
3933             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3934             present</li>
3935           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3936             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3937           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3938             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3939
3940         </ul> <em>Applet</em>
3941         <ul>
3942           <li>annotation panel disappears when annotation is
3943             hidden/removed</li>
3944         </ul> <em>Application</em>
3945         <ul>
3946           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3947             alignment opened where annotation panel is visible but no
3948             annotations are present on alignment</li>
3949           <li>pasted region containing hidden columns is
3950             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3951           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3952             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3953           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3954             selected Rregions menu item.</li>
3955           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3956             'Un' or 'Non'conserved</li>
3957           <li>Sequence feature settings are being shared by
3958             multiple distinct alignments</li>
3959           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3960             changed</li>
3961           <li>double click on group annotation to select sequences
3962             does not propagate to associated trees</li>
3963           <li>Mac OSX specific issues:
3964             <ul>
3965               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3966                 window background</li>
3967               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3968                 name set correctly</li>
3969               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3970                 save feature colourscheme button</li>
3971             </ul>
3972           </li>
3973         </ul>
3974       </td>
3975     </tr>
3976     <tr>
3977
3978       <td>
3979         <div align="center">
3980           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3981         </div>
3982       </td>
3983       <td><em>New Capabilities</em>
3984         <ul>
3985           <li>URL links generated from description line for
3986             regular-expression based URL links (applet and application)
3987
3988           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3989             menu</li>
3990           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3991             structures</li>
3992           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3993             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3994           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3995             average score or total feature count for each sequence.</li>
3996           <li>Shading features by score or associated description</li>
3997           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3998             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3999           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4000             hide everything but the currently selected region.</li>
4001           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4002         </ul> <em>Application</em>
4003         <ul>
4004           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4005             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4006           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4007             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4008           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4009             database references and protein_name is parsed as
4010             description line (BioSapiens terms).</li>
4011           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4012             references in sequence ID tooltip from View menu in
4013             application.</li>
4014           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4015       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4016           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4017             conservation plots</li>
4018           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4019             and visualized as sequence logos</li>
4020           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4021             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4022           </li>
4023           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4024             when a new tree is opened.</li>
4025           <li>Jalview Java Console</li>
4026           <li>Better placement of desktop window when moving
4027             between different screens.</li>
4028           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4029             consensus annotation</li>
4030           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4031             Workflows</li>
4032           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4033             <ul>
4034               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4035                 used to preserve views, structures, and tree display
4036                 settings)</li>
4037               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4038                 command line</li>
4039               <li>Sharing of selected regions between views and
4040                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4041               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4042             </ul></li>
4043         </ul> <em>Applet</em>
4044         <ul>
4045           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4046           <li>New Parameters
4047             <ul>
4048               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4049                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4050                 opened.</li>
4051               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4052                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4053               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4054                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4055               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4056                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4057                 view</li>
4058               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4059                 increase the height or width of a cell in the alignment
4060                 grid relative to the current font size.</li>
4061             </ul>
4062           </li>
4063           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4064             tooltip</li>
4065         </ul> <em>Other</em>
4066         <ul>
4067           <li>Features format: graduated colour definitions and
4068             specification of feature scores</li>
4069           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4070             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4071             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4072           <li>XML formats extended to support graduated feature
4073             colourschemes, group associated annotation, and profile
4074             visualization settings.</li></td>
4075       <td>
4076         <ul>
4077           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4078             rather than description</li>
4079           <li>Non-positional features are now included in sequence
4080             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4081             visibility in tooltip).</li>
4082           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4083           <li>Added URL embedding instructions to features file
4084             documentation.</li>
4085           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4086             'X' in peptide product</li>
4087           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4088             sequence ID and sequence string and query strings do not
4089             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4090           <li>AMSA files only contain first column of
4091             multi-character column annotation labels</li>
4092           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4093             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4094             exported and re-imported)</li>
4095           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4096             name</li>
4097           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4098             as subsequence matches, and correctly reports total number
4099             of both.</li>
4100           <li>Application:
4101             <ul>
4102               <li>Better handling of exceptions during sequence
4103                 retrieval</li>
4104               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4105                 link text excludes the start_end suffix</li>
