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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head><title>Alignment Consensus Annotation</title></head>
  23 <body>
  24 <p><strong>Alignment Consensus Annotation</strong></p>
  25 <p>The consensus displayed below the alignment is the percentage of the modal
  26   residue per column. By default this calculation includes gaps in columns.
  27   You can choose to ignore gaps in the calculation by right clicking on the label
  28   &quot;Consensus&quot; to the left of the consensus bar chart.
  29 <p>If the modal value is shared by more than 1 residue, a &quot;+&quot; symbol
  30   is used in the display for the simple reason that it is not possible to display
  31   multiple characters in a single character space.
  32 <p><strong>Copying the consensus sequence</strong></p>
  33 <p>Select the <strong>&quot;Copy Consensus Sequence&quot;</strong> entry from
  34 the consensus annotation label to copy the alignment's consensus sequence to the
  35 clipboard.
  36
  37 <p><strong>Sequence logo</strong></p>
  38         By clicking on the label you can also activate the sequence logo. It
  39         indicates the relative amount of residues per column which can be
  40         estimated by its size in the logo. The tooltip of a column gives the
  41         exact numbers for all occurring residues.
  42         <br />If columns of the alignment are very diverse, then it can
  43         sometimes be difficult to see the sequence logo - in this case, right
  44         click on the annotation row label and select
  45         <strong>Normalise Consensus Logo</strong> to scale all columns of the
  46         logo to the same height.
  47         </p>
  48 </body>
  49 </html>