help/html/calculations/conservation.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head><title>Alignment Conservation Annotation</title></head>
  23 <body><p><strong>Alignment Conservation Annotation</strong></p>
  24 <p>This is an automatically calculated quantitative alignment
  25 annotation which measures the number of conserved physico-chemical
  26 properties conserved for each column of the alignment. Its calculation
  27 is based on the one used in
  28   the AMAS method of multiple sequence alignment analysis :<br>
  29 <ul>Livingstone
  30   C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence Alignments: A Strategy
  31   for the Hierarchical Analysis of Residue Conservation.<em>CABIOS</em> Vol. <b>9</b>
  32   No. 6 (745-756)).
  33 </ul>
  34 <em><a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/papers/amas/amas3d.html">View an HTML version of the paper</a></em>
  35 </p>
  36 <p>Conservation is measured as a numerical index reflecting the conservation of
  37   <a href="../misc/aaproperties.html">physico-chemical
  38   properties</a> in the alignment: Identities score highest, and the next most
  39   conserved group contain substitutions to amino acids lying in the same physico-chemical
  40   class.</p>
  41         <p>Conservation is visualised on the alignment or a sequence group
  42                 as a histogram giving the score for each column. Conserved columns are
  43                 indicated by '*' (score of 11 with default amino acid property
  44                 grouping), and columns with mutations where all properties are
  45                 conserved are marked with a '+' (score of 10, indicating all
  46                 properties are conserved).</p>
  47
  48         <p><em>Colouring an alignment by conservation</em><br>
  49 Conservation scores can be used to colour an alignment.  This is
  50 explained further in the help page for <a
  51 href="../colourSchemes/conservation.html">conservation colouring</a>.
  52 </p>
  53 </body>
  54 </html>