4106               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4107                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4108               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4109               <li>Sequence description lines properly shared via
4110                 VAMSAS</li>
4111               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4112                 data sources</li>
4113               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4114                 completes before alignment figures are generated.</li>
4115               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4116                 first time.</li>
4117               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4118                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4119               <li>User defined group colours properly recovered
4120                 from Jalview projects.</li>
4121             </ul>
4122           </li>
4123         </ul>
4124       </td>
4125
4126     </tr>
4127     <tr>
4128       <td>
4129         <div align="center">
4130           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4131         </div>
4132       </td>
4133       <td>
4134         <ul>
4135           <li>Experimental support for google analytics usage
4136             tracking.</li>
4137           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4138         </ul>
4139       </td>
4140       <td>
4141         <ul>
4142           <li>Race condition in applet preventing startup in
4143             jre1.6.0u12+.</li>
4144           <li>Exception when feature created from selection beyond
4145             length of sequence.</li>
4146           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4147           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4148             all sequences with a given id</li>
4149           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4150             ID string searches</li>
4151           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4152             alignment to fail with exception</li>
4153         </ul> <em>Application Issues</em>
4154         <ul>
4155           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4156           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4157             data sources</li>
4158         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4159         <ul>
4160           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4161             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4162           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4163             version (java class versioning error fixed)</li>
4164         </ul>
4165       </td>
4166     </tr>
4167     <tr>
4168       <td>
4169
4170         <div align="center">
4171           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4172         </div>
4173       </td>
4174       <td><em>User Interface</em>
4175         <ul>
4176           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4177             translation and protein products</li>
4178           <li>Linked highlighting of structure associated with
4179             residue mapping to codon position</li>
4180           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4181             and 'clear' button</li>
4182           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4183             Tools menu</li>
4184           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4185             numeric data in description line</li>
4186           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4187           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4188             of sequence</li>
4189         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4190         <ul>
4191           <li>JPred3 web service</li>
4192           <li>Prototype sequence search client (no public services
4193             available yet)</li>
4194           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4195             PFAM</li>
4196           <li>URL Links created for matching database cross
4197             references as well as sequence ID</li>
4198           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4199         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4200         <ul>
4201           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4202             databases</li>
4203           <li>Generalised database reference retrieval and
4204             validation to all fetchable databases</li>
4205           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4206             sequence command</li>
4207         </ul> <em>Import and Export</em>
4208         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4209         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4210           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4211         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4212           File</li>
4213         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4214           triplet as name of colourscheme</li>
4215         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4216         <ul>
4217           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4218           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4219             alignments (experimental)</li>
4220           <li>Create new or select existing session to join</li>
4221           <li>load and save of vamsas documents</li>
4222         </ul> <em>Application command line</em>
4223         <ul>
4224           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4225             from applet)</li>
4226           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4227             of DAS servers to query for alignment features</li>
4228           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4229             that are also automatically queried for features</li>
4230           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4231             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4232         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4233         <ul>
4234           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4235             application (when using &quot;View in full
4236             application&quot;)</li>
4237         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4238         <ul>
4239           <li>feature group display control parameter</li>
4240           <li>debug parameter</li>
4241           <li>showbutton parameter</li>
4242         </ul> <em>Applet API methods</em>
4243         <ul>
4244           <li>newView public method</li>
4245           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4246           <li>Feature display control methods</li>
4247           <li>get list of currently selected sequences</li>
4248         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4249         <ul>
4250           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4251           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4252             Jalview release.</li>
4253           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4254             property controls execution of obfuscator</li>
4255           <li>Build target for generating source distribution</li>
4256           <li>Debug flag for javacc</li>
4257           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4258             jalview.bin.Cache</li>
4259           <li>Continuous Build Integration for stable and
4260             development version of Application, Applet and source
4261             distribution</li>
4262         </ul></td>
4263       <td>
4264         <ul>
4265           <li>selected region output includes visible annotations
4266             (for certain formats)</li>
4267           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4268             for editing</li>
4269           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4270           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4271           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4272           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4273             comments</li>
4274           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4275             filenames containing a ':'</li>
4276           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4277             global sequence features</li>
4278           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4279             references from alignment sequences goes to zero</li>
4280           <li>Close of tree branch colour box without colour
4281             selection causes cascading exceptions</li>
4282           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4283           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4284             file parsing fails.</li>
4285           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4286           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4287             not a valid output format</li>
4288           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4289             vamsas</li>
4290           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4291           <li>error messages passed up and output when data read
4292             fails</li>
4293           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4294             sequence is edited</li>
4295           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4296             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4297           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4298             filetype</li>
4299           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4300             import fixed for PFAM records</li>
4301           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4302             window list</li>
4303           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4304             can be read and written correctly to annotation file</li>
4305           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4306             correctly</li>
4307           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4308             non-italic font for representatives in Applet</li>
4309           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4310             Macs.</li>
4311           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4312             Applet)</li>
4313           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4314             due to null pointer exceptions</li>
4315           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4316             first column of alignment</li>
4317           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4318             July 2008</li>
4319           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4320             file is case-insensitive</li>
4321           <li>Sequence features read from Features file appended to
4322             all sequences with matching IDs</li>
4323           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4324             containing a sub-sequence</li>
4325           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4326           <li>feature and annotation file applet parameters
4327             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4328           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4329           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4330             splash-screen version check to complete</li>
4331           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4332             when passing them to the launchApp service</li>
4333           <li>display name and local features preserved in results
4334             retrieved from web service</li>
4335           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4336             sequence fetcher initialisation</li>
4337           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4338             dasobert DAS client</li>
4339           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4340             association</li>
4341           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4342             sequences
4343           </li>
4344         </ul>
4345       </td>
4346     </tr>
4347     <tr>
4348       <td>
4349         <div align="center">
4350           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4351         </div>
4352       </td>
4353       <td>
4354         <ul>
4355           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4356           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4357           <li>Slide sequences</li>
4358           <li>Edit sequence in place</li>
4359           <li>EMBL CDS features</li>
4360           <li>DAS Feature mapping</li>
4361           <li>Feature ordering</li>
4362           <li>Alignment Properties</li>
4363           <li>Annotation Scores</li>
4364           <li>Sort by scores</li>
4365           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4366         </ul>
4367       </td>
4368       <td>
4369         <ul>
4370           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4371           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4372           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4373           <li>Feature group display state in XML</li>
4374           <li>Feature ordering in XML</li>
4375           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4376           <li>Stockholm alignment properties</li>
4377           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4378           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4379           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4380           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4381         </ul>
4382       </td>
4383
4384     </tr>
4385     <tr>
4386       <td>
4387         <div align="center">
4388           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4389         </div>
4390       </td>
4391       <td>
4392         <ul>
4393           <li>Non standard characters can be read and displayed
4394           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4395             applet via textbox
4396           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4397             name &amp; description
4398           <li>Preference setting to display sequence name in
4399             italics
4400           <li>Annotation file format extended to allow
4401             Sequence_groups to be defined
4402           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4403             specified in preferences
4404           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4405             sequences
4406         </ul>
4407       </td>
4408       <td>
4409         <ul>
4410           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4411             installed
4412           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4413           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4414         </ul>
4415       </td>
4416     </tr>
4417     <tr>
4418       <td>
4419         <div align="center">
4420           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4421         </div>
4422       </td>
4423       <td>
4424         <ul>
4425           <li>Multiple views on alignment
4426           <li>Sequence feature editing
4427           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4428           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4429           <li>Background dependent text colour
4430           <li>Right align sequence ids
4431           <li>User-defined lower case residue colours
4432           <li>Format Menu
4433           <li>Select Menu
4434           <li>Menu item accelerator keys
4435           <li>Control-V pastes to current alignment
4436           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4437           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4438           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4439
4440           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4441         </ul>
4442       </td>
4443       <td>
4444         <ul>
4445           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4446           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4447             calculations
4448           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4449             edits
4450           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4451             of alignment)
4452           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4453
4454           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4455             display correctly
4456           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4457           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4458             analysis results
4459           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4460             &#8739;
4461           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4462           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4463           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4464
4465         </ul>
4466       </td>
4467     </tr>
4468     <tr>
4469       <td>
4470         <div align="center">
4471           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4472         </div>
4473       </td>
4474       <td>
4475         <ul>
4476           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4477         </ul>
4478       </td>
4479       <td>
4480         <ul>
4481           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4482             sequence id panel has been resized</li>
4483           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4484             rendered</li>
4485           <li>Annotation files with sequence references - all
4486             elements in file are relative to sequence position</li>
4487           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4488         </ul>
4489       </td>
4490     </tr>
4491     <tr>
4492       <td>
4493         <div align="center">
4494           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4495         </div>
4496       </td>
4497       <td>
4498         <ul>
4499           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4500           <li>DAS Feature fetching</li>
4501           <li>Hide sequences and columns</li>
4502           <li>Export Annotations and Features</li>
4503           <li>GFF file reading / writing</li>
4504           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4505             files</li>
4506           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4507           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4508           <li>Applet can launch the full application</li>
4509           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4510             required)</li>
4511           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4512           <li>Applet can load sequences from parameter
4513             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4514           </li>
4515         </ul>
4516       </td>
4517       <td>
4518         <ul>
4519           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4520           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4521           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4522         </ul>
4523       </td>
4524     </tr>
4525     <tr>
4526       <td>
4527         <div align="center">
4528           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4529         </div>
4530       </td>
4531       <td>
4532         <ul>
4533           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4534           <li>Choose to match case when searching</li>
4535           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4536             expand the visible width and height of the alignment</li>
4537         </ul>
4538       </td>
4539       <td>
4540         <ul>
4541           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4542         </ul>
4543       </td>
4544     </tr>
4545     <tr>
4546       <td>
4547         <div align="center">
4548           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4549         </div>
4550       </td>
4551       <td>&nbsp;</td>
4552       <td>
4553         <ul>
4554           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4555           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4556             value</li>
4557         </ul>
4558       </td>
4559     </tr>
4560     <tr>
4561       <td>
4562         <div align="center">
4563           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4564         </div>
4565       </td>
4566       <td>
4567         <ul>
4568           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4569           <li>Keyboard editing</li>
4570           <li>Create sequence features from searches</li>
4571           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4572             alignments</li>
4573           <li>Features file allows grouping of features</li>
4574           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4575           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4576           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4577         </ul>
4578       </td>
4579       <td>
4580         <ul>
4581           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4582           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4583             descriptions saved.</li>
4584         </ul>
4585       </td>
4586     </tr>
4587     <tr>
4588       <td>
4589         <div align="center">
4590           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4591         </div>
4592       </td>
4593       <td>
4594         <ul>
4595           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4596           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4597           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4598             name for file output</li>
4599           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4600           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4601             used for HTML form input</li>
4602         </ul>
4603       </td>
4604       <td>
4605         <ul>
4606           <li>HTML output writes groups and features</li>
4607           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4608           <li>File IO bugs</li>
4609         </ul>
4610       </td>
4611     </tr>
4612     <tr>
4613       <td>
4614         <div align="center">
4615           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4616         </div>
4617       </td>
4618       <td>
4619         <ul>
4620           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4621           <li>More options for PCA viewer</li>
4622         </ul>
4623       </td>
4624       <td>
4625         <ul>
4626           <li>GUI bugs resolved</li>
4627           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4628         </ul>
4629       </td>
4630     </tr>
4631     <tr>
4632       <td height="63">
4633         <div align="center">
4634           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4635         </div>
4636       </td>
4637       <td>
4638         <ul>
4639           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4640           <li>Jar files are executable</li>
4641           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4642         </ul>
4643       </td>
4644       <td>
4645         <ul>
4646           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4647           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4648           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4649         </ul>
4650       </td>
4651     </tr>
4652     <tr>
4653       <td>
4654         <div align="center">
4655           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4656         </div>
4657       </td>
4658       <td>
4659         <ul>
4660           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4661         </ul>
4662       </td>
4663       <td>
4664         <ul>
4665           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4666         </ul>
4667       </td>
4668     </tr>
4669     <tr>
4670       <td>
4671         <div align="center">
4672           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4673         </div>
4674       </td>
4675       <td>
4676         <ul>
4677           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4678             size</li>
4679         </ul>
4680       </td>
4681       <td>
4682         <ul>
4683           <li>Improved JPred client reliability</li>
4684           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4685         </ul>
4686       </td>
4687     </tr>
4688     <tr>
4689       <td>
4690         <div align="center">
4691           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4692         </div>
4693       </td>
4694       <td>
4695         <ul>
4696           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4697           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4698           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4699             to Colour Menu</li>
4700           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4701           <li>Unix users can set default web browser</li>
4702           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4703           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4704         </ul>
4705       </td>
4706       <td>
4707         <ul>
4708           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4709         </ul>
4710       </td>
4711     </tr>
4712     <tr>
4713       <td>
4714         <div align="center">
4715           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4716         </div>
4717       </td>
4718       <td>&nbsp;</td>
4719       <td>
4720         <ul>
4721           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4722             alignment order.</li>
4723         </ul>
4724       </td>
4725     </tr>
4726     <tr>
4727       <td>
4728         <div align="center">
4729           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4730         </div>
4731       </td>
4732       <td>
4733         <ul>
4734           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4735           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4736           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4737             annotations.</li>
4738           <li>Version and build date written to build properties
4739             file.</li>
4740           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4741             at launch of Jalview.</li>
4742         </ul>
4743       </td>
4744       <td>
4745         <ul>
4746           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4747           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4748           <li>Can remove groups one by one.</li>
4749           <li>Filechooser icons installed.</li>
4750           <li>Finder ignores return character when searching.
4751             Return key will initiate a search.<br>
4752           </li>
4753         </ul>
4754       </td>
4755     </tr>
4756     <tr>
4757       <td>
4758         <div align="center">
4759           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4760         </div>
4761       </td>
4762       <td>
4763         <ul>
4764           <li>New codebase</li>
4765         </ul>
4766       </td>
4767       <td>&nbsp;</td>
4768     </tr>
4769   </table>
4770   <p>&nbsp;</p>
4771 </body>
4772 </html>